Ввиду больших потерь и принимая во внимание, что у Наполеона остался нетронутый резерв (Старая гвардия), Кутузов приказал утром 27 августа отойти с поля сражения.

Армия подошла к Москве, в которой к тому времени осталась примерно четвертая часть населения. 1 сентября в деревне Фили под Москвой состоялся военный совет, на котором Кутузов поставил вопрос, дать ли под стенами древней столицы еще одно сражение или отступить без боя. Ряд генералов (Бенигсен, Дохтуров, Уваров, Коновницын) настаивали на сражении. Барклай возражал: в случае неудачного исхода армия не сможет быстро отступить по узким улицам большого города и произойдет катастрофа. Кутузов тоже не был доволен позицией, занятой русской армией. “Пока будет еще существовать армия и находиться в состоянии противиться неприятелю, - сказал он, - до тех пор останется еще надежда с честью окончить войну, но при уничтожении армии не только Москва, но и вся Россия была бы потеряна”.

Встал вопрос, в какую сторону отступать. Барклай предложил идти к Волге: “Волга, протекая по плодороднейшим губерниям, кормит Россию”. Если бы приняли это предложение, отступать пришлось бы по Владимирской дороге. Но Кутузов не согласился: “Мы должны помышлять теперь не о краях, продовольствующих Россию, но о тех, которые снабжают армию, а посему нам следует взять направление на полуденные (южные) губернии”. Решено было идти по Рязанской дороге. Закрывая совет, Кутузов сказал: “Что бы не случилось, я принимаю на себя ответственность пред государем, Отечеством и армиею”.

На следующий день русская армия вышла из Москвы. Когда удалось оторваться от неприятеля, Кутузов приказал оставить Рязанскую дорогу и проселочными дорогами, через Подольск, перейти на Калужскую. В Калуге и ее окресностях были сосредоточены продовольственные склады, необходимые для армии. Вечером того же дня проходящие войска заметили огромное зарево, поднявшееся над Москвой.

В оставленной русскими войсками и обезлюдевшей Москве орудовали мародеры из “Великой армии” и обыкновенные грабители. Французское командование сначала не придало значения начавшимся в разных местах пожарам. Но в сухую и теплую погоду огонь быстро распространялся. И вот уже сплошь загорелись Арбат и Замоскворечье, вспыхнули деревянные дома на Моховой. Огонь охватил торговые ряды Китай-города. В огромные костры превратились баржи с сеном на Москве-реке. Москва горела шесть дней. Пожар уничтожил три четверти городских построек и провиантские склады. Французская армия сразу оказалась на грани голода.

Огненное кольцо сжималось вокруг Кремля, где остановился Наполеон. Поздно вечером император со свитой выехал из Кремля и по горящей Тверской перебрался в Петровский загородный дворец.

Кутузов пил чай и беседовал с крестьянами, когда ему сообщили о пожаре. Помолчав, он сказал: “Жалко это, правда, но подождите, я ему голову проломаю”.

Русская армия расположилась у села Тарутина, в 80 км от Москвы, прикрывая тульские оружейные заводы и плодородные южные губернии. Подтягивались резервы, залечивались раны. Обосновавшийся в Москве Наполеон полагал, что кампания окончена, и ждал предложений о мире. Но никто не слал к нему послов. Гордому завоевателю пришлось самому обращаться с запросами к Кутузову и Александру 1. Кутузов отвечал уклончиво, ссылаясь на отсутствие полномочий. Однако возглавляемая им армия была решительно против переговоров о мире. А при дворе шла закулисная борьба. Вдовствующая императрица Мария Федоровна, брат царя Константин и царский любимец Аракчеев возглавили придворную клику, требовавшую мира с Наполеоном. К ним присоединился канцлер Н.П.Румянцев. Между армией и двором возникли напряженные отношения, и генералы довели до сведения царя свое пожелание об отставке Румянцева. Александр посчитал такой поступок величайшей дерзостью, но подавил свой гнев. Румянцев остался на посту канцлера. Но вступать в переговоры с Наполеоном царь отказался.

Положение Наполеоновской армии быстро ухудшалось. Оторвавшись от своих тыловых баз, она существовала за счет изъятия продуктов у местного населения. Повсюду бесчинствовали фуражиры и мародеры. Подмосковные крестьяне, как прежде смоленские, уходили в леса. На смоленской земле и в Подмосковье развернулось партизанское движение. Отрядами партизан руководили солдаты, бежавшие из французского плена, местные помещики, особо авторитетные крестьяне. Так под командованием крепостного крестьянина Герасима Курина в Подмосковье сражалось свыше 5 тысяч пеших и 500 конных крестьян. В Смоленской губернии широкую известность получила старостиха Василиса Кожина, возглавлявшая отряд из подростков и женщин. Партизаны выслеживали и уничтожали отдельные небольшие группы наполеоновских солдат.

Кутузов, быстро оценивший значение партизанской войны, стал засылать втыл непрятеля кавалерийские отряды. Пользуясь поддержкой населения, они наносили чувствительные удары по врагу.

Приближались холода, и Наполеон понял, что зимовать на московских пепелищах было бы безумием. В начале октября у села Тарутина произошло сражение между французским авангардом и частями русской армии. Французы отступили с большими потерями. Будто бы для того, чтобы “наказать” русских Наполеон 7 октября вывел свою армию из Москвы. Передовые части двух армий встретились у Малоярославца. Пока город переходил из рук в руки, подошли главные силы. Перед Наполеоном встал вопрос: давать ли генеральное сражение, чтобы прорваться на Калужскую дорогу, или отступать по Смоленской, где его ожидали разграбленные села и озлобленное население. На этот раз Наполеон решил не искушать судьбу и дал приказ отступать на Смоленск.

Отступавшие французские войска подвергались ударам казаков, летучих партизанских отрядов, партизан. От бескормицы падали лошади - приходилось бросать артиллерию, спешивалась кавалерия. кутузовская армия двигалась параллельно наполеоновской, все время угрожая вырваться вперед и отрезать пути отступления. Из-за этого Наполеон не смог задержаться в Смоленске дольше четырех дней. С наступлением холодов положение французской армии стало критическим. Только гвардия и присоединившиеся к ней два корпуса сохраняли боеспособность. Огромные потери французская армия понесла при переправе у реки Березины 14-16 ноября. Вскоре после этого Наполеон тайно уехал в Париж, оставив армию. В середине декабря, ее жалкие остатки перешли обратно через Неман. Преследовавшая Наполеона русская армия тоже понесла большие потери - не только в боях, но и от холода, плохого питания, болезней, изнурительных маршей. К берегам Немана вышла лишь половина той армии, что стояла у Тарутина.

К весне 1813 г. значительная часть Польши была освобождена от наполеоновских войск. Русская армия под командованием М.И.Кутузова вступила на территорию Пруссии. Прусский король, боявшийся Наполеона как огня, настаивал на продолжении союза с ним. Но прусская армия объявила о прекращении военных действий против русских войск. По всей Германии развернулось народное движение против оккупантов. В тылу французских войск действовали партизанскте отряды.