Минфин проводит в своей компетенции комплексные ревизии и тематические проверки поступлений и расходования средств федерального бюджета; контролирует в установленном порядке рациональное и целевое использование средств государственных внебюджетных фондов и других федеральных средств. Также органы министерства проводят документальные проверки финансово-хозяйственной деятельности организаций по заданиям правоохранительных органов, организуют ревизии и финансовые проверки в организациях по обращениям органов государственной власти и органов государственной власти субъектов РФ и органов местного самоуправления.

Министерство финансов имеет право:

-ограничивать, приостанавливать, а в необходимых случаях и прекращать в соответствии с законодательством финансирование из федерального бюджета организаций при выявлении фактов нецелевого использования ими средств федерального бюджета;

-взыскивать в установленном порядке с организации средства федерального бюджета, израсходованные ими не по целевому направлению, с наложением штрафа;

-выдавать ссуды за счет средств федерального бюджета;

-предоставлять отсрочки (рассрочки) платежей по налогам в федеральный бюджет;

-осуществлять лицензионную деятельность.

В соответствии с положением Министерство финансов для осуществления своих полномочий может создавать в установленном порядке свои территориальные органы.

Центральный аппарат Министерства финансов включает следующие подразделения:

1) Департамент бюджетной политики – составляет проект бюджета и организует его исполнение.

2) Департамент отраслевого финансирования – определяет направление финансирования отдельных отраслей промышленности, АПК, выделение инвестиций, финансирование транспорта, связи.

3) Департамент межбюджетных отношений – регулирует взаимоотношения с бюджетами субъектов федерации.

4) Департамент управления государственным внутренним долгом – занимается эмиссией внутренних государственных займов, выплатой процентов и погашением.

5) Департамент управления государственным внешним долгом – производит выпуск внешних займов и их погашение.

6) Департамент аудита – осуществляет регламентацию и лицензирование аудиторской деятельности, аттестацию аудиторов, а также выполняет функции упраздненного Контрольно-ревизионного управления.

7) Департамент бухгалтерского учета и отчетности – разрабатывает методы, принципы и формы бухгалтерского учета и отчетности, а также нормативные документы по формам учета и отчетности (План счетов, формы бухгалтерского баланса и отчет о прибылях и убытках и др.)

8) и другие департаменты.

В составе Министерства финансов на основании Указа президента РФ "О Федеральном казначействе", Постановления Правительства РФ "О Федеральном казначействе Российской Федерации", утвердившим Положение о нем действует Федеральное казначейство РФ, которое представляет собой единую централизованную систему.

Структура территориальных органов казначейства является трехуровневой:

1. Главное управление федерального казначейства (ГУФК). Осуществляет сводный систематический, полный и стандартизированный учет операций и управление движением средств на счетах казначейства, информирует высшие законодательные и исполнительные органы власти о результатах исполнения федерального бюджета по доходам и расходам. Руководит работой нижестоящих органов казначейства, получает от них оперативную информацию и отчетные данные о доходах и средствах федерального бюджета и обеспечивает исполнение ими бюджета в соответствии с действующим законодательством.

2. Управления федерального казначейства (УФК) по республикам в составе РФ, краям, областям, автономным образованиям, городам Москве и С.-Петербургу. Обеспечивают через нижестоящие органы казначейства исполнение всех решений о формировании доходной части и расходованию средств федерального бюджета.

3. Отделения федерального казначейства (ОФК) по городам, районам и районам в городах, кроме городов районного подчинения. Осуществляют формирование доходной части федерального бюджета на территории и обеспечивают целевое финансирование расходов по бюджетополучателям. Выполняют учет операций по движению средств на счетах в банках и лицевых счетах бюджетополучателей, открытых в органах казначейства, и представляют вышестоящим органам казначейства информацию об исполнении доходов и расходов федерального бюджета на территории. ОФК осуществляют текущий контроль за целевым расходованием средств федерального бюджета бюджетополучателями.

Исполнение бюджетов органами федерального казначейства происходит на основании закона о федеральном (или иного уровня) бюджете на соответствующий год и представляет собой два параллельно осуществляемых процесса: исполнение бюджета по доходам и исполнение бюджета по расходам.

Налоговые органы РФ – единая система контроля за соблюдением налогового законодательства РФ, правильностью исчисления, полнотой и своевременности внесения в соответствующий бюджет налогов и других обязательных платежей, а также за соблюдением валютного законодательства.

Деятельность налоговых органов регламентируется и определяется на основании закона "О налоговых органах РФ" и Налогового кодекса.

Задачи контроля со стороны налоговых органов:

1) Выявление суммы сокрытого от налогообложения дохода, сокрытой (заниженной) прибыли.

2) Изыскание дополнительных платежей в доходы бюджета.

Налоговые органы обязаны вести в установленном порядке учет налогоплательщиков, проводить разъяснительную работу по применению налогового законодательства, информировать налогоплательщиков о действующих налогах и сборах; обязаны осуществлять возврат или зачет излишне уплаченных и взысканных сумм налогов пеней и.

Налоговые органы вправе:

1. Производить в органах государственной власти и органах местного самоуправления, организациях, у граждан РФ, иностранных граждан и лиц без гражданства проверки денежных документов, бухгалтерских книг, отчетов, деклараций и других документов, связанных с исчислением и уплатой налогов и других обязательных платежей в бюджет; получать необходимые сведения по вопросам возникающим при проверках.

2. Обследовать любые используемые для извлечения доходов либо связанные с содержанием объектов налогообложения производственные, складские, торговые и иные помещения предприятий, организаций и граждан.

3. Требовать от руководителей и других должностных лиц, а также граждан устранения выявленных нарушений.

4. Приостанавливать операции по расчетным и другим счетам в банках и иных финансово-кредитных учреждениях в случаях непредставления налоговым органам документов связанных с исчислением и уплатой налогов и платежей.

5. Выносить решения о привлечении органов, организаций и граждан к ответственности за совершение налоговых правонарушений.

6. Взыскивать недоимки и пени по налогам.

7. Предъявлять в суде и арбитражном суде иски о ликвидации предприятий любой организационно-правовой формы, о признании сделок недействительными и взыскании в доход государства всего полученного по таким сделкам.