Главная задача экономики природопользования — преодоление ведомственного подхода и объединение отраслей экономики с целью реализации принципов оптимального взаимодействия общества и природы, формирования эколого-экономического мышления. В целом же она должна обеспечить переход общества на модель «устойчивого роста». Более конкретные задачи науки заключаются в поиске приемлемых форм экономической реализации собственности на ресурсы природы, в формировании экономического механизма природопользования на основе платного природопользования, рыночных рычагов посредством регулирования со стороны государства в лице социальных субъектов собственности на природные богатства.

В целом, практический аспект экономики природопользования объединяет три группы проблем: 1) экономическую оценку ресурсов природы; 2) расчеты (оценку) экономического ущерба от загрязнения окружающей среды; 3) способы вовлечения экологических факторов в хозяйственный механизм и процесс принятия решений в обществе.