И наступает эпоха «исправления». Девять профессоров по причине «неблагонадежности» были уволены, все предметы (даже математика) стали преподаваться по основам «благочестия», с разоблачением «лжеименного разума». Официальные инструкции требовали, «чтобы дух вольности ни открыто, ни скрыто не ослаблял учения церкви в преподавании наук философских и исторических». В вузе начинает царить атмосфера всеобщей слежки – и за профессорами, и за студентами, из библиотеки изымаются сочинения Вольтера и Дидро.

Начиная с 1826 года после отстранения Магницкого, университет начинает оправляться от недугов страшной поры. Это было связано, прежде всего, с деятельностью профессора Н. И. Лобачевского, избранного в 1827 году ректором. На этом посту он находился до 1846 года. Но и впоследствии он имел отношение к университетской жизни, являясь в 1846-1855 годах помощником попечителя Казанского учебного округа. Ему суждено было стать подлинным строителем университета, его талантливым руководителем.

Под руководством Н. И. Лобачевского было завершено сооружение всего комплекса университетских зданий, оснащение их необходимым оборудованием для научной и учебной работы. Он наладил деятельность университетской типографии, организовал первое научное периодическое издание – «Ученые записки Казанского университета», которые начали выходить в 1834 году и вскоре превратились в один из лучших научных журналов России.

Философ-материалист Н. И. Лобачевский придерживался передовых педагогических взглядов. Он изложил их в знаменитой актовой речи «О важнейших предметах воспитания», произнесенной на торжественном собрании 5 июля 1828 года. В ней явно чувствуются идеи передовых философов-материалистов. «Мы живем уже в такие времена, когда едва тень древней схоластики бродит по университетам, - провозглашал ученый. - Здесь, в это заведение вступивши, юношество не услышит пустых слов без всякой мысли, одних звуков без всякого значения. Здесь учат тому, что на самом деле существует, а не тому, что известно одним праздным умам».

В эпоху Николая «Палкина», в эпоху, когда грибоедовский Скалозуб грозил каждому университету «фельдфебеля в Вольтеры дать», Н. И. Лобачевский пророчески, гордо и смело говорил о торжестве человеческого разума. «Человек родился быть господином, повелителем, царем природы, - утверждал он. – Но мудрость, с которой он должен править с наследственного своего престола, не дана ему от рождения: она приобретается учением». Не знатность, не царская служба, не слепое повиновение, не деньги – главное в жизни. Главное – в учении, в понимании и подчинении законов природы.

Педагогические мысли о воспитании граждан, полезных отечеству, ученых, преобразующих науку, активно применялись в учебной работе. Скольким пытливым умам Н. И. Лобачевский стал «крестным отцом» на пути в науку! Он ободрил А. М. Бутлерова и Н. И. Зинина во время их первых научных шагов, предсказав им великое будущее. В приказчике книжной лавки Н. А. Больцани, не окончившем даже и гимназии, он увидел будущего профессора физики университета. И таких примеров очень много.

Н. И. Лобачевский глубоко понимал необходимость всемерного развития науки, стремился создавать для этого необходимые условия. В университете начинают формироваться научные школы, в нем совершаются открытия, которые навсегда вписались золотыми буквами в летопись мировой науки. Великий математик первым подал пример того, как нужно отказываться от устаревших воззрений и действительно по-революционному решать сложнейшие научные проблемы.

11 февраля 1826 года в университете Н. И. Лобачевским была публично прочитана его записка «Сжатое изложение начал геометрии о параллельных линиях», ознаменовавшая рождение новой, неэвклидовой геометрии. Более двух тысячелетий безраздельно царившая мысль о единственно правильной геометрии – геометрии Эвклида – оказалась опровергнутой.

В дальнейшем Н. И. Лобачевский подробно развил свою геометрию в ряде печатных работ. Первая из них – «О началах геометрии» была опубликована в 1829 – 1830 годах а «Казанском вестнике». Позднее он продолжал разрабатывать различные стороны своей теории, результатом чего явились его фундаментальные монографии «Воображаемая геометрия», «Новые начала геометрии с полною теорией параллельных», «Пангеометрия».

Идеи великого математика, намного опередившие науку того времени, не были поняты его современниками. Только профессор университета П. И. Котельников в 1842 году отметил в своей актовой речи, что «изумительный труд» новатора-математика рано или поздно найдет своих ценителей. Всеобщее признание пришло к Н. И. Лобачевскому после его смерти. Его открытие привело к важнейшим результатам не только в развитии математики, но и ряда других наук, поставило его имя в один ряд с такими гениями, как Архимед, Ньютон, Коперник, Ломоносов.

Большую известность университету принес астроном И. М. Симонов. Он был единственным ученым среди участников кругосветной экспедиции Ф. Ф. Беллинсгаузена и М. П. Лазарева в 1819-1821 годах, открывшей Антарктиду. По его работам «Слово об успехах плавания шлюпов «Восток» и «Мирный» около света», «О разности температур в южном и северном полушариях» и другим ученый мир ознакомился с результатами важных наблюдений, сделанных в экспедиции. Научные исследования принесли И. М. Симонову всемирную известность. Он был избран членом-корреспондентом Российской Академии наук, почетным членом многих русских и зарубежных научных учреждений.

Выдающуюся роль в развитии отечественной науки сыграла казанская школа химиков. Первый ее успех связан с именем Н. Н. Зинина, который в 1842 году получил анилин из нитробензола. Это открытие скоро стало известно всей Европе, оно имело большое значение для развития анилинокрасочной и фармацевтической промышленности. «Зинину обязана русская химия своим вступлением в самостоятельную жизнь, - писал А. М. Бутлеров. -…Его труды впервые заставили ученых отвести русской химии почетное место».

Через два года ученые-химики многих стран снова произносили слово «Казань»: профессор К. К. Клаус открыл здесь новый химический элемент – рутений. «Рутений» в переводе с латинского означает «российский». К. К. Клаус говорил, что новый элемент он назвал в честь своего отечества.

Открытия ученика Н. Н. Зинина – А. М. Бутлерова подтвердили, что химическая лаборатория университета стала центром химической мысли страны. А. М. Бутлерову принадлежит честь создания теории химического строения органических веществ. Этой теории суждено было сыграть в органической химии такую же роль, которую сыграла периодическая система Д. И. Менделеева в неорганической химии. Исследования А. М. Бутлерова открывали дорогу синтезу новых органических веществ, закладывали фундамент современной органической химии.