В июне 1864 г. Н. И. Костомаров после выступления на заседании Совета с пробной лекцией был единогласно утвержден преподавателем русской истории Киевсого университета, а с 1 августа того же года его утвердили адъюнктом на кафедре русской истории. В марте 1847 г. Адъюнкт-профессору Н. И. Костомарову на его прошение в Совет университета было выдано свидетельство, разрешающее вступить в брак с А. Л. Крагельской[8]. В марте этого же года Кирилло-Мефодиевсое общество в результате доноса подверглось разгрому царской властью. Видные его члены были арестованы и после следствия были приговорены к заключению или ссылке. Н. И. Костомарова приговорили к годичному заточению в Алексеевском равелине Петропавловской крепости и административной ссылке в Саратов, где он находился без выезда до 1852 г. (Вначале Н. И. Костомаров был приговорен к бессрочной ссылке в Вятку). Свадьба Н. И. Костомарова с А. Л. Крагельской, назначенная на 30 марта 1847 г., не состоялась, так как накануне он был арестован и в день предполагавшегося венчания отправлен под стражей в Петербург. 24 июня 1848 г. Н. И. Костомарова сослали в Саратов, где он познакомился с А. Н. Пыпиным, Д. Л. Мордовцевым, подружился с Н. Г. Чернышевским. Благотворительное влияние друг на друга Чернышевсого и Костомарова не вызывает сомнения, хотя оно и не было равнозначным. Естественно, преобладало и дало ощутимые положительные результаты воздействие на Н. И. Костомарова гиганта свободной мысли Н. Г. Чернышевского.

Основное требование Н. И. Костомарова к историку состояло в том, чтобы его труды имели целью “строгую, неумолимую истину” и не потакали застарелым предубеждениям национального чванства [9]. Относительно замечаний в его адрес о свободном обращении с источниками и сочинительстве истории[10], то именно в этом ученый видел призвание историка, ибо “сочинять” историю, по его понятию, значит “уразумевать” смысл событий , давать им разумную связь и стройный вид, не ограничиваясь переписыванием документов. Очертить в немногих главах, представить в сжатом виде исторические явления можно только тогда, считал он, когда мы изучили их подробности, когда мы владеем “большим запасом фактов”[11]. Н. И. Костомаров признавал поступательное развитие человеческого общества и отрицательно относился к мнению о возможности поворота вспять хода исторической жизни. Но при этом ученый глубоко ошибался, с утверждая, что дело истории — исследовать причины частных явлений, а не причину причин. Он также отвергал теорию, согласно которой следует признавать в истории лучшим все, что случилось позже, но то, что уже свершилось, считал необходимым рассматривать, “как совершенное”[12].Отсюда, не обольщаясь отменой крепостного права в России, Н. И. Костомаров все же усматривал в этом событии новые зачатки в ее истории[13]. Следовательно, костомаровская схема истории России построенная на теории борьбы двух начал (удельно-вечевого и единодержавного), не исключала своего продолжения.

Из современных ему историков Н. И. Костомаров выделял С. М. Соловьева как представителя государственного направления. Он подчеркивал его заслуги в установлении связей между новым временем и давно прошедшим. Ученый отметил вклад в русскую историю К. С. Аксакова, обратив внимание на “насильственное осветление” славянофилами старины[14].

Н. И. Костомаров был религиозен, но, несмотря на это, понимал, что “религия, в вульгарном смысле, нисходила до ханжества или бессмысленной приверженности к символической букве” и в форме церкви освящала законность всех условий общественного и политического быта, в которых виделись темные стороны. Он написал по этому поводу: “Видя зло, не могу помириться с бесконечною любовью творца! Есть ли на самом деле промысел божий?”[15]. Н. И. Костомаров написал несколько работ по церковной истории (“Великорусские религиозные вольнодумцы в XVI веке: Матвей Башкин и его соучастники. Феодосий Косой”, “Воспоминания о молоканах”, “История ракола у раскольников” и др.) и, хотя специально не занимался изучением раскола, высказал ряд соображений направивших на правильный путь других ученых.

Безосновательными порой для того времени было обвинения Н. И. Костомарова в сепаратизме, которые сам он находил несообразными и несправедливыми.

В конце 60-х Киевский и Харьковский университеты неоднократно приглашали Н. И. Костомарова к себе, но он не был допущен к преподаванию в университете, о чем он писал: “Министр . объявляет мне, что он не утвердит меня ни в один университет и что если я хожу по Петербургу цел и невредим, то за это следует благодарить господа бога”[16]. Затем, чтобы решить этот вопрос раз и навсегда, Министерство народного просвещения закрепило за Н. И. Костомаро-вым профессорское жалование, лишив его возможности преподавать.

В 1862 г. Н. И. Костомаров взялся за издание научно-популярных книг для народа, в чем был поддержал Н.Г.Чернышевским. Он настойчиво обосновывал и в прессе полезность издания такой литературы. Данное предприятие материально поддержали М. Лазаревский, Ф.Метлинский и многие другие, но вышедший в 1863 г. Циркуляр министра внутренних дел Валуева, запрещавший издание литературы на украинском языке, вынудил его прекратить начатое дело. После 1847 года Н. И. Костомаров постоянно находился под наблюдением тайной полиции.

Основной костомаровской концепцией истории являлось признание у всех народов “федеративных начал”, из которых должна была сложиться федерация. Поэтому он придавал большое значение изучению “удельно-вечевого мира” и видел в этом “важнейшую подмогу для уразумения настоящего”, более того — для “практических целей и в настоящем, и в будущем”[17].С классовой точки зрения костомаровская федералистическая концепция идейно обосновывала борьбу за буржуазную республику или федерацию таких республик.

Н. И. Костомаров рассматривал Древнюю Русь не как федерацию, сложившуюся в политическое государство, а с наличием “федеративных начал”, из которых могла бы при определенных условиях сложиться федерация. Можно ли ручаться, замечал ученый, за совершенную прочность и незыблемую крепость новейших таких федераций, на которые указывают в опровержение нам, когда мы прилагаем этот термин к русской истории “удельно-вечевого уклада”, “История Америки, — писал он, — не только Южной, но и Северной, Соединенных Штатов, достаточно дает отрицательный ответ[18]. По мнению. Н. И. Костомарова , коварство и насилие будут в государственных отношениях до тех пор, пока люди не додумаются устроить свое общество “на иных началах”.

В начале 1875 г. Н. И. Костомаров тяжело заболел. В это время скончалась его мать Татьяна Петровна. После смерти матери творческую деятельность историка поддерживала А. Л. Костомарова, обвенчавшаяся с ним 9 мая 1875 г.[19]. В воспоминаниях о Н. И. Костомарове довольно часто встречаем замечения по поводу того, что чем крупнее, импозантнее были события и явления конца 70-х — начала 80-х годов, тем упорнее он углублялся в изучение исторического прошлого, полагая, что, “не уразумев настоящим образом этого прошлого, нельзя уразуметь и настоящего”[20].