Судебник признавал бесспорным доказательством собственное признание стороны. Если истец отказывался от всего или части иска или ответчик признавал исковые требования, то иных доказательств уже не требовалось.

Другим видом доказательств были свидетельские показания. В отличие от Русской Правды Судебник признавал только один вид свидетелей — послухов.

Доказательством признавалось и «поле» — судебный поединок. Победивший в бою считался правым, то есть выигрывал дело. Проигравшим признавался не явившийся на поединок или сбежавший с него. На «поле» можно было выставлять за себя наймита.

В качестве доказательств стали применяться различного рода документы: договорные акты, официальные грамоты. Доказательством считалась также присяга.

Современные правоведы, занимающиеся проблемами истории государства и права (например, профессор О.И. Чистяков) считают, что обострение классовой борьбы обусловило появление новой формы процесса — розыска, то есть следственного, или инквизиционного процесса. Розыск применялся при рассмотрении наиболее серьезных уголовных дел, в том числе и по политическим преступлениям. Его введение было обусловлено стремлением не столько найти истину, сколько быстро и жестоко расправиться с «лихими» людьми. «Лихой» человек — это, вообще говоря, не обязательно уличенный преступник. Это лишь лицо неблагонадежное, с дурной славой, которое «облиховали» «добрые» люди, то есть благонамеренные члены общества.

Розыск отличался от состязательного процесса тем, что суд сам возбуждал, вел и завершал дело по собственной инициативе и исключительно по своему усмотрению. Подсудимый был скорее объектом процесса. Главным способом «выявления истины» при розыске являлась пытка.

Уже Соборное Уложение 1649 года уделяет розыску достаточное место, хотя предпочтение отдается суду. Именно этой формепосвящена громадная глава Х, ее касаются и другие главы. В законодательстве все еще не проводилось четкого различия между уголовным и гражданским процессом, хотя начало их разделения уже имело место.

Гражданские и менее важные уголовные дела рассматривались в порядке обвинительного процесса, то есть того, что в Уложении называется судом. Потерпевший подавал в судебный орган заявление, в котором излагал содержание (цену иска) и указывал местожительство ответчика. Судья-дьяк делал надпись на заявлении, которое приобретало после этого форму нового документа — приставной грамоты. Приставная грамота выдавалась чиновнику судебного органа — приставу, который и обязан был обеспечить явку ответчика. Получив приставную грамоту, ответчик должен был явиться в суд самолично или найти поручителя, который нес бы ответственность своим имуществом за явку ответчика в суд. Поручительство оформлялось поручной записью. Если истец уклонялся от явки в суд, пристав должен был поймать его и привести, а судья обязан был не отпускать его до тех пор, пока он не выставит поручителей.

Стороны, прибывшие в суд, должны были удостоверить свою явку в специальном заявлении. Ответчик, не являвшийся в суд до трех раз, проигрывал дело. Истцу выдавалась судебным органом бессудная грамота, по которой он без судебного разбирательства имел право требовать с ответчика или его поручителя возмещение иска.

До начала судебного процесса стороны имели право договориться об иске. Ответчик мог признать цену иска и удовлетворить его, и дело на этом заканчивалось. Соборное Уложение предоставляло право отвода сторонами судьи или подьячего, т.е. секретаря суда, если имелись на то основания. Стороны были обязаны до конца участвовать в судебном разбирательстве, после окончания которого подписывали протокол заседания. Первым видом доказательства по искам и маловажным уголовным делам являлось крестное целование.

Вторым видом доказательств были показания свидетелей. Существовал и такой вид доказательства, как общая ссылка или общая правда, когда обе стороны ссылались на одного и того же свидетеля или группу одних и тех те свидетелей, условливаясь, что их показания для дела будут решающими. Лицо или лица, на которых ссылались стороны, должны были быть очевидцами фактов, о которых они свидетельствовали.

В состязательном процессе большое значение имели такие доказательства, как ссылка из виноватых и общая ссылка. При ссылке из виноватых стороны ссылались на группу свидетелей, указывая при этом, что если хоть один из свидетелей даст показание, противоречащее утверждениям сторон, или укажет на свою неосведомленность в этом вопросе, то данная сторона автоматически проигрывает дело. При общей ссылке обе стороны ссылались на одного свидетеля, условливаясь, что его показания будут решающими для дела.

Обыск как вид доказательства заключался в вопросе окольных людей о спорных обстоятельствах дела. Стороны не должны были присутствовать при обыске, чтобы тем самым не влиять на опрашиваемых людей. Опрос проводился лицом, называемым сыщиком. Показания окольных людей, дававшиеся под присягой, записывались и скреплялись их подписью. Кроме обычного применялся и повальный обыск, то есть массовый опрос населения, иногда свыше ста человек. По делу опрашивались все взрослые люди, кто знает, кто видел, кто слышал, кто предполагает что-либо и т.д. Результаты повального обыска подсчитывались, и та сторона, которая получала больше ответов в ее пользу, выигрывала дело.

Весьма существенным видом доказательств являлись письменные доказательства, узаконенные Соборным Уложением 1649 года.

В судебных исках размером менее рубля применялся такой вид доказательства, как жребий.

После исчерпания сторонами всех видов доказательств составлялся судебный список, то есть протокол судебного разбирательства, и дело переходило в дальнейшую процессуальную стадию, которая завершалась приговором, или вершением.

Кроме обычного судебного процесса, главным образом по гражданским искам, Уложение знает другую форму процесса — розыск или сыск, основанный на следственных началах. Этому виду процесса в основном посвящена глава XXI Уложения «О разбойных и татиных делах». В ней подробно регламентируется борьба с грабежом, разбоем и кражей, к которым применялись особые методы следствия — сыск. Сыск применялся также и по политическим делам, направленным против основ царского строя.

Дела по политическим и имущественным преступлениям возбуждала не только потерпевшая сторона, но и сами судебно-административные органы.

К основным видам розыска, кроме показаний свидетелей, относился еще и повальный обыск. Его обычно проводили служивые люди губных и воеводских изб. Они допрашивали людей всей волости или губы, воеводства. При этом собирались показания не только тех, кто сам видел, но и тех, кто слышал, кто предполагал что-либо по делу розыска.

Собранные сведения, в случае их единогласия, давали основания квалифицировать человека как обвиняемого, или «облихованного». Такого человека ставили затем на пытку, во время которой он или признавал свою вину или отрицал ее. Последнее не влияло на вынесение решения о мере наказания, которая уже определялась результатом повального обыска. Как правило, виновные приговаривались к смертной казни или же тюремному заключению с применением разного рода телесных наказаний.