Отсутствие у государства концепции перестройки системы органов управления приводит к частым перестройкам: к слиянию и разделению органов управления сельским хозяйством и перерабатывающей промышленности, образованию И ликвидации центра аграрной реформы, переименованиям Государственного комитета по земельным ресурсам и землеустройству (ныне Комитет).

Сказывается отсутствие концептуальных подходов к реформированию органов управления сельским хозяйством и АПК в целом.

Особенно раздулись системы органов управления сельским хозяйством на уровне области и края. При этом многие функции внутри органов управления дублируются, соответствие их современным требованиям остается только на бумаге,

Вместе с тем усложнение структуры сельскохозяйственной отрасли не привело к необходимой дифференциации в управлении между оставшимися государственными предприятиями и коммерческими организациями частного сектора. Не специализируется управление на развитие фермерского хозяйства.

Практически не регулируется политика разукрупнения крупнейших предприятий агросервиса, не создается сеть мелких перерабатывающих предприятий, что предусмотрено законодательством о перестройке.

Регулирование аграрных отношений органами управления сельским хозяйством осуществляется преимущественно в виде реализации целевых программ. Однако большинство из программ в силу недостатка средств и по другим основаниям остаются невостребованными. Это относится как к федеральным, так и региональным программам, которые разрабатываются в большинстве своем Министерством сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации, нередко в сотрудничестве с соответствующими органами субъектов Федерации или местными органами власти, утверждаются Правительством и финансируются из федерального или иных бюджетов. Целевые программы, как правило, направлены на развитие сельскохозяйственного производства, нередко финансируются из смешанных источников федерального, субъектов Федерации и местного уровня. Региональные программы, важные для Федерации, ориентируются на поддержку Федерации и осуществляются частично за ее счет. Например, программы расширения сельскохозяйственных земель, повышения качества почв, роста агропромышленного производства, улучшения качества производимой продукции, развития фермерского производства, финансово-кредитного обеспечения.

Перестройка управления сельским хозяйством вызвана демократизацией общества, и поэтому должна использовать демократические формы управления, учитывать специфику управления оставшимися в государственной собственности сельскохозяйственными предприятиями и предприятиями, основывающимися на частной собственности, смешанной форме собственности.

Субъекты Федерации получили полную свободу в организации структуры и системы органов управления сельским хозяйством,как на уровне субъектов, так и на местном уровне.

В соответствии со ст. 77 Конституции Российской Федерации система органов государственной власти субъектов Федерации устанавливается самими субъектами Федерации самостоятельно в соответствии с основами конституционного строя Российской Федерации и общими принципами организации представительных и исполнительных органов власти, установленными федеральным законом.

Ряд функций, относящихся к сфере государственного регулирования, не изменили своего административного характера при переходе к рыночным отношениям. Постановлением Совета Министров Российской Федерации от 28 декабря 1991 т. № 81 в ведении органов управления сельским хозяйством оставлены функции административного контроля, осуществляемые за счет бюджетного финансирования, в области инспектирования качества сельскохозяйственной продукции, карантинных мероприятий, технического надзора за средствами транспорта, сельскохозяйственной техники и сельскохозяйственного оборудования, семенной инспекции. При этом часть названных функций может быть передана в коммерческие структуры" которым поручается и ряд надзорно-контрольных функций, например в области агрохимии, землеустройства.

Часть государственных служб передана самим сельскохозяйственным коммерческим организациям, содержащим их за счет отчислений в фонды агропромышленных объединений.

Ломка системы органов управления, произошедшая в годы преобразования, затронула органы управления сельским хозяйством. Органы, осуществляющие земельную реформу, выделились, из системы сельскохозяйственных органов, органы управления сельским хозяйством сливались н разъединялись с органами переработки сельскохозяйственной продукции, практически органы управления из императивно-властных структур преобразовались в объединения, ассоциации концерны для осуществления хозяйственных функций в тех или иных отраслях сельскохозяйственной или обслуживающей сельское хозяйство областей АПК. Сейчас еще трудно говорить об образовании системы управления сельским хозяйством или о регулировании отношений в сельскохозяйственном производстве, но определенные направления развития очевидны и находят закрепление в правовых актах.

В условиях реформы государственного регулирования сельского хозяйства изменилась сфера воздействия органов управления на сельскохозяйственные коммерческие организации; она значительно сузилась. Принятыми в ходе реформы правовыми актами запрещено вмешательство в производственно-хозяйственную деятельность сельскохозяйственных коммерческих организаций, более того, такое вмешательство признается незаконным и влечет применение мер взыскания. Различного рода акты управления в этой области признаются незаконными. Значительно сузилась сфера административного рассмотрения споров различного рода за счет расширения судебной юрисдикции и особенно в области защиты экономических интересов предприятий.

Значительно сузилась административная юрисдикция сельскохозяйственных органов. Она охватывает теперь вопросы рационального использования и охраны земель, осуществления карантинных мероприятий, санитарно-ветеринарного контроля.

В области государственного регулирования аграрных отношений органы управления сельским хозяйством обладают довольно широкой компетенцией для осуществления административного руководства в отрасли. Это прежде всего относится к сфере ветеринарии, использования земель, борьбы с болезнями и вредителями растений, соблюдения правил пользования химическими средствами в сельском хозяйстве, правил техники безопасности при работе сельскохозяйственной техники и оборудования.

Административные, контрольно-надзорные функции в сферах сельскохозяйственного производства, закупки сельскохозяйственной продукции и ее реализации, сервисных услуг сельскохозяйственному производству, использования земель осуществляются государственными инспекциями в центре и на местах. Они являются составной частью органов государственной исполнительной власти, которые оказывают им содействие в исполнении возложенных на них функций.

В настоящее время действуют следующие сельскохозяйственные и земельные инспекции: Государственная агрохимическая инспекция; Государственная инспекция по защите растений; Государственная комиссия по испытанию и регистрации химических и биологических средств защиты растений; Государственная инспекция по закупкам и качеству сельскохоэяиственной продукции; Главная государственная инспекция по Надзору за техническим состоянием самоходных машин и других видов техники; Государственная семенная инспекция; Государственная инспекция по племенному делу в животноводстве; Государственный ветеринарный надзор; Государственная инспекция по карантину растений; Государственная инспекция по охране труда в сельском хозяйстве;