Следует заметить, что с обретением единовластия в 1689 году, Петр 1 уделял монастырю особое внимание. После завершения строительства Боголюбского собора начались большие работы по обновлению монастыря. Правда, еще продолжалась постройка собора святого Петра Митрополита, которую царица затеяла в ознаменование победы ее сына Петра 1 над его старшей сестрой Софьей (дочерью первой жены царя Алексея Марии Ильинечны Милославской). В процессе работ вокруг собора возвели галерею - гульбище, огражденную парапетом, придавшую зданию особую стройность. Открытие собора состоялось 8 мая 1690 года.

Большое строительство развернули в юго - западной части монастыря на территории бывшей усадьбы Нарышкиных, пожертвованной обители в ознаменование рождения наследника престола Петра Алексеевича в 1715 году.

На подклети каменных палат построили кирпичный корпус Братских келий, ограничивающих территорию монастыря по линии Петровской дороги и Старо - Серебряного (ныне Крапивенского) переулка. Новый корпус своей оригинальной отделкой каменных наличников, сплошного ряда окон на фасаде второго этажа, расчлененного на равные части колонками, подчеркнуто строгой линией карниза, придал всему ансамблю монастырских построек особую красоту и изящество.

Праздничность декора верхнего этажа Братских келий усиливает скупость оформления первого этажа, расчлененного широкими лопатками на равные части с прорубленными в них окнами - бойницами. Он как бы продолжает плоскость прясел монастырских стен опоясывающих территорию.

Внутри двора на уровне первого этажа арочная галерея Братского корпуса, соединенная с галереей церкви Сергия Радонежского, образует архитектурное единство южной хозяйственной части обители.

Тогда же в 1690 году, в память о спасении молодого Петра в Троице - Сергеевом монастыре 8 августа 1689 года от расправы восставших стрельцов, заложили южнее собора святого Петра большую теплую пятиглавую трапезную церковь во имя Сергия Радонежского ( Сергий Радонежский (около 1321 - 1391) — основатель и Троеце - Сергиева монастыря. Активно поддерживал объединительную и национально - освободительную политику Дмитрия Донского) и завершили ее строительство 1694 году. После освещения 1 декабря 1695 года она была открыта для насельников обители и прихожан.

Величественное трехярусное здание храма с двухэтажной трапезной палатой, окруженное стройным арочным гульбищем на уровне второго этажа, с декорированными белым камнем наличниками окон, колонками и карнизами стало украшением двора монастыря. В дальнейшем трапезная церковь регулярно подновлялась (1777 , 1778, 1808, 1896 гг.), а в 1836 году в ней устроили предел святого Алексея Митрополита (меирополит Алексий (1290 - 1378) поддерживал политику московских князей. Фактический глава московского правительства при малолетнем князе Дмитрии (Донском) ) , а несколько позднее - придел святого Митрофания Воронежского.

До развертывания крупного строительства в монастыре в 1680 году начали возводить святые трехарочные ворота. Как только в 1691 году над ними поставили “ нарышкинский “ четверик , туда сразу же переместили церковь Покрова Пресвятой Богородицы , а к 1694 году над воротами возвысились стройные ярусы восьмигранной колокольни - звонницы с луковичной главкой , установленной на изящной шейке . Строительством колокольни и каменных стен композиционно и архитектурно завершили западную сторону монастырского ансамбля , которым вот уже 300 лет любуются москвичи . Причем все затраты на обновление и строительство оплатили Нарышкины .

В 1744 году по желанию стас - дамы Нарышкиной Анастасии Александровны по проекту архитектора И.Ф.Мичурина заложили церковь Толгской иконы Божьей Матери . Небольшой храм , строительство которого завершилось через 11 лет , дожил до наших дней и стоит между колокольней и Братскими кельями , встроенный западной стороной в прясло стены .

Спустя десятилетие (1753 - 1755)над южными воротами , выходящими в Крапивенский переулок , рядом с Братскими кельями поставлена церковь святого Пахомия Великого . После пожара 1812 года ее упразнили и передали под хранилище фондов епархиальной библиотеки . Но 13 сентября 1914 года на средства некой Ф.В.Лесковой восстановили , но освятили уже во имя святых апостолов Петра и Павла . Все возвращается на круги своя .

В одном из пролетов Святых ворот соорудили часовню Казанской иконы Божьей Матери . Казанская Божья Матерь явилась в городе Казани в 1579 г . эта икона была найдена земле под печью згоревшего дома, завернутая в старое сукно. На месте явления её выстроен женский монастырь. Икона была привезена из Казани в Москву князем Дмитрием Пожарским, который с ополчением вступил в столицу в 1613 году и освободил город от поляков. По изгнанью врагов князь исполнил данный им обет: устроил в Москве церковь во имя Казанской Божьей Матери, где и поставил икону (храм, разрушен в 1930 г . ныне востановлен). Эта икона сейчас находится в Петербурге в Казанском соборе.

Известно , что в конце 19 века художник М.В.Нестеров в одной из церквей обители написал портрет архиепископа Антония Волынского (Храповицкого)- потомка знаменитого стас - секретаря Екатерины второй , автора известных записок об отделении церкви от государства . Изображен он был стоящим на амвоне перед царскими вратами и произносящим проповедь . Очевидцы свидетельствуют , что портрет был очень красив по колориту: цвета церковного облачения - черный и белый перекликались со сверкающим окладом иконостаса .

Монастырь принадлежал к числу богатых особенно в 17 - 18 веках . В его подчинении находились земельные вотчины и мелкие загородные монастыри . Если в 1678 году за ним числилось 519 крестьянских дворов , то через 22 года их уже было 612 . К 1744 году монастырь владел 5998 крестьянами . Правда , после реформы Екатерины второй за ним к началу 20 века оставалось всего 50 гектаров пахотной земли . Губернская реформа 1775 г . и “ Грамота на право вольности и преимущества благородного российского дворянства “ представили этому сословию, монопольное право на владение крестьянами и землей. В то же время на содержание обители государственная казна ежегодно выплачивала жалованье в сумме 1249 рублей 37 копеек . Какой-то доход приносили также вклад и пожертвования прихожан .

Петровская обитель получила архимандрию во второй половине 17 века с правом участия в деятельности церковных соборов . Во времена секуляризации в 1764 году ее причисляли ко второму классу с возведением в степень ставрогиального монастыря (Ставрогиальный монастырь — находящийся в прямом ведении патриарха или Синода), а с 1775 года он стал епариальным . В его помещениях разместили духовный цензурный комитет и склады , а позднее и епархиальную библиотеку Московского общества любителей духовного просвещения .

Нельзя не отметить и тот факт , что в период эпидемии чумы 1771 года в монастыре открыли карантин и лечебницу . В сентябре 1812 года трибунал французского маршала Мортье казнил несчастных горожан , подозреваемых в поджогах , и тут же у колокольни их хоронили . Обитель разграбили , святыни осквернили . Лишь через 50 лет была восстановлена церковь Покрова Пресвятой Богородицы.