Именно осенью 1905 года (в октябре) впервые обсуждалась на совещании Витте с "общественными деятелями" кандидатура Столыпина на пост министра внутренних дел. С этого периода они находились на политической арене одновременно.

Став председателем Совета Министров, Витте не потерял интереса к переустройству крестьянского землевладения, хотя центральным становился теперь вопрос о принудительном отчуждении в пользу крестьян части казенных и помещичьих земель. Временами, в моменты подъема крестьянского движения, даже в самых консервативных помещичьих кругах готовы были пойти и на это; 3 ноября царским манифестом были отменены выкупные платежи. Однако, как только карательная политика приносила успех, аграрное реформаторство встречало сопротивление.

В начале 1906 г. царь пишет: "Частная собственность должна оставаться неприкосновенной". Как меру, обещавшую смягчить крестьянский натиск на землевладение помещиков, Николай II одобрил необходимость признать надельные земли собственностью владельцев и установить порядок выхода крестьян из общины этот вопрос был включен в программу занятий Думы, разработанную виттевским кабинетом.

После аграрных бунтов 1905-1906 гг. для всех стала очевидной необходимость ликвидации принудительных общин. Предполагалось, что после этого возникнут общины со свободной системой землепользования, некоторые из них станут, по желанию самих крестьян, частными, некоторые - кооперативными хозяйствами. Законопроект I Думы о земельной реформе, который предусматривал разрешить эту проблему путем выкупа земли у частных собственников и передачи ее крестьянам, позволил бы крестьянам самим определить будущее общинного землевладения. Это был разумный и демократичный путь решения древнейшей и наиболее существенной социально-политической проблемы России.

В случае принятия законопроекта в деревне немедленно начался бы процесс социального расслоения, и нет сомнений [4], что из недр крестьянских масс возникло бы "буржуазное" меньшинство, что позволило бы осуществить внедрение фермерской системы по французскому или немецкому образцу.

Помещики в провинции приняли в штыки идею отчуждения их земель в любом варианте. К Николаю пошли записки, в которых требовали заменить Витте "лицом более твердых государственных принципов". А Николаю и навязанная ему конституция, и принудительное отчуждение, и Витте лично были поперек горла.

Правительство Витте, кроме подготовки к созыву Думы, занималось введением исключительного положения в отдельных местностях, расширением правительственной пропаганды как "средства успокоения населения и утверждения в нем правильных политических понятий", применением военно-полевых судов, смертной казни, репрессий против государственных служащих за участие в революционном движении. Порой Совету министров приходилось отмечать и даже пресекать карательные излишества, выражать неодобрение черносотенным выступлениям, приравненных по наказуемости к революционным, вырабатывать меры по предотвращению погромов. Действия против революции Витте делил на карательные - "так сказать, меры отрицательного свойства", дающие "только наружное временное успокоение" и меры "ограничительного характера" - уступки тем или иным социальным группам для их умиротворения.

В полугодичной деятельности Кабинета большое место отводилось преобразованиям, связанным с осуществлением провозглашенных 17 октября свобод законам об обществах и союзах, о собраниях, о печати. Элементы правового порядка Витте хотел использовать для развития нового строя, противоречивый характер которого современники выражали парадоксальной формулой: "конституционная империя с самодержавным царем".

Витте и сам в случае тактической необходимости готов был следовать этой формуле, выступать сторонником неограниченной царской власти.

В середине апреля были опубликованы результаты выборов в Думу, а в конце апреля 1906 г. перед открытием Думы Витте вышел в отставку.