Гранин пишет, что когда-то зубры были самыми крупными из зверей России – её слоны, её бизоны. Теперь Зубр – вид, почти полностью истреблённый человеком. Тимофеев и представляется писателю случайно уцелевшим зубром – тяжёлой махиной, плохо приспособленной к тесноте и юркости современной эпохи.

Жизнь Тимофеева-Ресовского была определена тремя принципами: верность науке, порядочность, долг перед предками. Николай Владимирович как-то шутя сказал Гранину, что пошёл в науку «потому, что тогда этих паразитов, научных работников было немного и большого вреда своему отечеству они не приносили».

Но жить Тимофееву пришлось в XX веке, в эпоху перехода от старой системы к новой, когда стало неотвратимым сильное взаимодействие с социальными проблемами, или, говоря словами Гранина, с политикой. Именно она столкнула между собой те принципы, которым следовал Тимофеев. И, столкнув их, заставила бескомпромиссного Зубра мучительно искать компромиссы.

Зубр все свои беды связывал с политикой. «Злой рок лишал его то родины, то сына, то свободы, и, наконец, честного имени. Всё зло, был убеждён он, шло от политики, от которой он бежал, ограждая свою жизнь наукой. Он хотел заниматься одной наукой, жить в её огромном прекрасном мире, где он чувствовал свою силу. А политика настигала его за любым шлагбаумом, за институтскими воротами. Нигде он не мог спрятаться от неё».

Феномен Зубра писатель видит в сохранении героем внутренней свободы и независимости, этической стойкости во времена, когда страх был фактором бытия и предопределял поведение людей. Всматриваясь в Тимофеева, Гранин спрашивает, «что за сила удерживает человека, не позволяет сдаться перед злом, впасть в ничтожество, потерять самоуважение, запрещает пускаться во все тяжкие, пресмыкаться, подличать». Попытки ответить на этот вопрос – основа повести. Объяснение и ответ Гранин ищет в уникальности, неповторимости Тимофеева, в том, что он – Зубр.

Даниил Гранин: «Я пытался найти корень независимости этого человека. Как это трудно и как замечательно – не подчиняться давлению политических требований, исторических, научных и т.д. вот эту черту я нашёл у своего героя и пытался её воплотить писательски».

Писатель рассматривал способность Зубра оставаться собой в любых обстоятельствах как качество, ценное не только для него самого, но и для науки, для страны в целом. «Явился человек, который всё в себе сохранил. Благодаря ему можно было соединить разорванную цепь времён, то, что мы сами соединить не могли. Нужен был трибун. И появился человек, который замкнул время.»

Постоянно Гранин выделяет «зубрость», «бычье упорство», «сосредоточенность и диковатость, неприручённость зубров», которые проступают во внешности героя, что ещё раз подчёркивает исключительность личности Тимофеева-Ресовского.

Пожалуй, трудно найти в нашей литературе произведение со столь глубоким, как в «Зубре», проникновением в специфику таланта, интеллекта и натуры учёного. Гранин воплотил в Зубре живые черты. Его герой, увенчанный ореолом мировой славы, однако лишён хрестоматийного глянца: «Быть великим при жизни он не умел. То и дело срывался с пьедестала . Срывался, потом страдал, стыдился. Так что у Зубра всё было как у людей.»

Везучесть Зубра, по мысли автора, состояла не только в том, что он дважды воскресал почти из праха, но и в том, что обстоятельства жизни, даже неблагоприятные, способствовали реализации его таланта.

История его невозвращения из Германии до и в годы войны вызывала и продолжает вызывать различные оценки. И надо отдать должное автору, который, стремясь понять советского человека, занимавшегося наукой в фашистском логове, объясняет его оступок объективными причинами и приводит неопровержимые свидетельства мужественного поведения героя (помощь военнопленным и людям неарийского происхождения, решимость не сбежать на Запад от возможного наказания, вероятности оказаться между «двумя жерновами».

Очень важная характеристика Зубра: ослепительный фейерверк его уникальных поступков как-то заслоняет тот факт, что Зубр – за исключением осуждённой им же попытки работать в Германии – принимал Административную Систему как нечто данное, абсолютное, подчинялся ей, признавал её руководство, её право назначать ему руководителей, издавать обязательные для него законы.

Эта черта – «законопослушность» – вообще свойственна многим учёным-естествоиспытателям. Возможно, она вытекает из их подхода к природе. Если есть незыблемые, объективные законы, им можно только следовать. Бороться с ними – это значит опуститься до изобретателей вечного двигателя.

Сущность Зубра, если его брать как общественное явления, в этом генеральном соглашении с Административной Системой. В его согласии быть политическим винтиком Системы ради возможности остаться творцом на своём участке.

Насколько Тимофеев уникален? Был ли Зубр одиноким белым китом в безбрежном океане эпохи? Писатель хочет нас в этом уверить, но . Воссоздавая уникальную, казалось бы, историю жизни Тимофеева-Ресовского, историю уникального Зубра, Гранин сам познакомил нас с другими Зубрами: Н.Вавилов, В.Вернадский, учёные, боровшиеся с Лысенко, Уралец, Завенягин. Самая масштабная духовная утрата, по мнению писателя, связана с тем, что с исчезновением таких людей, людей размышления, совести и самостоянья, в мире исчезает нравственность.

Г. Попов: «Если мы не всегда видели Зубров, то тут вина и нашей литературы, которая старалась выпятить только одну сторону их соглашения – верность Системе. Следуй Гранин этой позиции, он бы и Тимофеева изобразил иначе, вписал его в стандартный образ, в который буквально силой вписывали С.П.Королёва, В.П.Чкалова и многих других».

Зубр оставил нам не только урок более правильного понимания прошлой эпохи. Он оставил нам урок на будущее – урок недопустимости ухода от политики, недопустимости пассивного ожидания чего-то.

Для повести характерен «двойной» документализм, опирающийся на лично увиденное и услышанное самим писателем от Зубра, и на свидетельства о нём, почерпнутые от разных людей. Весь документальный материал воспроизводится в книге подчас дословно. Автору чрезвычайно важно через исторический документ выявить феномен личности Тимофеева-Ресовского.

В ходе повествования Гранин постоянно подчёркивает своё беспристрастие в освещении фактов.

Даниил Гранин: «Я не собираюсь описывать его научные достижения, не моё это дело. Не это, как мне кажется, стоит внимания и размышлений».

Факт важен для писателя как средство развития сюжета. Несмотря на отсутствие стержневого конфликта, организующего сюжет, герой Гранина живёт по законам художественного времени, которое организуется цепью локальных конфликтов, соответствующих определённой вехе жизни героя.

Автор активно внедряется в повествование, выступая на столько как библиограф, сколько «в роли следователя по особо важным делам человечества». Отсюда публицистичность. Каждый факт биографии Зубра помещён в исторический контекст и сопровождён авторскими выводами. Судьба героя и страны неразрывны в произведении. Это обусловило глубокий историзм повествования и его страстную публицистичность.