21 марта Совет министров, собравшись под предводительством Сольского, не без строгости осудил указ от 18 февраля 1905. Царя как бы обвинили в либерализме. Активное участие Витте в том заседании не осталось без последствий - царь закрыл возглавлявшееся Витте сельскохозяйственное совещание и совещание министров (по "объединенному" правительству).

Витте снова оказался не у дел, но пробыл в тени недолго. В это время приближалась развязка русско-японской войны. После Цусимы поиски пути прекращения войны с Японией снова вывели полуопального сановника на передний план (май 1905). 24 мая 1905 года на совещании при Совете министров Витте заявил, что "дипломатическая партия проиграна", и неизвестно, какой мирный договор удастся заключит министру иностранных дел. А через месяц (хотя это решение далось царю нелегко) вести переговоры о мире было поручено Витте.

Недюжинная одаренность, государственная опытность, широта взглядов и умение ориентироваться в чуждых российскому бюрократу американских политических правах помогли Витте в переговорах о мире с Японией. Соглашение с Японией, которого Витте добился для России, не носило унизительного характера и не предусматривало никаких крупных уступок. 15 сентября 1905 года Витте вернулся в Петербург. Он получил за Портсмутский договор графский титул.

Именно осенью 1905 года (в октябре) впервые обсуждалась на совещании Витте с "общественными деятелями" кандидатура Столыпина на пост министра внутренних дел. С этого периода они находились на политической арене одновременно.

Все конфликты обострились в первой половине февраля 1906г. Став председателем Совета Министров, Витте не потерял интереса к переустройству крестьянского землевладения, хотя центральным становился теперь вопрос о принудительном отчуждении в пользу крестьян части казенных и помещичьих земель. Временами, в моменты подъема крестьянского движения, даже в самых консервативных помещичьих кругах готовы были пойти и на это; 3 ноября царским манифестом были отменены выкупные платежи. Однако как только карательная политика приносила успех, аграрное реформаторство встречало сопротивление. В начале 1906 г. царь пишет: "Частная собственность должна оставаться неприкосновенной". Как меру, обещавшую смягчить крестьянский натиск на землевладение помещиков, Николай II одобрил необходимость признать надельные земли собственностью владельцев и установить порядок выхода крестьян из общины этот вопрос был включен в программу занятий Думы, разработанную виттеевским кабинетом.

Законопроект I Думы о земельной реформе, который предусматривал разрешить эту проблему путем выкупа земли у частных собственников и передачи ее крестьянам, позволил бы крестьянам самим определить будущее общинного землевладения. Это был разумный и демократичный путь решения древнейшей и наиболее существенной социально-политической проблемы России.

В случае принятия законопроекта в деревне немедленно начался бы процесс социального расслоения, и нет сомнений, что из недр крестьянских масс возникло бы "буржуазное" меньшинство, что позволило бы осуществить внедрение фермерской системы по французскому или немецкому образцу.

Помещики в провинции приняли в штыки идею отчуждения их земель в любом варианте. К Николаю пошли записки, в которых требовали заменить Витте "лицом более твердых государственных принципов". А Николаю и навязанная ему конституция, и принудительное отчуждение, и Витте лично были поперек горла.

Правительство Витте, кроме подготовки к созыву Думы, занималось введением исключительного положения в отдельных местностях, расширением правительственной пропаганды как "средства успокоения населения и утверждения в нем правильных политических понятий", применением военно-полевых судов, смертной казни, репрессий против государственных служащих за участие в революционном движении. Порой Совету министров приходилось отмечать и даже пресекать карательные излишества, выражать неодобрение черносотенным выступлениям, приравненных по наказуемости к революционным, вырабатывать меры по предотвращению погромов. Действия против революции Витте делил на карательные -"так сказать, меры отрицательного свойства", дающие "только наружное временное успокоение" и меры "ограничительного характера" уступки тем или иным социальным группам для их умиротворения.

В полугодичной деятельности Кабинета большое место отводилось преобразованиям, связанным с осуществлением провозглашенных 17 октября свобод, - законам об обществах и союзах, о собраниях, о печати. Элементы правового порядка Витте хотел использовать для развития нового строя, противоречивый характер которого современники выражали парадоксальной формулой: "конституционная империя с самодержавным царем".

Витте и сам в случае тактической необходимости готов был следовать этой формуле, выступать сторонником неограниченной царской власти.

Отставка Витте и его смерть.

В середине апреля были опубликованы результаты выборов в Думу, а в конце апреля 1906 г. перед открытием Думы Витте вышел в отставку. Он считал, что обеспечил политическую устойчивость режима, исполнив две свои главные задачи: возвращение войск с Дальнего Востока в Европейскую Россию и получение большого займа в Европе. А по А.Ф. Керенскому: "Для Витте, который проявил себя как величайший государственный деятель в истории России, эти свободные выборы оказались "лебединой песней". Перед самым открытием Думы (27 апреля 1906 г.) его выбросили из правительства. Реформы, которые он разрабатывал, были преданы забвению а его место занял типичный представитель Санкт-Петербургской бюрократии И.Л. Горемыкин. У Горемыкина, опиравшегося на поддержку царя, не было ни малейшего желания сотрудничать с избранным составом Думы".

Отставка с поста председателя Совета министров стала для Витте концом политической карьеры. Однако, сидеть, сложа руки, он не собирался и не терял надежды вернуться к власти. Оставались еще такие средства политической борьбы, как трибуна Государственного совета и печать.

С присущей ему энергией Витте использовал их для того, чтобы снять с себя ответственность за происхождение русско-японской войны и революции и вообще представить свою государственную деятельность в выгодном свете.

Витте не терял надежды на возвращение к государственной деятельности до последнего дня своей жизни. В начале первой мировой войны, предсказывая, что она окончится крахом для самодержавия, Витте заявил о готовности взять на себя миротворческую миссию и попытался вступить в переговоры с немцами. Но он уже был смертельно болен и скончался 28 февраля 1915 года. Несмотря на войну, имя бывшего премьера в течение нескольких дней не сходило со страниц газет.

Царская чета встретила известия о смерти Витте, как подарок судьбы. Витте был единственным из министров Николая II, не просто усердно работавшем в тени императорской власти, но вышедшим из этой тени, непомерно возвысившимся в дни своего короткого премьерства. Что бы он не писал и не печатал о русско-японской войне и революции, доказывая свою непричастность к их происхождению, выставляя себя спасителем царской власти, для Николая II события ненавистной ему революции были прежде всего связаны с именем Витте. Царь не мог простить ему унижений, пережитых в трудные дни осени 1905 года, когда Витте вынудил его сделать то, чего он не хотел и что противоречило прочно сложившимся в его сознании представлениям о самодержавной власти. Среди государственных деятелей последних лет существования Российской империи Витте выделялся необычным прагматизмом, граничившим с политиканством. Прагматизм Витте был не только отражением свойств его личности, но и явлением времени. Витте показал себя выдающимся мастером латать расползшийся политический режим, ограждая его от радикального обновления. Он многое сделал для того, чтобы продлить век старой власти, однако был не в силах приспособить отжившую свое систему государственного управления к новым отношениям и институтам и противостоять естественному ходу вещей.