Тем временем, среди начальников Первого ополчения разгоралась вражда. Заруцкий опирался на казаков, которых не любили и побаивались служилые люди, бывшие главной опорой Ляпунова. Своевольство и грабежи казаков вызывали недовольство дворян. Открытый конфликт начался с того, что воевода Матвей Плещеев схватил 28 казаков и приказал их утопить. Другие казаки выручили своих, привели в стан ополчения, созвали круг и стали «шуметь», намереваясь убить Ляпунова. Тот собрался бежать в Рязань, но поддался на уговоры и остановился в острожке у Никитиских ворот. На следующий день казаки вызвали Ляпунова в круг, кричали на него, показывая грамоту, якобы за его подписью с призывом убивать казаков, и, наконец, зарубили саблями.

После смерти Ляпунова дворяне стали уходить из подмосковного лагеря ополчения, опасаясь утеснений и убийства от казаков. Первое ополчение распалось.

После смерти П.П.Ляпунова знаменем освободительного движения стал патриарх Гермоген. По мнению И.Е.Забелина толчок к организации Второго – нижегородского ополчения – дала грамота патриарха Гермогена, полученная в Нижнем 25 августа 1611 г. Патриарх, заточенный в Чудовом монастыре через «безстрашных людей» свияжского сына боярского Родиона Моисеева и Романа Пахомова, продолжал рассылать по городам грамоты с призывом, чтобы «стояли крепко в вере, а бояром бы говорили и атаманье бесстрашно, чтоб отнюдь на царство проклятого Маринкина паньина сына не благословляю». Гермоген призывал писать и в другие города боярам и земским людям, «чтобы уняли грабеж, корчму, блядню, имели бы чистоту душевную и братство и промышляли б, как реклись души свои положити за Пречистыя дом и за чудотворцев и за веру».

Первое земское ополчение.

Польская оккупация Москвы затягивалась, Владислав непринимал православия и не ехал в Россию, правление поляков и польских клевретов в Москве возбуждало все большее неудовольствие, ноего терпели как меньшее зло, ибо присутствие польского гарнизона в столице делало ее недоступной для Тушинского (теперь Калужского) вора. Но в декабре 1610 г. Вор был убит в Калуге, и это событие послужило поворотным пунктом в итории Смуты. Теперь у служилых людей, и у "земских" людей вообще и у тех казаков, у которых жило национальное сознание и религиозное чувство, оставался один враг, тот, который занимал русскую столицу иноземными войсками и угрожал национальному русскому государству и православной русской вере.

Во главе национально-религиозной оппозиции в это время становится патриарх Гермоген. Он твердо заявляет, что если королевич не примет православия, а "литовские люди" не уйдут из Русской земли, то Владислав нам не государь. Когда его словесные доводы иувещания не оказали действия на поведение противной стороны, Гермоген стал обращаться к русским людям с прямыми призывами к восстанию на защиту церкви и отечества. Впоследствии, когда патриарх был подвергнут заключению, его дело продолжали монастыри, Троице-сергиев и Кирилло-Белозерский, рассылавшие по городам свои грамоты с призывами к соединению и "великому стоянию" против врагов за святую православную веру и за свое отечество.

Голос патриарха Гермогена был скоро услышан. Уже в самом начале 1611 г. начинается широкое патриотическое движение в стране. Города переписываются между собою, чтоб всем прийти в соединение, собирать ратнных людей и идти на выручку к Москве. "Главный двигатель восстания . был патриарх, по мановению которого, во имя веры, вставала и собиралась Земля".

Весною 1611 г. к Москве подступило земское ополчение и начало его осаду. В это время король Сигизмунд прекратил бесконечные переговоры под Смоленском с русскими послами и велел увезти митрополита Филарета и князя Голицына в Польшу как пленников. В июне 1611 г. поляки, наконнец, взяли Смоленск, в котором из 80.000 жителей, бывших там в начале осады, оставалось в живых едва 8.000 человек.

Значительная часть Москвы в марте 1611 г. подверглась разгрому и сожжению со стороны польского гарнизона, желавшего предупредить восстание, причем было избито несколько тысяч жителей. Пришедшее под Москву земское ополчение состояло из двух различных элементов: это были, во-первых, дворяне и дети боярские, во главе которых стоял знаменитый в то воремя рязанский воевода Прокопий Ляпунов, а во-вторых, казаки, во главе которых стояли бывшие тушинские бояре, князь Дм.Трубецкой и казачий атаман Иван Заруцкий. После многих разногласий и раздоров, воеводы и ополчения договорились между собою и 30-го июня 1611 г. составили общий приговор о составе и работе нового земского правительства - из Трубецкого, Заруцкого и Ляпуннова, которых "выбрали всею землею" для управления "земскими и ратными делами".

Однако приговор 30 июня не устранил антагонизма между дворянами и казаками и личного соперничества между Ляпуновым и Заруцким. Дело кончилось тем, что казаки, подозревая Ляпунова во враждебных умыслах, вызвали его в свой круг для объяснения и здесь зарубили его. Оставшись без вождя и напуганные казацким самосудом, дворяне и дети боярские в большинстве разъехались из-под Москвы по домам. Казаки оставались в лагере под Москвой, но они были недостаточно сильны, чтобы справиться с польским гарнизоном.