Особенно большой боевой опыт Колчак приобрел на Балтике по использованию минного оружия в оборонительных и наступательных операциях, который он широко применял на Черном море, когда стал командующим флотом. Таким образом. Черноморский флот на третьем году войны в лице вице-адмирала А.В. Колчака получил хорошо подготовленного во всех отношениях командующего, способного решить стоявшие перед флотом задачи.

Вице-адмирал А. В. Колчак вступил в командование Черноморским флотом в начале июля 1916 года.

Прибыв в Севастополь и приняв дела у Эбергарда, Колчак довольно быстро разобрался в обстановке на театре и выработал план действий Черноморского флота по решению возложенных на него задач. А обстановка здесь летом 1916 года сложилась довольно напряженная. Германские крейсера продолжали выходить из Босфора и обстреливать русские порты и побережье на Черном море. По прибрежной коммуникации, проходившей вдоль Анатолии, противник продолжал перевозить на Кавказ войска и воинские грузы, а в обратном направлении – уголь в Константинополь. Германские подводные лодки в условиях отсутствия у русских организованной противолодочной обороны на театре создали серьезную угрозу для кораблей Черноморского флота и русского судоходства. В 1916 году под влиянием нараставшего революционного движения в стране и выступлений моряков Балтийского флота произошли заметные изменения в революционном сознании и матросов Черноморского флота. И несмотря на то, что командование флота принимало все меры, чтобы не допустить большевистской пропаганды на Черноморском флоте, она проникала на корабли и в береговые части флота и постепенно формировала революционное сознание и настроения матросских масс, недовольных продолжением войны и тяжелым экономическим положением в стране. Революционные настроения матросов оказывали серьезное влияние на обстановку на театре и боевую деятельность Черноморского флота.

Вступив в командование Черноморским флотом, вице-адмирал А.В. Колчак сразу же дал почувствовать противнику, да и своим подчиненным, что он не собирается отсиживаться в Севастополе, как его предшественник, а будет самым решительным образом вести борьбу с германскими крейсерами, подводными лодками и перевозками противника и надежно защищать свои морские сообщения.

В совместных действиях армии и флота на Румынском фронте более активно использовалась авиация Черноморского флота, как палубная, так и наземного базирования, что следует отнести к заслугам А. В. Колчака, который приложил немало усилий для более активного применения ее на Черном море. Авиация применялась в налетах на базы, тыловые объекты и позиции неприятельских войск, прикрывала свои базы, вела разведку и боролась с авиацией противника.

Боевые действия Черноморского флота по содействию сухопутным войскам на Румынском фронте хотя и не увенчались особым успехом, но они внесли определенный вклад в развитие русского военно-морского искусства в совместных действиях армии и флота на приморском направлении в первую мировую войну.

Кампания 1916 года явилась наиболее напряженной для Черноморского флота за все время первой мировой войны. Флоту пришлось одновременно решать ряд сложных задач и действовать на нескольких операционных направлениях. И тем не менее моряки Черноморского флота успешно решили почти все поставленные перед ними задачи и добились значительных успехов. Большая заслуга в этом принадлежала вице-адмиралу А.В. Колчаку как командующему Черноморским флотом. Для него как флотоводца кампания 1916 года стала вершиной военной славы, в ходе этой кампании наиболее полно проявилось его флотоводческое искусство в руководстве боевой деятельностью разнородных сил флота. Под его командованием Черноморский флот добился наибольших успехов за все время войны и внес ощутимый вклад в развитие военно-морского искусства, особенно в таких областях, как выполнение блокады проливной зоны, действия по нарушению коммуникаций противника, организация противолодочной обороны на театре и совместные действия армии и флота. За достигнутые успехи в руководстве боевой деятельностью Черноморского флота в кампанию 1916 года вице-адмирал А. В. Колчак был награжден орденом Святого Станислава 1-й степени с мечами.

По указанию Ставки командование флота развернуло интенсивную подготовку крупной десантной операции в районе Босфора. Для этой цели на Черном море была сформирована специальная транспортная флотилия в количестве более 100 судов, способная одновременно поднять 2,684 офицера, 20,097 солдат, 21,259 лошадей, 1,137 повозок. В порядке подготовки к этой операции создавались специальные части и соединения морской пехоты.

Начиная с марта 1917 года, эскадренные миноносцы и гидроавиация стали проводить систематическую разведку побережья в районе намеченной высадки десанта. Однако нараставшее революционное движение среди матросов Черноморского флота заставило Ставку отказаться от проведения десантной операции, намечавшейся на май 1917 года, и перенести ее на неопределенное время.

Колчак энергично занимался подготовкой этой операции, рассматривая ее в это время, наряду с блокадой Босфора, в качестве главного направления своей флотоводческой деятельности на Черном море. Он был целиком поглощен мыслью осуществить желание многих своих предшественников – с помощью десанта захватить Босфор и установить над ним российский контроль. Однако осуществить эту давнюю мечту многих российских государственных деятелей ему, так же как и его предшественникам, не удалось.

Революционные события на Черноморском флоте нарастали настолько стремительно, что Колчаку со всем его авторитетом как командующему флотом затормозить, а тем более приостановить этот процесс не удалось. В одном из своих частных писем Колчак писал: "За 11 месяцев моего командования я выполнил главную задачу. Я осуществил полное господство на море, ликвидировав деятельность даже неприятельских подлодок" . И это действительно так. Однако то, что было под силу выдающемуся флотоводцу в войне на море, оказалось ему не под силу в борьбе с революционными матросскими массами, которые устали от войны и хотели как можно скорее покончить с ней. Но этого не хотели Временное правительство и их командующий вице-адмирал Колчак. Поэтому на митингах и собраниях они потребовали отстранения вице-адмирала А.В. Колчака и его начальника штаба контр-адмирала М.И. Смирнова от занимаемых должностей, а всему офицерскому составу флота предложили сдать свое личное оружие.

Колчак, пытаясь как-то повлиять на решительно настроенных матросов, в июне 1917 года посетил одно из собраний, на котором обсуждались наиболее острые вопросы, связанные со сдачей оружия офицерами и уходом Колчака и Смирнова со своих постов. Однако его выступление перед матросами не произвело на них былого впечатления, и расстроенный Колчак, вернувшись на свой флагманский корабль "Георгий Победоносец", собрал на верхней палубе команду и вновь попытался убедить матросов в том, что их требования приведут к гибели флота и России, а что касается своего личного оружия, то он им никогда его не отдаст. И с этими словами Колчак снял с себя золотую саблю, которой был награжден за храбрость в русско-японскую войну, и выбросил ее за борт.