Проект Конституции, обсуждавшийся с мая 1993 Конституционным совещанием и вынесенный, с некоторыми модификациями, на референдум 12 декабря 1993, содержал лишь одно упоминание об Уполномоченном по правам человека - в статье о полномочиях Государственной Думы.

Государственная Дума первого созыва назначила Уполномоченного по правам человека 17 января 1994 года в рамках пакетного соглашения, которым между думскими фракциями и группами были распределены также должности руководителей Государственной Думы и ее Комитетов и Председателя Счетной палаты. Первым Уполномоченным по правам человека стал Сергей Адамович КОВАЛЕВ, представлявший фракцию "Выбор России".

С сентября 1993 до января 1996 С.А.Ковалев был председателем Комиссии по правам человека при Президенте РФ. На время до принятия закона об Уполномоченном Президент возложил на Комиссию функции аппарата Уполномоченного по правам человека.

В течение года принятие закона об Уполномоченном блокировалось фракциями Думы, не согласными с кандидатурой Ковалева.

С.А.Ковалев резко возражал против начала военных действий в Чечне в декабре 1994 года и пытался противодействовать их расширению. В результате против него объединились оппозиционные фракции Думы (имеющие к нему претензии еще с октября 1993 года) и сторонники силового решения чеченской проблемы в команде Президента.

10 марта 1995 года, в день очередной попытки принятия закона во втором чтении, Дума по предложению С.Бабурина, Н.Зацепиной, И.Аничкина и Н.Гена (Российский путь) отменила свое решение от 17 января 1994 о назначении Ковалева, за это голосовали не только левая оппозиция и ЛДПР, но также ДПР и часть "Новой региональной политики".

Отставка Ковалева не помогла, как этого ожидали некоторые из ее организаторов, утверждению закона, так необходимого для скорейшего принятия России в Совет Европы. Теперь за него отказывались голосовать "Выбор России" и "Яблоко", считая отставку Ковалева ревизией коалиционного соглашения.

В Государственной Думе второго созыва повторилась патовая ситуация: проправительственные фракции предлагали включить в закон поправки, которые бы не позволили назначить уполномоченным Владимира Борисовича ИСАКОВА, кандидатура которого рассматривалась левым большинством. Одни из таких поправок предусматривали назначение уполномоченного двумя третями голосов (что противоречит Конституции), другие - запрет занимать эту должность тем, кто в течение нескольких последних лет состоял в руководстве политических партий или баллотировался в Государственную Думу по партийным спискам. В результате закон снова надолго завис на втором чтении.

20 марта 1996 закон был принят во втором чтении с поправкой, предусматривающей утверждение списка кандидатов на должность уполномоченного двумя третями голосов. Авторы этой идеи подразумевали утверждение 300 голосами не каждой кандидатуры, а пакета взаимоприемлемых кандидатур, из которого уже простым большинством выбирается Уполномоченный. Однако в итоге поправка была сформулирована в таком виде, что 300 голосов должна набрать каждая отдельно предлагаемая кандидатура. После принятия в целом 17 апреля 1996 закон был направлен в Совет Федерации и им отклонен (основное требование сенаторов - заменить предусмотренное проектом право Уполномоченного создавать региональные представительства на право субъектов Федерации создавать у себя аналогичную должность, находящуюся на содержании регионального бюджета).

После нескольких раундов согласований закон был принят Государственной Думой 25 декабря 1996, одобрен Советом Федерации 12 февраля 1997, подписан Президентом 26 февраля 1997 под номером 1-фкз, опубликован в "Российской газете" и вступил в силу 4 марта 1997.

В соответствии с законом, Дума должна была назначить Уполномоченного в течение 30 дней со дня вступления закона в силу. Вопрос первый раз рассматривался 4 апреля 1997. Дума провела тайное голосование карточками раздельно по каждой из 5 кандидатур. В этом туре необходимо было набрать 300 голосов, чего не удалось ни одному кандидату: О.О.Миронов (КПРФ при поддержке "Народовластия") получил 244 голоса; В.Б.Исаков (Аграрная группа) - 211; В.Г.Вишняков (фракция ЛДПР) - 145, Е.Б.Мизулина (Яблоко) - 122, Л.Н.Завадская (выдвинута Президентом) - 109; А.И.Александров (НДР) - 89; С.А.Ковалев (выдвинут Г.В.Старовойтовой) - 64.

Вторая попытка назначить Уполномоченного проведена 17 сентября 1997. и закончилась столь же безрезультатно. О.О.Миронов (выдвинут фракцией КПРФ) - 265 голосов, В.Б.Исаков (выдвинут Аграрной группой) - 198, Е.Б.Мизулина (Яблоко) - 176, В.Н.Лихачев (выдвинут Советом Федерации 11 июня 1997, поддержан фракцией "Наш дом - Россия") - 148, В.Г.Вишняков (ЛДПР) - 113, Ю.А.Рыбаков (выдвинут Г.В.Старовойтовой) - 58, В.В.Воронин (выдвинут А.Д.Венгеровским) - 19.

Выйти из тупика удалось только путем заключения нового многопартийного коалиционного соглашения. 20 мая 1998 Яблоко уступило "Российским регионам" освободившуюся квоту председателя Комитета Думы по бюджету, получив взамен ранее принадлежавшие "Регионам" должности председателя Комитета по Северу и зампреда Межпарламентской группы. НДР вернул себе утраченный с выходом из партии Л.Рохлина пост председателя Комитета по обороне, и, наконец, все участники договоренностей, кроме "Яблока", согласились поддержать кандидатуру О.О.Миронова на пост Уполномоченного по правам человека.

20-22 мая 1998 состоялось рейтинговое голосование по 10 кандидатурам: 20 мая проголосован О.О.Миронов (КПРФ, ЛДПР, НДР и Народовластие) - 340 голосов. 22 мая проголосованы еще 7 кандидатур: В.Г.Вишняков (ЛДПР) - 260 голосов, Ю.И.Бокань (выдвинут И.Кобзоном) - 28, бывший Министр юстиции В.А.Ковалев (выдвинут А.Д.Венгеровским) - 47, Ю.М.Слободкин (выдвинут депутатом - членом РКРП В.Ф.Григорьевым) - 218, В.И.Новодворская (выдвинута К.Н.Боровым) - 19, Б.А.Чахкиев (выдыинут М.Аушевым) - 91, Н.В.Нумеров (выдвинут В.И.Зоркальцевым и В.И.Илюхиным) - 138, С.А.Ковалев (выдвинут В.Борщевым) - 96. Сняли свои кандидатуры до голосования Е.Б.Мизулина (Яблоко) - в знак протеста против участия Яблока в пакетных договоренностях с коммунистами; А.А.Акбаев (выдвинут 10 депутатами из групп "Российские регионы" и НДР, в том числе Н.Хачилаевым, который в день голосования поднял мятеж в Дагестане) - в пользу О.О.Миронова. Получивший в рейтинговом туре необходимое большинство в 2/3 О.О.Миронов 22 мая тайным голосованием был назначен на должность уполномоченного и принес присягу.

2 марта 1999 указом Президента Уполномоченный по правам человека РФ был внесен в список лиц, замезающих государственные должности, которым указом N309 от 9 апреля 1997 были установлены оклады. Оклад уполномоченного составил 6500 руб. С учетом повышения окладов в 1,5 раза с 1 сентября 1999 указом от 23 августа 1999 оклад Уполномоченного составил 9750 руб. ($350). Указом N1853 от 9 ноября 2000 все оклады повышены с 1 декабря 2000 в 1,2 раза.