В июне Алексей был увезён в Петербург, где под пытками скончался 26 июня в Петропавловской крепости.

Потешный городок стал именоваться Стольным городом. Постепенно вокруг него образовались целые слободы: Преображенская и Семёновская.

В 1689г. была построена Съезжая изба для расправы и разных дел, которая послужила основанием для Преображенского приказа и впоследствии Тайной канцелярии. Учреждённую Петром в Преображенском Тайную канцелярию сравнивали с Римской инквизицией. После стерецкого бунта 1698г. стрельцы были уничтожены, и караулы по Москве заняли Преображенский, Семёновский и Бутырский полки, в связи с этим все дела по общественной безопасности сосредоточились в Преображенской приказной избе. Показания, подтверждённые пытками, были единственным юридическим доказательством справедливости показания, поэтому пытки и розыски во времена Петра процветали. В селе Преображенском при Петре было много застенков. Карамзин писал: "Среди огородов села Преображенского я с ужасом находил подвалы, тёмные подземные казематы и длинные коридоры, в которых производились пытки, делались по современному выражению, нещадные розыски. Тайная канцелярия день и ночь работала в Преображенском, в вертепах которого лились потоки крови". Руководил приказом князь Ромодановский. Преображенский приказ был уничтожен при Петре II 4 апреля 1729г. в Страстную пятницу (окончательное уничтожение пытки произошло в самом начале царствование Александра I).

От построек царя Алексея Михайловича не осталось ничего, от петровских построек - тоже, он и сам под конец ими мало дорожил и даже сжег одну из них для потехи ( в 1690г.). К 1800г. от всех строений не осталось даже развалин. Остались только названия улиц: Бужениновская (по имени Моисея Буженинова, который заведовал стройкой Преображенского дворца), Суворовская (по имени генерального писаря Ивана Суворова); Девятая рота; Преображенская площадь; Матросский мост; Черкизово; Стромынка.

Как уже раньше говорилось, Преображенское получило своё название от церкви в 1660г., построенной близ деревушки Хапиловки. Через десять лет царь Алексей Михайлович построил уже на своём дворе церковь "Вознесения Христова". От них ничего не осталось.

В 1765г. была построена каменная церковь Преображения, которая сохранилась до наших дней. Преображенская церковь до 19 века была очень бедной, находилась в жалком состоянии. Причиной этого были малочисленность прихожан, бедность их и преобладание в Преображенском старообрядцев раскольников. В 19 веке старообрядцев стало меньше, некоторые переселились в другие места, в это время в Преображенское начали переселяться православные, начали осваиваться фабрики и фирмы, преимущественно мануфактурные.

Церковные доходы естественно увеличились, церковь была отреставрирована, там есть несколько ценных древних икон, великолепно отделан предел Петра и Павла. При церкви образовалось кладбище, которое существует и сейчас.

Старообрядцы начали селиться в Преображенском в первой половине 18 века. Это было единственное место Москвы, самое глухое - на берегу Яузы и близ Хапиловского пруда, где они могли тайно собираться для отправления своих служб. В царствование Екатерины II, когда гонения ослабели, раскольники составили небольшое общество.

В 1771г. Москву поразила чума и голод. В связи с чумой привоз съестных припасов в город прекратился. Жители спешили оставить Москву. Чтобы остановить бегство жителей из города, которые могли заразить окрестные города и сёла, правительство дало распоряжение учредить карантины и лазареты.

Старообрядцы получили от правительства разрешение на частный карантин и кладбище для погребения умерших от чумы. На дороге Стромынке поставили заставу, построили несколько домиков и задерживали всех, выходящих из Москвы. Они мобилизовали все средства, чтобы этим людям доставляли пропитание и уход во время болезни. Молва обо всём этом быстро распространилась и произвела большое впечатление на народ. В Преображенское село стало стекаться много людей. Много людей перешло к старообрядцам, перекрестилось.

Феодосийская община и Преображенское кладбище, под именем которого она была известна, превратилась в обширное сильное учреждение. При Екатерине II они процветали. При Павле кладбище подверглось неожиданной опасности: было приказано его уничтожить. Исполнение откладывалось (говорят, в качестве взятки был преподнесён большой пирог, начинённый червонцами). Вскоре Павел I умер, и дело об уничтожении было преданно забвению. А в царствование Александра I был объявлен манифест, в котором была дана свобода всем вероучениям. Община процветала.

Во время пожара 1812г. Преображенское не пострадало.

Много зданий зданий общины дошло до наших дней.

Во время эпидемии холеры в 1831г. община сыграла такую же роль, что и в 1771 г. её влияние стало ещё больше.

В 1866г. митрополит Филарет основал православный Никольский мужской монастырь (частично сохранившийся до нашего времени).

Окрестности Преображенского.

Красное село было основано при Иване Грозном. Село это замечательно тем, что во время смут в Москве оно приняло сторону Лжедимитрия и способствовало ему в овладении престолом.

Следуя далее в Преображенское, находится Сокольничье поле (Сокольники), на котором при царе Алексее Михайловиче был Соколиный двор. Соколиная охота на Руси была в большом почёте. На Сокольничьем поле жили особой слободою царские сокольники. С северной стороны к этому полю примыкал большой старинный лес (Сокольники).

Недалеко от Сокольников, близ реки Яузы (напротив Преображенского), находилась Екатерининская богадельня (Матросская); при Петре I на этом месте помещалась парусная фабрика, при ней была устроена богадельня для заслуженных и бедных матросов (сейчас это место наз. Матросская тишина, там находится тюрьма).

Против Сокольничьей рощи (на востоке), на другом берегу Яузы, не далеко от Преображенского находилось село Богородское (на этом месте сейчас Богородское кладбище).

Вблизи Преображенского находилось село Черкизово - одно из древнейших подмосковных сел, известных с XIV века. Тогда это было уединённое место, окружённое дремучими лесами. Царь Иван Грозный ездил в Черкизово на охоту.

Недалеко от Черкизова находилось село Измайлово, бывшая вотчина царских предков - бояр Романовых. В XVII веке это село славилось своим хозяйством: здесь процветали земледелие, скотоводство, садоводство, хмелеводство, пчеловодство и даже мануфактура. При царе Алексее Михайловиче было выкопано много прудов, в которых выращивалась рыба. В огородах росли арбузы и дыни.

В Измайлове в разное время жили Анна Иоановна, Пётр II, Елизавета. Там устраивались великолепные охоты. Из всех русских зверинцев в XVII веке самый лучший был Измайловский. С середины XVIII века Измайлово оставалось в забвении, пока в 1849г. Николай I решил построить там военную богадельню. До сих пор существует Измайловский парк, который является самым большим в Европе.

От Измайлова на обратном пути к Москве находилось старинное село Введенское, на речке Сосенке. Село Введенское называлось по церкви Введения в храм Пресвятой Богородицы, которая было построена в 1643 году. Уже при царе Алексее Михайловиче село стало чаще называться Семёновским, где после поселился Семёновский гвардейский полк.