Шеллинг подмечает, что природа в своем развитии, в своем "потенцировании" как бы проявляет тенденцию к появлению субъективности. На уровне механизма природа предстает перед нами как чистый объект. А вот на уровне живого организма природа приобретает уже некоторые черты субъекта, а именно активность, произвольное движение и даже некоторые формы мышления, ведь высшим животным не откажешь в определенной сообразительности. Казалось бы, ещё один шаг, ещё одна "потенция", и природа породит свой "высший цвет" – мыслящий дух. Но Шеллинг не делает этого шага, поскольку считает, что природа в её традиционном понимании не может породить дух. Шеллинг не видит возможности объяснить рождение духа из материи на пути простой эволюции. И поэтому он предлагает изменить саму суть нашего воззрения на природу.

Чтобы яснее понять смысл того взгляда на природу, которого придерживается Шеллинг, зададимся вопросом: может ли из камня вырасти дуб? Любой скажет, что не может. А вот из желудя дуб вырастает. И все потому, что желудь чреват дубом, поскольку несет в себе его зародыш. Кстати, Шеллинг внимательно анализирует особенности органической природы. И отмечает, что образование "животной материи" уже предполагает жизнь. Из желудя вырастает дуб только потому, что он сам есть продукт живого дуба. Таким образом, считает Шеллинг, природа может породить из себя дух только в том случае, если в основе своей обладает свойствами духовности.

Механизм, химизм, организм и, наконец, дух – это, согласно Шеллингу, не различные ступени развития природы, когда до появления химизма существует один лишь механизм. Природа, доказывает он, всегда существовала и существует во всех своих "потенциях", но актуализирует их поочередно, то в одной, то в другой, то в третьей форме. Поэтому наше мышление, или дух, - это не что-то, впервые появившееся на Земле, а это проявление природы в её высшей потенции, которую она всегда в себе несет и сохраняет. И эта потенция, конечно, не появляется и не утрачивается. Она может появляться и исчезать только здесь и теперь, но не везде и не всегда. А отсюда у Шеллинга получается, что природа в целом, а точнее, в своей основе – это не дух и не материя, не субъект и не объект, не сознание и не бытие. А она и то и другое, вместе взятое.

В работе "Система трансцендентального идеализма", изданной в 1800 году, Шеллинг говорит о натурфилософии и трансцендентальной философии как о двух науках, с необходимостью дополняющих друг друга. Если смотреть на мир, исходя из природы, как это делает натурфилософия, то на первом плане оказывается объективная, материальная сторона действительности. Но чем выше мы поднимаемся по лестнице природных форм, указывает Шеллинг, тем организованней природа, тем больше в неё "проникает закономерность", а значит, её "необходимой тенденцией" является "одухотворение".

Если же смотреть на мир, исходя из субъекта, как это делает трансцендентальная философия, то на первый план выходит субъективная и идеальная сторона действительности. Но чем более развит человек, тем сильнее в нем стремление к объективизации самого себя, то есть к воплощению своего внутреннего мира в определенных практических действиях в науке и искусстве. И надо сказать, что Шеллинг уделяет особое внимание миру культуры. Благодаря преобразованию первозданной природы, отмечает он, человек создает "вторую природу" как мир "искусственных произведений". И в этом искусственном мире воплощается та свободная деятельность, которая в первозданной природе присутствует лишь в своих проблесках.

Итак, в природе, согласно Шеллингу, присутствует тенденция к одухотворению, а в деятельности человека присутствует тенденция к опредмечиванию духа. Именно посредством этих тенденций выражает себя, по мнению Шеллинга, некая синтетическая основа мира, которая есть природа и дух одновременно. Таким образом, отказавшись от субъективного идеализма Фихте, Шеллинг в "Системе трансцендентального идеализма" переходит на позиции пантеизма, сходного с пантеизмом Спинозы. Однако в очень скором времени в его пантеистическом учении начинает доминировать эстетический момент.

Здесь следует отметить, что на рубеже 18 - 19 веков Йена становится наиболее значительным центром духовной жизни Германии. В Йенский университет помимо Шеллинга приглашают Шиллера. Шеллинг читает в университете курс натурфилософии, а Шиллер читает курс истории. Через некоторое время в Йену с помощью Шеллинга переезжает его друг Гегель и становится доцентом философии. Но сердцевиной культурной жизни тогдашней Йены, безусловно, был "романтический кружок", куда входили помимо Гете братья Шлегели, Тик и Новалис.

Сблизившись с романтиками, Шеллинг направляет свое внимание на область искусства. "Тесно связанный с кружком Гете и литераторов-романтиков, Шеллинг с самого начала, - отмечает Э.Ильенков, - проявляет гораздо больший интерес, чем Фихте, с одной стороны, к природе (читай: к естествознанию), а с другой – к унаследованным, традиционным ( по терминологии Канта и Фихте, к объективным) формам общественной жизни. Естествознание и искусство с самого начала составляют ту среду, которая формирует его ум, его исследовательские устремления". Что касается произведений искусств, то они восхищают Шеллинга тем, что жизнь духа в них представлена наиболее предметно. В Йене Шеллинг начинает склоняться к тому, что природу следует понимать как застывший продукт бессознательного творчества. В недрах природы, считает он, скрывается нечто, аналогичное художественному гению, но творит природа бессознательно. Природа творит бессознательно, подчеркивает Шеллинг, но в продуктах природы мы усматриваем следы разума, и это проявляется, прежде всего, в наличии природных законов.

Интересно то, что Шеллинг продвигается здесь к представлению о сути исторического закона. Исследуя соотношение сознательного и бессознательного, он указывает на противоречие, которое заключено в деятельности людей. Люди творят вполне сознательно, отмечает он, однако в результате мы имеем дело с тем, чего никто не замышлял. С другой стороны, все индивиды действуют свободно, но наше свободное поведение превращается в некую необходимость, придающую истории направление и ценность. Главной задачей истории, считает Шеллинг, как раз является объяснение того, как из свободы рождается необходимость.

Надо сказать, что Шеллинг только намечает контуры науки о гражданской истории, которой вплотную займется Гегель. Однако наряду с умозрительным знанием о природе знание об обществе и истории приобретает у Шеллинга такой же умозрительный характер. Впоследствии такая умозрительная наука получит название философии истории. Науки о духе, к которым относится история, противостоят у Шеллинга наукам о природе. Ведь на поверхности бытия материя и дух, как утверждает он, поляризованы. Тем не менее, Шеллинг высказывает ряд гениальных положений, ведущих к осознанию реального посредника между культурно-историческим миром и миром природы. "Увидеть внутреннюю конструкцию природы, - замечает, например, Шеллинг, - было бы невозможно, если бы мы не обладали способностью вторгаться в природу посредством свободы."