Послевоенный период потребовал перестроить тип работы государственных органов для решения двух противоречивых задач: конверсии огромного военно-промышленного комплекса, который сложился в ходе войны, с целью быстрейшей модернизации хозяйства; создания двух принципиально новых систем оружия, гарантирующих безопасность страны - ядерного оружия и неуязвимых средств его доставки (баллистических ракет). Работа большого числа ведомств стала объединяться в межотраслевые целевые программы. Это был качественно новый тип государственного управления, хотя изменялась не столько структура органов, сколько функции. Эти изменения меньше заметны, нежели структурные, но государство есть система, и процесс в ней не менее важен, чем структура.

Конверсия военной промышленности была проведена быстро, повысив технический уровень гражданских отраслей (и тем самым позволив затем перейти к созданию новых военных производств). Наркомат боеприпасов был перестроен в Наркомат сельскохозяйственного машиностроения. Наркомат минометного вооружения в Наркомат машиностроения и приборостроения, Наркомат танковой промышленности в Наркомат транспортного машиностроения и т.д. (в 1946 г. наркоматы стали именоваться министерствами).

В результате массовой эвакуации промышленности на восток и разрушения во время оккупации и боевых действий в европейской части 32 тыс. промышленных предприятий сильно изменилась экономическая география страны. Сразу после войны началась соответствующая реорганизация системы управления - в него наряду с отраслевым стали вводить территориальный принцип. Смысл был в приближении органов управления к предприятиям, ради чего происходило разукрупнение министерств: во время войны их было 25, а в 1947 г. стало 34. Например, угледобычей стали теперь управлять Наркомат угольной промышленности западных районов и Наркомат угольной промышленности восточных районов. Аналогично был разделен Наркомат нефтяной промышленности.

На этой волне среди хозяйственных руководителей, экономистов стали появляться стремления к реорганизации системы управления экономикой, к смягчению тех ее сторон, которые сдерживали инициативу и самостоятельность предприятий, и в частности, к ослаблению пут сверхцентрализации.

Анализируя сложившуюся экономическую систему отдельные ученые и промышленники предлагали осуществить преобразования в духе НЭПа: при преобладающем господстве государственного сектора официально допустить частный сектор, охватывающий в первую очередь сферу обслуживания, мелкое производство. Смешанная экономика, естественно, использовала рыночные отношения.

Объяснение подобных настроений можно искать в той обстановке, которая сложилась во время войны. Экономика страны во время войны, быт населения, организация работы местных органов власти приобрели своеобразные черты. С переводом работы основных отраслей промышленности для обеспечения нужд фронта, резко сократился выпуск мирной продукции обеспечением жизни населения, снабжением его самыми необходимыми товарами и услугами стали заниматься преимущественно местные власти, организуя мелкое производство, привлекая к выпуску необходимых товаров кустарей и ремесленников. В результате получила развитие кустарная промышленность, оживилась частная торговля и не только продуктами питания, но промышленными товарами. Централизованным же снабжением была охвачена лишь небольшая часть населения.

Война приучила к определенной самостоятельности и инициативе многих руководителей всех уровней. После войны местные власти предпринимают попытки развернуть производство товаров для населения уже не только на мелких кустарных мастерских, но и на крупных заводах, подчиненных непосредственно центральным министерствам. Совет Министров Российской Федерации вместе с руководством Ленинградской области в 1947 г организовали в городе ярмарку, на которой предприятия не только России, но и Украины, Белоруссии, Казахстана и других республик, продавали не нужные им материалы. Ярмарка открыла возможности установления самостоятельных экономических связей между промышленными предприятиями минуя центр. Она в известной мере содействовала расширению сферы действий рыночных отношений (несколько лет спустя организаторы этой ярмарки поплатились жизнью за проявленную инициативу).

Надежды на преобразования в области управления экономикой оказались несбыточными. С конца 40-х годов был взят курс на усиление прежних административно-командных методов руководства, на дальнейшее развитие существовавшей модели экономики.

Для понимания причин такого решения надо иметь в виду двойное предназначение промышленности России. Ее высокие мобилизационные возможности в годы войны объяснялись во многом тем, что экономика с самого начала была ориентирована на работу в военных условиях. Все заводы, которые создавались в предвоенные годы, имели одновременно гражданский профиль и военный. Таким образом, вопрос о модели экономики должен был обязательно затрагивать и этот ключевой аспект. Предстояло решить, будет ли экономика действительно гражданской или как прежде, остается двуликим Янусом: мирной на словах и военной по существу.

Решающей стала позиция Сталина - все попытки перемен в этой области наталкивались на его имперские амбиции. В результате советская экономика возвращалась к милитаристической модели со всеми присущими ей недостатками.

Также в этот период встал вопрос: что такое советская система хозяйства (она называлась социализм, но это - чисто условное понятие, не отвечающее на вопрос). До окончания войны жизнь ставила столь четкие и срочные задачи, что большой потребности в теории не было. Теперь надо было понять смысл плана, товара, денег и рынка в экономике СССР.

Чувствуя, что вопрос сложен и готового ответа в марксизме нет, Сталин, сколько мог, оттягивал издание учебника по политэкономии социализма. В 1952 г. он опубликовал важную работу «Экономические проблемы социализма в СССР», где осторожно, не вступая в полемику с марксизмом, дал понимание советской экономики как нерыночного хозяйства отличной от Запада ("капитализма") цивилизации. Иное толкование было невозможно.

К восстановлению хозяйства страна приступила еще в год войны, когда в 1943г. было принято специальное партийно-правительственное постановление "О неотложных мерах по восстановлению хозяйства в районах, освобожденных от немецкой оккупации". Колоссальными усилиями советских людей к концу войны в этих районах удалось восстановить промышленное производство на треть от уровня 1940 г. Освобожденные районы в 1944 г. дали свыше половины общегосударственных заготовок зерна, четверть скота и птицы, около трети молочных продуктов.

Однако как центральная задача восстановления встала перед страной лишь после окончания войны.

В конце мая 1945 г. Государственный Комитет Обороны постановил перевести часть оборонных предприятий на выпуск товаров для населения. Несколько позднее был принят закон о демобилизации тринадцати возрастов личного состава армии. Эти постановления ознаменовали начавшийся переход Советского Союза к мирному строительству. В сентябре 1945 г. был упразднен ГКО. Все функции по управлению страной сосредоточились в руках Совета Народных Комиссаров (в марте 1946 г. преобразован в Совет министров СССР).