В начале декабря 1564г царь с семьей под охраной и в сопровождении огромного обоза выехал из Москвы в Александровскую слободу. В январе следующего года он направил две грамоты: первая - «гневная» - была адресована митрополиту Афанасию, а вторая – «слезная» – «посаду, всем людям». Он обвинял бояр, приказных в изменах, а митрополита - в пособничестве боярам и заверял посадский люд, что на них не гневается и опале не подвергнет. Бояре оказались между двух огней – царем и народом. Народ единодушно поддержал государя, и бояре вынуждены были просить царя вернуться на престол. Представители митрополита и бояре выехали в слободу, царь допустил к себе духовных лиц и заявил, что его решение окончательно. Но потом «уступил» слезным молениям. Вожди думы, которых привели во дворец под охраной, просили царя сложить с них гнев и править, как ему «годно». И когда Иван потребовал предоставления ему чрезвычайных полномочий, бояре ответили покорным согласием.

2 февраля 1565г Иван Васильевич торжественно вернулся в Москву и объявил об учреждении опричнины («опричь» – кроме, особо) для «охранения» своей жизни. Далее он заявил о передаче Московского государства в управление Боярской думы и присвоении себе неограниченных полномочий – без совета «опаляться» на непослушных бояр, казнить их, отбирать в казну «животы». В опричнину, подвластную царю, вошли 20 городов в центральных и наиболее богатых районах страны – Вологда, Устюг Великий, Вага, Двина, Старая Руса, Каргополь, Соль Галицкая и Вычегорская, Суздальский, Вяземский и Можайский уезды. Здесь была своя Боярская дума, приказы, опричное войско. Остальная территория была названа земщиной, где сохранялись старые порядки во главе с боярами. Даже Москва была разделена на опричнину (Арбат, Пречистенка, Знаменка) и земщину. В опричнину отбирали худородных дворян, не знавшихся с боярами. Их придирчиво допрашивали об их происхождении, родословной жены и дружеских связях. Каждый опричник клятвенно обещал разоблачать опасные замыслы, грозившие царю. Опричники носили черную одежду и привязывали к поясу некое подобие метлы как символ стремления «вымести» из страны измену. Чтобы обеспечить опричников землями, из опричнины насильственно выселялись бояре-вотчинники, дворяне, приказные люди.

Изъятые у боярства земли раздавались опричникам-дворянам и феодальной знати, верной царю. Было создано опричное войско сначала из одной, а затем из 5000 человек.

В первые дни опричнины Москва стала свидетелем кровавых казней и опал дворян и бояр. Царские опричники терроризировали обитателей княжеских гнезд, изгоняли из усадеб членов их семей, отбирали имущество. Жертвой опричных выселений стала титулованная знать. Следуя писцовым книгам Казани можно заключить, что в ссылку попало примерно 180 человек, около 2/3 ссыльных носили княжеский титул.

На втором году опричнины в Москву прибыло великое посольство из Польши для ведения мирных переговоров. Земской собор высказался против «уступки» ливонских земель и решено было завершить окончательное завоевание Ливонии. Это требовало дополнительного финансирования, что влекло введение новых налогов, и царь вынужден был вернуть из ссылки многих князей. Члены собора утвердили введение чрезвычайных налогов для продолжения войны, но потребовали отмены опричнины. Прекращение казней и уступки царя породили надежду на полную отмену опричнины. Новый митрополит Полев, противник опричнины, пытался воздействовать на царя, но был немедленно изгнан, пробыв на митрополичьем дворе всего 2 дня. Следующего кандидата на митрополичий престол – Колычева – вынудили публично отречься от требований отмены опричнины. Эти выступления были не единственными – около 300 земских служилых людей обратились к царю с требованием отменить опричный режим. Царь отклонил ходатайство и 300 челобитников попали в тюрьму, а 50 зачинщиков подверглись избиению палками на рыночной площади.

После выступления членов собора Иван решает укрепить опричные центры – строятся замки, крепости и замок на Неглинной. В Москве Иван чувствовал себя неуютно, беспокоился о собственной безопасности, боялся внутренней смуты, мятежа земских бояр. Перспектива вынужденного отречения казалась ему вполне реальной, и царь обсуждает свой уход в монастырь с несколькими старцами в Кириллове. Более того, в Александровской слободе начал функционировать монашеский орден - своеобразная пародия на монашескую жизнь – возвращаясь из карательных походов, опричники посещали молебны, трапезничали, молились во главе с царем-игуменом. В это время литовцы использовали внутренние затруднения России: Грозным перехвачены обличительные письма Курбского к боярам. Помимо перспективы монашествования, царь втайне (посол явился во дворец переодетым в русское платье) просит Англию предоставить ему убежище. Недовольство земщины носило реальный характер, обсуждался вопрос замены Грозного на троне. Не располагая уликами против заговорщиков, царь попросил одного из своих соратников связаться от своего имени с предполагаемыми заговорщиками и составить списки лиц – приверженцев претендентов на трон. Изобличив таким образом заговорщиков, Иван разгромил заговор ссылками и казнями, и начался трехлетний период кровавого террора. В это время Грозный затребовал все черновики и записи летописей и больше не вернул их Посольскому приказу, тем самым положив конец многовековой культурной традиции летописания. Поэтому изучение опричного террора затруднено, единственный источник информации – это поминальные списки казненных, составленные по опричным архивам (всего около 3300 казненных).

Казни вызвали резкий протест духовенства, и митрополит Филипп долго беседовал с царем, пытаясь убедить упразднить опричнину, и затем произнес обличительную проповедь на богослужении в Успенском соборе в присутствии царя и свиты. Иван был в ярости: «Я был слишком мягок к вам, но теперь вы у меня взвоете!". Протест Филиппа был симптомом окончательного падения престижа царя в земщине. Приспешники Грозного настоятельно убеждали его пустить в ход насилие для расправы с заговорщиками. Погромы не прекращались несколько месяцев – с марта по июль. Летом опричники подвели своеобразный итог: «Отделано 369 человек и всего отделано июля по 6-е число». Кровопролитие обострило конфликт между царем и церковью. Иван вынужден был заняться подготовкой суда над Филиппом. Был произведен розыск о жизни Филиппа в Соловецком монастыре, и с помощью угроз и подкупа нескольких монахов принудили выступить с порочащими показаниями. Филиппа судили в присутствии Боярской думы и высшего духовенства. Он отрицал все обвинения, но ему был вынесен приговор о сожжении, замененный Грозным на вечное заточение в монастырской тюрьме.

Усиление податного гнета и эксплуатации ставило мелкое крестьянское производство в тяжелейшие условия. К тому же неблагоприятные погодные условия в 1568-69 годах губили урожай. Цены на хлеб поднялись в 5-10 раз, голодная смерть косила население городов и деревень. В дни опричного погрома Новгорода горожане крали тела убитых людей и питались ими, иногда солили человеческое мясо в бочках. Вслед за голодом началась чума, мор был отмечен в 28 городах. Бедствие довершили опустошительные вторжения татар – страна подверглась невиданному разорению.