Вместе с тем с началом войны развернулась энергичная работа по организации активной разведывательной деятельности. В частности, были проведены следующие мероприятия.

К 11 июля 1941 г. во внутренних военных округах были сформированы и обучены 4 фронтовых и 7 армейских радио дивизионов. Кроме того, в июле началась ускоренная подготовка разведчиков-диверсантов. Разведуправление и разведывательные отделы фронтов и армий в условиях быстро менявшийся обстановки прилагали большие усилия, чтобы не только сохранить, но и увеличить силы и средства разведки. Значительно активизировалась работа всех официальных разведаппаратов и источников за рубежом. Однако результаты работы Разведуправления все равно не могли удовлетворить потребности Генштаба и войск в информации. В военной разведке ощущался острый недостаток подготовленных кадров, не на должном уровне было организованно взаимодействие различных видов разведки, слабым являлось материально-техническое и финансовое обеспечение зарубежных органов разведки. Так, резидентуры были обеспечены финансовыми средствами для работы в военное время всего на 3-6 месяцев.

Те не менее уже в начале войны, после определенной стабилизации фронта к осени 1941 г., военная разведка добывала данные о группировках войск немцев, и их численности, возможных направлениях главных ударов, технической оснащенности частей и соединений противника, о переобстановке войск и резервов, докладывала о позиции различных стран. В частности донесения Зорге и Радо в августе-сентябре 1941 г. о том, что Япония не вступит в войну против СССР в 1941 г., помогли Ставки Верховного Главнокомандования принять решения о передислокации части войск с Дальнего Востока на Западное направление, в том числе и под Москву.

Вплоть до октября 1941 г. Зорге систематически докладывал о позиции Японии, о военном и военно-экономическом положении Германии. Регулярно поступала информация о военных планах, состоянии армии и вооружении немецкой армии, о положении на советско-германском фронте, а также ценные сведения из Бельгии, Франции, Скандинавии, Швейцарии, Румынии и др. стран. В Скандинавии наша разведка систематически получала (источник «Карл») расшифрованные сводки германской армии, а также директивные указания штаба Верховного главнокомандования вермахта. В результате этого Разведуправление имело возможность почти ежедневно в течении длительного времени представлять военному руководству СССР оперативные сводки германских штабов о положении на Восточном фронте. На основе этой информации в Ставке Верховного Главнокомандования велась специальная оперативная карта.

Директива СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 29 июня 1941 г. определяла основные направления работы военной разведки. В ее пятом пункте говорилось: «В занятых врагом районах создавать партизанские отряды и диверсионные группы для борьбы с частями вражеской армии, для разжигания партизанской борьбы всюду и везде, для взрыва мостов, дорог, порчи телефонной и телеграфной связи, поджога складов и т. д.»[5]. В соответствии с требованиями директивы военная разведка с первых дней войны начала проводить работу по подготовке и заброске в тыл немецких войск разведывательно-диверсионных групп и отрядов, а также развертыванию в тылу противника партизанского движения. Эта работа оказалась весьма эффективной и продолжалась во все увеличивавшихся масштабах до конца войны. Так в июле-августе 1941 г. только разведорганы Западного фронта подготовили и направили в тыл противника около 500 разведчиков, 17 партизанских отрядов и 29 разведывательно-диверсионных групп. С мая 1943 г. по май 1945 г. в тыл противника было заброшено 1926 разведывательных и разведывательно-диверсионных групп общей численностью почти 10 тыс. человек и привлечено к работе около 15 тыс. местных жителей. За это же время (май 1943-май 1945 г.) органами военной разведки было добыто более 170 тыс. различного рода документов, получены данные о секретных переговорах Гитлера с Муссолини, Антонеску и Хорти, данные, свидетельствовавшие о переговорах наших союзников с немцами относительно возможной односторонней капитуляции Германии и по другим военно-политическим вопросам. В добывании этой информации активную роль играла стратегическая зарубежная разведка, особенно резидентуры в Швейцарии, на Балканах, в Турции, Иране, Франции, Англии, США и в некоторых др. странах. Подтверждалась правильность курса Я. К. Берзина на создание разведывательной сети на территории стран, окружавших Германию, и на территории некоторых воюющих и нейтральных государств. Что касается союзников СССР, то опыт войны показал: разведывательная работа на их территории была весьма полезна не только в смысле выяснения планов противника, но и для освещения важных вопросов военно-политического, экономического и научно-технического планов союзников, которыми они избегали делиться с СССР, несшим наибольшую тяжесть в войне с немцами.

Особую и весьма важную роль в работе военной разведки во время войны играли партизанские отряды и соединения, создававшиеся органами военной разведки. Основными их задачами были сбор разведывательных сведений о войсках противника, срыв его военных мероприятий, совершения диверсий на военных объектах, нарушение коммуникаций.

В начале 1943 г. на базе партизанских отрядов и соединений стали формироваться оперативные центры для организации разведывательной работы - подбора источников информации и выполнения диверсионных заданий. Каждый центр имел в своем составе радиоузел. Только в конце 1942 г. - начале 1943 г. в тыл противника было направлено 650 радистов для обеспечения радиосвязи разведывательных формирований со штабами фронтов. В январе 1943 г. начал действовать оперативный центр «Омега» при партизанском отряде Н. П. Федорова, контролировавший районы Припять, Киев, Пирятен, Бахмач, который должен был вскрыть группировку немецких войск в этом районе и следить за переброской резервов. Активно действовал оперативный разведывательный центр под командованием И. Н. Банова в районе Минска-Бреста. Летом 1943 г. был создан оперативно-разведывательный центр Разведуправления (РУ) во главе А. П. Бринским, действовавший в районе городов Ковель и Каменец-Подольский. Здесь была создана обширная агентурная сеть. Центр регулярно получал ценную информацию о перебросках немецких войск и их группировках. Сведения Бринского имели важное значение для планирования и проведения Белорусской операции.

В январе 1942 г. в Государственный Комитет Обороны были доложены предложения по улучшению работы военной разведки, основанные на опыте первых месяцев ее работы во время войны. Они вытекали из следующих недостатков: организационная структура РУ не соответствовала условиям работы в военное время; не было должного руководства работой РУ со стороны Генштаба; материальная база военной разведки была узкой; в частности, не было самолетов для переброски разведчиков в тыл противника, нужной экипировки; в РУ отсутствовали крайне необходимые отделы диверсионной и войсковой разведки.

Для ликвидации этих недостатков приказом наркома Обороны 16 февраля 1942 г. Разведуправление было реорганизовано в Главное Разведывательное Управление (ГРУ). 22 октября 1942 г. нарком Обороны вывел из состава ГРУ войсковую разведку, разведотделам фронтов было запрещено вести агентурную разведку. На ГРУ возлагалась задача проведения всей агентурной работы за рубежом и на оккупированной немцами территории СССР. Одновременно ГРУ было выведено из Генштаба и подчинено наркому Обороны, а для руководства войсковой разведкой в составе Генштаба создавалось Разведуправление.