Кое-как замирив Саксонию, король франков в конце 780 года прибыл в Италию. Весной 781 года в Риме папа по просьбе Карла крестил его четырехлетнего сына, дав ему имя Пипин, и возложил на голову ребенка корону, после чего отец громогласно объявил о своем желании доверить новому королю управление Италией. После этого Пипин стал официально именоваться "королем лангобардов".

Не прерывая ожесточенной и проходившей с переменным успехом войны против саксов, Карл присоединил к королевству бывшую до тех пор полусамостоятельной Баварию. В 781 году он принудил своего кузена Тассилона III, герцога Баварского из династии Агилольфингов, принести присягу на верность, в 787 году Тассилона заставили возобновить данный акт, а в 788 году король франков выдвинул против него обвинение в заговоре, лишил герцогства и заключил в монастырь. Через шесть лет Тассилон вновь дали выйти из небытия, и он заявил об отказе от всех притязаний на герцогский трон Баварии для себя и своих наследников.

782 год вновь Карл Великий посвятил саксонским делам. Всю Саксонию Карл разделил на административные округа, во главе которых поставил графов. Узнав, что в приграничные земли вторглись славяне-сербы, он отправил против них свое войско. Но как раз в это время из Дании вернулся Видукинд.

Вся страна немедленно восстала. Множество франков было перебито, христианские храмы разрушены. Войско, посланное против сербов, попало в засаду у горы Зунталь и было почти полностью уничтожено мятежниками. Карл Великий собрал новую армию, явился в Верден, вызвал к себе саксонских старейшин и принудил их выдать 4500 заложников. Все они в один день были обезглавлены. Тогда же был обнародован так называемый "Первый саксонский капитулярий", грозивший страшными карами за любое прегрешение против церкви и франкской администрации. Следующие три года Карл почти не покидал Саксонии. В ходе упорной войны он бил саксов в открытых сражениях и карательных рейдах, брал сотни заложников, которых увозил из страны, уничтожал селения и фермы непокорных. Летом 785 года франки перешли Везер. Обескровленный многими поражениями Видукинд завязал с Карлом переговоры и запросил пощады. Осенью он приехал к королю в Аттиньи, крестился и получил из его рук богатые дары. Это был переломный момент в Саксонской войне. После этого сопротивление побежденных стало постепенно ослабевать.

В конце 786 года Карл выступил против герцога Беневентского Арихиза, который мечтал восстановить под своей властью лангобардское королевство. В начале 787 года Карл был уже в Риме, а затем подошел к Капуе. Арихиз отступил к Салерно и оттуда отправил к Карлу своего сына для переговоров. Он обещал полное повиновение, лишь бы король не опустошал его территории. Карл согласился. После этого сам герцог и его народ принесли королю франков присягу в верности. Вся Италия до самого юга признала власть Карла.

В 789 году Карл совершил экспедицию против славянского племени лютичей (вильцев). Франки навели два моста через Эльбу, перешли реку и при поддержке союзников (саксов, фризов, ободритов и лужицких сербов) нанесли страшный удар лютичам. Хотя, согласно летописям, те дрались упорно, но устоять перед огромными силами союзников не смогли. Карл гнал вильцев до реки Пены, все уничтожая на своем пути. Их столица капитулировала, а князь Драговит покорился и дал заложников.

Одним из наиболее выдающихся достижений Карла в глазах современников было покорение аваров, вероятно, близкого гуннам народа, который захватил ранее входившую в Римскую империю провинцию Паннония, то есть земли к востоку и югу от Баварии. На протяжении двух с половиной столетий авары скопили значительные богатства - благодаря своим набегам и денежным выплатам, которые они взимали с Византийской империи. Эти сокровища были собраны в укреплениях аваров - огромных кольцеобразных крепостях, называвшихся рингами. Утверждалось, что главный из рингов был защищен девятью следовавшими друг за другом стенами.

Летом 791 года армия Карла Великого тремя различными путями вторглась в страну аваров и дошла до Венского леса, где были их главные укрепления. Покинув свой лагерь, авары бежали в глубь страны, франки преследовали их до впадения реки Раб в Дунай. Дальнейшее преследование прекратилось из-за массового падежа лошадей. Армия вернулась в Регенсбург, нагруженная большой добычей. Весь год Карл провел в Регенсбурге.

Но от нового похода против авар его отвлекло восстание саксов. Размах его превзошел даже события 785 года. К саксам присоединились фризы и славяне. Повсюду были разрушены храмы и перебиты франкские гарнизоны. Летом 794 года Карл Великий и его сын Карл Юный во главе двух армий вторглись в Саксонию. Видя себя окруженными, саксы массами бросились к Эресбургу, принесли клятвы верности, дали заложников и вернулись к христианству. Осенью 795 года король франков с сильной армией вновь опустошил Саксонию и дошел до нижней Эльбы. Узнав, что саксы убили его союзника, князя ободритов, он подверг страну вторичному опустошению, взял до 7000 заложников и возвратился в Аахен. Едва он ушел, восстали саксы в Нордальбингии, стране к северу от Эльбы. Карл должен был обратиться против них.

Тем временем хорутанский князь Войномир возобновил войну против авар, взял их укрепленный ринг и захватил богатую добычу. Летом 796 года сын Карла Великого Пипин вновь напал на авар, опустошил всю их страну и разрушил до основания ринг. Война с аварами длилась много лет, и когда она закончилась, Паннония оказалась опустошенной, а мощь аваров была сломлена. Эрику из Фриули, полководцу Карла, и его сыну Пипину удалось захватить казну аваров. По свидетельству Эйнгарда, война с аварами была самой значительной и ожесточенной после саксонской и потребовала от франков очень больших расходов. После этого похода, по словам биографа Карла Великого, в Паннонии не осталось в живых ни одного его обитателя, а место, на котором находилась резиденция кагана, не сохранило и следов человеческой деятельности. Страшный народ аваров, в течение нескольких столетий наводивший ужас на всю Восточную Европу, перестал существовать.

Тем временем Карл с сыновьями, Карлом и Людовиком, воевал в Саксонии. Армия прочесала всю страну вплоть до Нордальбангии, а затем возвратилась в Аахен с заложниками и огромной добычей. В конце лета - начале осени Карл организовал грандиозную экспедицию в Саксонию по суше и по воде; опустошая все на своем пути, он подошел к Нордальбингии. Со всех сторон страны к нему сбежались саксы и фризы, дав большое количество заложников. В ходе экспедиции Карл расселил в Саксонии франков, а многих саксов увел за собой во Франкское королевство. Он решил не покидать страну даже на зиму. Взяв с собой весь двор, Карл расположился на Везере, приказал строить бараки для солдат и назвал место стоянки Герштель. Всю зиму король франков провел здесь, занимаясь саксонскими делами. Весной 798 года Карл подверг полному опустошению земли между Везером и Эльбой. Одновременно союзные франкам ободриты разбили нордальбингов у Свентаны, перебив до 4000 саксов. После этого король франков смог вернуться домой, ведя за собой до полутора тысяч пленных. Летом 799 года король вместе с сыновьями отправился в последний поход против саксов. Сам он оставался в Падерборне. Тем временем Карл Юный завершил усмирение Нордальбингии. Как обычно, Карл вернулся домой, ведя с собой множество саксов с женами и детьми для расселения их во внутренних областях государства.