Павел III спешил и даже не стал дожидаться, пока будет окончательно написан устав. Лойола только начал составлять устав почти через год. Надо было писать по-латыни, но так как он не смог выучиться официальному языку католической церкви, то сочинял по-испански, а другие переводили на латынь.

О том, как хорошо понял Лойола новые требования папства, свидетельствуют многие документы, написанные им самим или при его участии. Прежде всего это орденский устав, затем еще раньше написанная Лойолой книга «Духовные упражнения» и им же законченные в 1555 году «Конституции» ордена. Уже эти три основных документа являются убедительным доказательством остроты дворянского классового чутья Лойолы и его сподвижников.

Первый класс ордена, самый низший, составляли новиции, т.е. молодые люди, которых готовили к поступлению в орден в особых заведениях, новициатах. Они, большей частью, избирались иезуитами из числа способных и отличных воспитанников их же коллегий. Подготовка заключалась в развитии у них повиновения и преданности ордену. Каждый, готовый вступить в орден, должен был порвать все связи с миром, отречься от личной воли и убеждений и отдать себя всецело в распоряжение ордена, "так, как если бы он был трупом." Второй класс составляли схоластики. В него вступали те новиции, которые выдержали испытание. Они давали первые три обета - нищеты, целомудрия и послушания, и служили в качестве помощников, миссионеров и т.п. По мере того, как схоластики проявляли свои способности к тому или другому роду деятельности, они переходили в разряд духовных коадьюторов, составляли третий класс ордена, и назначались на должности учителей, профессоров, проповедников, духовников и проч. Кроме этих духовных лиц, у иезуитов были еще светские коадьюторы, служившие по хозяйственной части в учреждениях ордена. Четвертый класс составляли профессы, которые давали четвертый обет безусловного повиновения папе.

В этот класс назначались из третьего класса только отличившиеся выдающимися способностями, знаниями, верностью и опытностью. Профессам поручали все важнейшие должности по ордену, разнообразные миссии и посольства. Во главе ордена стоял его генерал, избираемый пожизненно профессами из своей среды. Он пользовался неограниченной властью в управлении орденом, и все члены ордена были обязаны ему безусловным повиновением. Сам генерал, кроме папы, ни от кого не был зависим. Члены ордена и их учреждения, где бы они ни находились, не подчинялись никаким другим духовным властям.

Таким образом, орден во главе с генералом, пребывавшим в Риме, представлял собой особую церковь в церкви. Орден, по мере его распространения в разных странах, разделялся на провинции, во главе которых стояли назначенные генералом профессы, со званием провинциалов. В ордене от генерала до последнего слуги все было организовано в строжайшем порядке подчиненности низших членов высшим. Этот порядок поддерживался системой шпионства одних членов ордена за другими. Провинциалы в известные сроки доносили генералу о положении дел. Об их же действиях тайно доносили состоявшие при них ассистенты. Этот порядок царил и в учреждениях, подчиненных провинциалам. Генерал, имея все данные в своем распоряжении и никому не давая отчета, распоряжался всем и всеми. Он карал, миловал, назначал на должности и отрешал. Сам генерал тоже находился под надзором ордена. При нем неотступно находились четыре ассистента и один адмонитор (духовник) из профессов, которые также избирались профессами. Но ассистенты не вмешивались в его распоряжения и не стесняли его власти. Первоначальным предназначением их было только наблюдать, чтобы генералы не уклонялись от целей и задач ордена. В случае необходимости, они имели право созвать конгрегацию профессов для суда над ним (чего, однако, за все время существования ордена не было), но затем они сделались просто министрами всемогущего генерала ордена.

При такой своеобразной организации орден выработал для своей деятельности и своеобразные нравственные правила. Применив схоластический метод доказательств за и против, он создал положение, применительно к которому всякий порок и преступление можно было признать нравственно невменяемыми. Они создали теорию "оправдания," по которой всякое действие может быть совершено и не будет противно нравственным законам, если в его оправдание можно представить правдоподобное основание или мнение какого-нибудь авторитетного богослова. Там, где эта теория оказывалась неприменимой, выдвигалась другая - доказывалось, что допустимо совершение всякого безнравственного поступка (не как главной цели), а для достижения другой похвальной цели. Таким образом, у иезуитов получалось, что цель оправдывает средства. Иезуиты прибегали еще к т.н. "мысленной оговорке", на основании которой разрешалось давать ложные клятвы и обещания, при этом нужно было лишь в уме держать ограничение или отрицание клятвы или обещания.

Деятельность ордена началась сразу после утверждения его устава. Благодаря своей крепкой организации, ловкости и уму своих членов, а также привилегиям, данным папами, орден распространился с необыкновенной быстротой во всех странах Европы, приник даже в другие части света. Везде, где появлялись иезуиты, они первым долгом устраивали больницы, приюты, школы, коллегии, занимались проповедничеством, становились духовниками и т.п. Создавая больницы и приюты, они приобретали расположение низших классов. Учреждая школы и коллегии, они прибирали к своим рукам образование и воспитывали подрастающее поколение в строго католическом духе. В качестве проповедников они являлись опытными и знающими борцами против протестантства и защитниками догматов Римской церкви. При посредстве исповеди, - вообще крайне снисходительной, вследствие особых нравственных воззрений иезуитов, - они не только привлекали к себе народ, но и покоряли совесть кающихся, после чего управляли ей по своему усмотрению. Особенно важным они считали прибрать к рукам высшие классы общества. В их деятельности большую роль играли интриги, соединенные со всевозможными неблаговидными действиями. Их не могли остановить и злодеяния, если этим они достигали нужной им цели.

Дворы католических королей и князей, у которых иезуиты старались занять места духовников и даже советников, были главным поприщем их деятельности со всеми интригами и происками. Здесь они по преимуществу добивались осуществления конечной цели ордена - показать торжество Римской церкви в борьбе с протестантом.

С появлением иезуитов, борьба Римской церкви с протестантством пошла значительно успешнее. Во второй половине 16-го века они успели в некоторых германских владениях остановить дальнейшее распространение протестантства, а в некоторых даже восстановить католичество. Особенно ярко проявилась их деятельность в Литве и частично в Польше. В первой половине 16-го века обе эти страны значительно подпали под влияние кальвинизма. В 1550 г. в Польше проповедовал Социн. Князь Николай Черный Радзивилл, владевший огромной частью Литвы и господствовавший при дворе короля Сигизмунда Августа, с помощью своей сестры королевы Варвары, был рьяным покровителем проводников протестантства. Кальвинисты строили кирхи, школы и типографии. Они увлекали целые приходы и даже католическое духовенство. Монахи и монахини покидали монастыри. Ушел в протестантство и женился бискуп Николай Пац. Особенным успехом пользовались протестанты в знатных польских семействах. И вот тогда на помощь ослабевшему в борьбе католическому духовенству прислан был, по его вызову, в 1560 г. орден иезуитов. На первых порах они проявили себя как скромные и самоотверженные иноки, благотворители несчастных, благочестивые и образованные проповедники и бескорыстные наставники юношества, для которого открывали бесплатные школы. Их проповеди, школьные и публичные диспуты, торжественные богослужения, пышные религиозные процессии, благотворение и самоотверженное служение больным, особенно проявившееся во время чумы, - стали привлекать к ним толпы народа. Католичество укреплялось и возвеличивалось. Иезуитские школы воспитывали горячих ревнителей католичества. Оно не только победило протестантизм, но сделало из Польши свою прочную опору на все последовавшие века.