Свои решения Комиссия принимает большинством голосов при условии, что в рассмотрении вопроса участвовало не менее девяти членов. Члены Комиссии голосуют персонально, в том числе по два члена от каждой крупной страны. Коллегиальность подчеркивается и тем обстоятельством, что члены Комиссии несут коллективную ответственность за ее решения.

Комиссия во многом сходна с правительством государства в организации своей работы. Она имеет большой и разветвленный профессиональный аппарат, насчитывающий более 15 тыс. человек. Аппарат не только достаточно велик, но и специализирован. Для того чтобы поступить на работу в него, необходимо пройти довольно тщательный отбор по ряду критериев: образованию, практическому опыту, знанию языков и т.д. Многие должности замещаются по конкурсу. В рамках сообществ действуют собственные правовые нормы, регулирующие трудовые отношения сотрудников аппарата. Это весьма развитый и обширный раздел права сообществ.

Определенную аналогию в структуре аппарата Комиссии можно найти с распределением функций, компетенции и персонала между министерствами и другими правительственными органами. В роли министерств в сообществах выступают Генеральные дирекции, созданные по всем основным направлениям деятельности сообществ (внешние сношения, финансовый контроль и т.д.). При этом в сообществах весьма силен центральный аппарат.

Каждый член Комиссии имеет небольшую группу советников, а также соответствующий технический персонал. Старшие советники членов Комиссии во главе с Генеральным секретарем или шефом кабинета председателя Комиссии образуют структуру, занимающуюся вопросами подготовки работы Комиссии. Во главе с Генеральным секретарем действует Генеральный секретариат, на который возлагаются в основном подготовительные, координационные функции и забота о реализации решений Комиссии, а также в связи с аппаратом других институтов сообществ.

Наряду с Генеральным секретариатом в администрации Комиссии имеются другие подразделения. Среди них Юридическая служба, в составе которой немало видных юристов из различных государств-членов. Юридическая служба представляет свои заключения и рекомендации по вопросам, связанным с развитием сообществ, представляет Комиссию в Суде сообществ и, что немаловажно, занимается в определенной мере научно-исследовательскими разработками. Имеются также Пресс-служба, Объединительная служба переводов и конференций, Статистическая служба с самостоятельными службами, Служба официальных публикаций, Служба безопасности и др. В основном условия работы чиновников службы аппарата сходны с условиями работы национальных служб администрации. Надо добавить, что интересы служащих в сообществах обеспечены хорошей защитой. В целом работа в аппарате Комиссии становится все более привлекательной.