Организация партизанских действий в тылу немецких войск советским политическим руководством с началом войны рассматривалась в основном не как задача вооруженных сил, а как одна из задач партийных и советских органов. 29 июня 1941 года, т.е. через неделю после начала вторжения, вышла Директива Совнаркома СССР и ЦК ВКП(б) партийным и советским организациям прифронтовых областей, где в частности указывалось: "В занятых врагом районах создавать партизанские отряды и диверсионные группы для борьбы с частями вражеской армии, для разжигания партизанской войны всюду и везде, для взрыва мостов, дорог, порчи телефонной и телеграфной связи, поджога складов и т.д. В захваченных районах создавать невыносимые условия для врага и всех его пособников, преследовать и уничтожать их на каждом шагу, срывать все их мероприятия". С точки зрения организации вооруженного сопротивления в тылу противника данная директива была лозунгом, поскольку никакой руководящей партийной или государственной структуры, предназначенной для "разжигания партизанской войны" заблаговременно создано не было. Установка на ведение открытой вооруженной борьбы с хорошо оснащенными и подготовленными частями немецкой армии обрекало партизанские отряды на разгром и чрезвычайно большие потери.

Одной из причин неверного выбора целей и задач партизанских отрядов и диверсионных групп в тылу противника был механический перенос форм партизанской борьбы с гражданской войны на новые условия начавшейся войны. Если в годы гражданской войны вооружение партизанских отрядов и противостоящих им частей регулярных войск, за исключением артиллерии, было в основном одинаковым (пулеметы, винтовки, гранаты, сабли), то в 1941 году противник имел большое количество танковых и механизированных соединений и частей, которые при поддержке авиации и артиллерии обладали подавляющим превосходством в открытом бою с партизанами. Поэтому, если в гражданскую войну "партизанские отряды занимали города" и могли разгромить противника в открытом бою, то к началу второй мировой войны они эту способность в основном утратили. Чем крупнее был партизанский отряд, ввязавшийся в открытый бой с немцами, тем легче было противнику применить современные средства поражения и уничтожить партизанское формирование.

10 июля 1941 года Государственный Комитет Обороны направил главнокомандующим войсками направлений К.Е. Ворошилову, С.К. Тимошенко, С.М. Буденному, а также командующим округами, фронтами и армиями, председателям СНК и секретарям ЦК союзных республик Постановление № ГКО-83сс за подписью И. Сталина, где предписывалось: "Обязать главкомов почаще разбрасывать с самолетов в тылу немецких войск небольшие листовки за своей подписью с призывом к населению громить тылы немецких армий, рвать мосты, развинчивать рельсы, поджигать леса, уйти в партизаны, все время беспокоить немцев- угнетателей. В призыве указывать, что скоро придет Красная Армия и освободит их от немецкого гнета". Громить тылы немцев, таким образом, должны были не специальные части вооруженных сил, а безоружное мирное население оккупированных областей, которое призывали к самоорганизации для вооруженной борьбы на захваченных территориях.

8 июля 1941 года начальник Генерального штаба Сухопутных войск Германии генерал-полковник Ф. Гальдер делает следующую запись в своем дневнике: "Вагнер (генерал-квартирмейстер) представил доклад о положении со снабжением. Оно всюду вполне удовлетворительное. Работа железных дорог превзошла все наши ожидания.

Лишь на участке Брест - Минск пропускная способность железной дороги несколько ниже ожидавшейся. Выполнение ближайших оперативных задач в материально-техническом отношении вполне обеспечено. Автотранспорта большой грузоподъемности вполне достаточно". Только с 1 по 16 августа в немецкие войска было доставлено 340 эшелонов с боеприпасами, т.е. такое количество боеприпасов, какое предусматривалось всем планом "Барбаросса". Примечательно, что приблизительно к этому времени группа армий "Центр" от ударов авиации, по техническим и другим причинам потеряла одну треть своего автотранспорта большой грузоподъемности. Партизанских действий на шоссейных дорогах противником не отмечается, хотя основная масса немецкого автотранспорта большой грузоподъемности еще занята перевозками боеприпасов и других предметов снабжения от границы до Днепра.

18 июля 1941 года, когда немецкими войсками уже были оккупированы Прибалтика, почти вся Белоруссия, западная часть Украины, вышло постановление ЦК ВКП(б) "Об организации борьбы в тылу германских войск", где партизанские действия, по-прежнему, рассматривались как вооруженная форма политической борьбы. В нем подчеркивалась роль партийного руководства и выдвигалась задача: " .развернуть сеть наших большевистских подпольных организаций на захваченной территории для руководства всеми действиями против фашистских оккупантов". Для руководства партизанской борьбой развернулась организаторская работа, направленная, прежде всего, на создание партийных комитетов на оккупированной территории, и к концу 1941 года в тылу противника действовало 18 подпольных обкомов, более 260 окружкомов, горкомов, райкомов и других подпольных партийных организаций.

На основании данного Постановления и приказа Наркома обороны в Главном политическом управлении РККА и политуправлениях фронтов были организованы 10-е отделы, а в политотделах армий - 10-е отделения для организации партийно-массовой работы среди населения оккупированных областей и политического руководства партизанским движением. "Так как в то время не существовало никаких пособий и наставлений по вопросам организации и тактики партизанской борьбы, - вспоминал впоследствии П.К. Пономаренко, - Главное политическое управление в октябре 1941 года разослало армейским политорганам "Инструкцию по организации мелких местных партизанских отрядов", составленную в период гражданской войны и интервенции против Советской России". Отсутствие уставов, наставлений и других руководящих документов по подготовке и ведению партизанских действий, тактике действий партизанских отрядов и диверсионных групп явилось важным фактором, влияющим на выбор форм специальных действий. Незнание основных положений по подготовке и ведению специальных действий заставляло партизан искать наиболее оптимальную структуру организации сил и средств, вырабатывать специальные формы их боевого применения уже в ходе боевых действий и нести большие потери.

Вопросы подготовки, вывода и руководства партизанскими отрядами в тылу противника выходили также за рамки разведывательного обеспечения операции и боя. Разведывательные отделы фронтов и армий пытались направить деятельность партизанских отрядов и диверсионных групп только на решение задач, возложенных на разведку. Этот недостаток, в частности, был отмечен в постановлении смоленского обкома ВКП(б) от 11 ноября 1941 года при анализе состояния партизанского движения в области: "Командование армий, дивизий и полков направляют деятельность партизанских отрядов и используют их односторонне, только для разведки, что ограничивает инициативу партизанских отрядов и их командиров по уничтожению живой силы, материальной части, транспорта и путей сообщения противника". Таким образом, наличие и ведомственная принадлежность органа управления специальными действиями являлась существенным фактором, влияющим на выбор задач и форм боевого применения партизанских отрядов и диверсионных групп в тылу противника.