Хотя Гранада никогда не претендовала на роль «центра всей державы», в 1540 году здесь, около Альгамбры Насрида, было начато строительство императорского дворца в стиле ренессанса. Он должен был стать не только «одной из официальных королевских резиденций», «но и одновременно по своей концептуальности и выражению воззрений Карла V на власть своеобразным документом политической архитектуры».

Влияние бургундского двора на Испанию имело решающее значение. Так, был перенят и развит дворцовый церемониал: «Его веселая пестрота постепенно сменила размеренную торжественность», символом которой было «черное платье испанца». Изменился в те годы и состав советов: бургундцы, первоначально бывшие в большинстве, уступили под натиском испанцев. Также повысилось значение браков между бургундцами и испанцами; так, например, Генрих, граф Нассау, сменивший Шьевра на посту старшего камергера Карла, взял в жены испанку из дома Мендосы.

В качестве секретарей появляются, с одной стороны, бургундец Лалеман, сеньор Буклан, а с другой — испанец Франсиско де лос Кобос. Когда в 1528 году Лалеман попал под подозрение в причинении вреда интересам императора, Кобос поднялся до первого секретаря и советника Карла в финансовых делах — лучший пример «испанизации» центральных органов власти в Испанском королевстве. Новый помощник императора «не извлекал ни малейшей выгоды из своего положения, как некогда Шьевр. Только технически ловчее подключался к финансовым источникам. Как секретарь совета по Индии он приобрел контроль над плавлением и постановкой пробы на благородные металлы и имел от этого 1 процент и приобрел столь же доходную соляную монополию, распространявшуюся также и на американские колонии, — что ему приносило гарантированные крупные доходы». После смерти Гаттинары (5 июня 1530 года) духовник Карла, Лоайза, предложил назначить его секретарем по Испанскому королевству. Отныне Франсиско Кобос делил с Гранвеллем, который ведал всеми неиспанскими делами, обязанности умершего первого канцлера.

За этим стояло намерение больше не назначать никого на этот пост, чтобы в итоге его ликвидировать. К тому же прошло уже несколько лет после того, как великий канцлер Гаттинара в 1524 г. созданием Государственного совета попытался «ввести институты верховных и центральных совещательных органов». Если взглянуть на структуру власти в Испанском королевстве в целом, то становится очевидным, что, за исключением института Инквизиции, не существовало ни одного органа власти, объединявшего королевства Кастилию и Арагон. Эту структурную особенность Карл перенял от своих предшественников, Католических монархов. И даже развернутая Гаттинарой в 1522-1525 годах реформаторская деятельность едва затронула центральные совещательные органы, лишь увеличила их количество. В Кастилии были Королевский совет Кастилии, Верховная палата, Финансовый совет и Высший королевский совет Индий. Королевский совет Кастилии был — как и его одноименный орган управления в Арагоне — высшим судебно-административным органом. Гаттипара попытался сузить его административную компетенцию, однако на его подсудность не посягал.

Верховная палата, которая выделилась при Гаттиааре из Королевского совета Кастилии, давала королю советы но всем внутренним делам, которые тому предстояло решать лично. Финансовый совет, в ведении которого были финансы, несмотря на все попытки сделать из него общегосударственный институт, так и остался чисто кастильским органом, хотя и способствовал унификации кастильской финансовой системы. Для организации эмиграции в Америку и торговли с этими странами еще при Католических монархах в Севилье существовала Договорная Палата. Все же в Испании не хватало «подкрепленного органами власти руководства», что в 1524 году Гаттинара исправил созданием Высшего королевского совета Индий. Его личное председательство в этом учреждении демонстрирует значение, которое отводилось этому органу.

Прежде всего этот Совет заложил организационные основы управления испанскими заморскими территориями и тем самым попытался взять под контроль самоуправство конквистадоров. Развитие упомянутых институтов привело к «дифференцированию задач и компетенции отдельных совещательных органов» и повышению их эффективности. Подъем в эпоху Карла V переживала и Инквизиция. «Уже с первого знакомства Испании с учением Лютера на основании непосредственно относящихся к этому мер правящих кругов можно установить, что реакция Инквизиции на проникновение идей Лютера была несоразмерно велика. В частности, это объясняется тем, что Инквизиция в своей деятельности зашла в тупик. Поэтому и был умело использован «призрак Лютера». В наступлении на лютеран она нашла новое поле деятельности, которым могла оправдать свое существование и в итоге даже расшириться». Это соприкосновение с Лютером восходит к Вормскому рейхстагу (1521): в то время как ориентированный на Эразма Императорский совет в лице Хуана де Вальдеса и Хуана де Вергара, выступавших с критикой церкви, отнеслись к Лютеру с пониманием, реакция испанских богословов была в высшей степени негативной, так как они ориентировались на мнение папы. Уже в 1521 году в Испании Адриан Утрехтский, следуя указаниям папы, распорядился запретить ввоз книг Лютера.

В последующие десятилетия Инквизиция главным образом пристально следила за северо-испанскими портами и Валенсией. И лютеран, которые, как правило, были иностранцами, до середины века почти не было. Тем не менее лютеранство стало синонимом тягчайшей формы ереси, тогда как алюмбрадизм (религиозное течение, выступавшее за непосредственное обще- ние верующих с Богом без посредников) и эразмизм (движение сторонников Эразма Роттердамского) преследовались меньше. Разумеется, позитивное отношение к эразмизму двадцатых годов в последующее десятилетие сменилось на негативное. После отмежевания Эразма от Лютера уважение к нему в Испании сначала возросло. Так что великий гуманист мог написать: «Я благодарен Испании больше, чем своей собственной или какой-либо другой стране». В 1527 году Альфонсо Манрике, архиепископ Севильи и Великий инквизитор, созвал тридцать два теолога в Вальядолид на консилиум, чтобы проверить список тезисов Эразма. Поскольку эта ученая комиссия так и разошлась, не придя ни к каким выводам, дальнейшие нападки на ученого были запрещены.

Впрочем, в 1538 году некоторые книги Эразма оказались в Испании в списке запрещенных Инквизицией. Такой поворот событий был тем тягостнее, что при дворе Карла приверженцев Эразма было не так уж и мало. К ним принадлежал Альфонсо де Вальдес из Куэнки, который с 1522 года состоял на службе у Гаттинары, а с 1526 года был латинским секретарем Карла и сопровождал императора в Болонью и Аугсбург. Вместе с братом Хуаном он написал диалог («Lactancio у el Arcedia.no»), содержавший едкую критику папы по поводу разграбления Рима войсками Карла V в 1527 году. Рукопись ходила по двору Карла и удостоилась гневного осуждения папского нунция Кастильоне как гнусная клевета.

Аутодафе (казнь еретиков) алюмбрадистов в Толедо (1529) и поход Карла в Италию в том же году отмечают перелом во взглядах богословов и Инквизиции. С Карлом V в Италию отправились последователи Эразма, и после возвращения императора в Испанию (1533) представители ортодоксального католицизма, а также соответственно критики Эразма усилились. Отныне Инквизиция не делает различий между отдельными «еретическими» течениями, но осуждает любые из них. Выступила Инквизиция и против Хуана де Вальдеса (его работу «Dialogo de Doctrina Christiana» 1529 года Инквизиция приравнивала к ереси Лютера). До 1541 года Инквизицией было вынесено не менее 21 приговора эразмистам — поворот, который с тревогой отмечал в 1534 году Луис Вивес.