Царь согласился помочь Хмельницкому, надеясь вернуть потерянные Москвой земли, которые теперь входили в состав Речи Посполитой. 16 января 1654 года в Переяславе было подписано соглашение о украинско - московском альянсе, в результате чего Украина принимала протекторат московского царя, оставаясь в дальнейшем отдельным государством, сохраняя свой политическое и социальное устройство, собственную администрацию, армию, финансы. Ни о каком объединении не было и речи.

Польща в это время объединилась с татарами. В 1654 году, когда украинско - московские войска вели успешные действия в Белоруссии, поляки вместе с татарами напали на Правобережную Украину. А через год на Польшу, ослабленную войной, напала Швеция. Вся Польша была охвачена войной. Вот какую цену пришлось заплатить полякам за нежелание идти на равноправный союз с Украиной. Семигородский король Ракоцы в союзе с казацкими полками вторгся в Польшу, чтобы окончательно ее разгромить.

Активная внешняя политика Хмельницкого вызвала крайнее недовольствие московского царя, особенно его сближение с Швецией. В свою очередь, Хмельницкий имел много претензий к московскому царю, который начал вмешиваться во внутренние дела Украины. Мирные переговоры Москвы с Польшей в Вильно (август - октябрь 1656 года), которые происходили за спиной у украинцев, еще более усложнили украинско - московские отношения. Гетман готовился к разрыву с Москвой. В это время закончился неудачей украинско - семигородское наступление в Польше. Ослабленный неудачами и болезнью Богдан Хмельницкий умер 6 августа 1657 года в Чигирине.

После его смерти казаки контролировали Киевщину, Брацлавщину и Черниговщину - территорию с полуторамиллионным населением. Почти половина земель, которая до недавнего времени принадлежала Польше , стала собственностью Запорожского Войска. Его территория была поделена на 16 округов - полков. Казацкая старшина, которая была вначале выборной, постепенно превратила свои посты в наследственные. Новая политическая формация называлась Запорожским войском. Московиты называли ее Малороссией, а поляки продолжали называть ее Украиной.

По завещанию Хмельницкого его приемником должен был стать его сын Юрий Хмельницкий. Но тот был слишком молод, и на Корсуньском совете 25 октября 1657 года гетманом был избран генеральный писарь Иван Виговский. Он пытался отстоять независимость, однако его польская ориентация вызывала протест казаков. В Полтаве вспухнул, тайно поддерживаемый Москвой бунт Мартина Пушкаря, который Виговский подавил и стал готовится к разрыву с Москвой. В сентябре 1658 года в Гадяче он подписал с Речью Посполитой договор о входе Украины в состав Речи Посполитой на условиях самой широкой автономии. Считая Украину уже своей вотчинной, Московия послала огромное войско, чтобы сместить Виговского. Виговский объединился с поляками и татарами, и, под Конотопом разбил московское войско наголову. В Москве царила паника. Историк Соловьев писал, что уже ждали войско Виговского в Москве и царский двор уже готовился к бегству. Однако, среди казаков начался разброд и Виговский был вынужден уехать в 1659 году в Польшу.

Старшина, надеясь что авторитет рода Хмельницких сплотит казаков, избрала новым гетманом Юрия Хмельницкого (1659 - 1663). Москва направила на Украину новое войско и заставила молодого гетмана подписать пересмотренные статьи Переяславского договора. Согласно им увеличивалось число московских чиновников и гарнизонов на украинских землях, гетману запрещалось вступать в дипломатические отношения с другими странами. Избранное казаками руководство должно было утверждаться в Москве. В октябре 1660 года Юрий Хмельницкий выступил против Москвы, и вместе с поляками разбил под Чудновым московские войска. Но часть полков под руководством полковника Сомка выступила против него и, не имея сил установит порядок, Юрий Хмельницкий отрекся от гетманства и постригся в монахи. Начался период Руйины - гражданской войны.

Гражданская война и иностранная интервенция (1663 - 1685). Руйина.

В это время, которое получило название Руйина, Украина была поделена вдоль Днепра на две сферы влияния: польскую - на Правобережной Украине и на московскую - на Левобережной Украине с Киевом. Турецкое присутствие ощущалось на юге. Все казацкие гетманы зависели от внешних сил. Гетманская власть постоянно ослаблялась внутренними стычками и раздорами, накалялись отношения между казацкими низами и старшинами. Это умело использовали московсие эмиссары, которые подстрекали выступления против гетмана и старшины.

В этот период гетманом Левобережной Украины был Иван Брюховецкий(1663 - 1665), а Правобережной - Павел Тетеря (1663 - 1665). Оба они были иностранными ставленниками. Тетеря, в 1664 году вторглся на Левобережье и пробывал поднять казаков в поход на Москву, но наступление потерпело поражение и Тетеря вернулся на Правобережье. Вскоре он бежал в Польшу. На Левобережье Иван Брюховецкий проводил полностью московскую политику. Он ездил в Москву, по сути отдал Украины под власть царя, получив за это боярский титул и многочисленные поместия. Он подписал в 1665 году Московские соглашения, которые значительно усилили московских контроль над Украиной в всех сферах жизни. А 13 января 1667 года Москва тайно подписала с Польшей Андрусиевский мир, по которому Украина была поделена между этими двумя государствами: Левобережье отошло к Московии, а Правобережье с Киевом отошло к Польше. Все это вызвало глубокое возмущение в украинском народе. Вспыхнуло восстание против московских гарнизонов и самого гетмана. Брюховецкий был убит восставшими в июне 1668 года.

Петр Дорошенко (1666 - 1676), черкасский полковник и гетман Правобережной Украины, пытался сохранить Украину от хаоса и возродить ее независимость. После подписания поляками Андрусиевского мира Дорошенко выступил против них. Чтобы привлечь казацкие массы, он согласился на регулярный созыв Военного Совета (Вийськовойи Рады). Кроме того он начал создание наемных войск - сердюков. Дорошенко вторгся на Левобережье и после смерти Брюховецкого был избран гетманом в 1668 году гетманом всей Украины. Однако, за время его отсутсвия на Правобережье запорожцы избрали гетманом Петра Суховея, а поляки - Михаила Ханенко. Отправляясь на усмирение самозванных конкурентов, Дорошенко оставил на Левобережной Украине за себя временным гетманом Демьяна Многогрешного (1668 - 1676). Но вскоре Левобережье было занято московскими войсками и Многогрешный был вынужден в 1669 году присягнуть московскому царю.

Украина была снова поделена. Ослабленный, Дорошенко все чаще обращается за помощью к туркам и татарам. Еще в 1668 году он признал турецкий протекторат. В 1672 году его армия присоединилась к турецко - татарской армии, которая отобрала у Польши Подолье. Войска Дорошенко выступали также против московского царя и нового гетмана Левобережной Украины Ивана Самойловича. Однако, скомпрометированный участием в мусульманских нападения и раздувании гражданской войны, Дорошенко утратил поддержку казаков и в 1676 подчинился Ивану Самойловичу.Турки заменили Дорошенко Юрией Хмельницким, которого они убили в 1681 году.