Если в качестве основных задач прежнего закона стояли высвобождение религии от уз государственной опеки и предоставление гражданам возможности свободно исповедовать веру, нынешний закон идет дальше в регулировании религиозной жизни и закрепляет ряд принципиальных положений в области взаимодействия государства и конфессий. Внимание государства к организованным формам религиозной деятельности прослеживается уже непосредственно из названия закона.

«Анализ обсуждаемого закона позволяет говорить о том, что Россией избрана своя особая модель взаимоотношений политической власти и конфессий, отличающихся от распространенных в мире режимов государственной церкви. Концептуальным основанием отношений государства и религиозных объединений в России выступила идея культурно-исторической избирательности, состоящая в предоставлении преимуществ конфессиям по признаку их особой культурной и исторической значимости».[50] В преамбуле признается особая роль православия в «истории России, в становлении и развитии ее духовности и культуры», заявляется об уважительном отношении к христианству, исламу, буддизму, иудаизму и другим религиям, составляющим «неотъемлемую часть исторического наследия народов России».[51]

Лейтмотив Федерального закона от 26 сентября 1997 г. заключается в закреплении превентивных полномочий правоохранительных органов: государственная власть заинтересована в предоставлении возможной противоправной деятельности так называемых «тоталитарных сект», исключающих добровольную основу членства и препятствующих выходу граждан из религиозного объединения. Механизм государственной разрешительной политики, воплощенной в полномочиях федеральных министерств и ведомств по регистрации, лицензированию и контролю, призван предотвратить причинение имущественного и морального вреда приверженцам различных вероисповеданий. В этом состоит основное отличие Федерального закона «О свободе совести и о религиозных объединениях» от аналогов национальных систем законодательства многих зарубежных государств, исключающих любые формы воздействия исполнительной власти на процесс создания конфессионального объединения, когда правоохранительные органы лишь констатируют факты преступных действий.[52]

В процессе государственной регистрации религиозных объединений, осуществления ими полномочий юридического лица, контроля органов юстиции за деятельностью религиозных объединений и их ликвидации возникают административно-правовые отношения.

Религиозные объединения могут быть созданы в форме религиозных групп и религиозных организаций. Правоспособностью юридических лиц обладают только зарегистрированные в органах юстиции религиозные организации. Федеральный закон от 26 сентября 1997 г., так же как и базовый Федеральный закон «Об общественных объединениях» от 19 мая 1995 г., определяет статус факультативного и императивного режимов регистрационных отношений, и их различия обусловлены намерениями лиц, создавших религиозную группу. В случае, если целями создания такой группы являются последующая регистрация и получение статуса религиозной организации, инициаторы ее образования обязаны уведомить о деятельности группы муниципальные органы. Факультативный режим регистрационных отношений, таким образом, распространяется на религиозные группы, учредители которых не намерены ходатайствовать в органах юстиции о предоставлении им статуса юридического лица, и обязательная государственная регистрация предусмотрена лишь для объединений, созданных в форме религиозной организации.

Регистрации в Министерстве юстиции РФ подлежат только централизованные религиозные организации, имеющие местные религиозные организации на территории двух или более субъектов Федерации, а все остальные организации регистрируются территориальными органами юстиции. Для осуществления императивных регистрационных отношений решающее значение имеет временной ценз деятельности религиозного объединения на территории Российской Федерации.

Статус общероссийского религиозного объединения распространяется только на централизованные религиозные организации, которые действуют на территории России на законных основаниях не менее 50 лет к моменту обращения организации в орган юстиции с заявлением о государственной регистрации. Учредители местной религиозной организации обязаны подтвердить в органе юстиции факт своей деятельности на соответствующей территории в течение не менее 15 лет. Этот временной ценз не распространяется на местные религиозные организации, которые действовали в составе централизованной религиозной организации до о государственной регистрации. Характерно, что законом предусмотрено подтверждение учредителями общероссийского религиозного объединения своей деятельности на законных основаниях в течение всего периода временного ценза.[53]

Для административно-правовых отношений, возникающих в сфере деятельности религиозных объединений, характерно сочетание различных видов разрешительной политики. Созданию централизованной религиозной организации свойственна особая периодичность регистрационных отношений: на первом этапе государственной регистрации подлежат местные организации, только после ее завершения учредители вправе ходатайствовать о регистрации централизованной организации. Для получения такого статуса необходимо подтвердить наличие трех местных организаций, поэтому процедура государственной регистрации как минимум подразделяется на четыре этапа. В случае последующего расширения деятельности централизованной религиозной организации, например при учреждении ею новых местных организаций, регистрационные отношения между органом юстиции и учредителями возникают вновь. Для создания конфессиональными объединениями учреждений профессионального религиозного образования необходимо сочетание двух различных видов разрешительной политики. Такие учреждения подлежат государственной регистрации в органе юстиции в качестве религиозного объединения, и для получения права осуществления образовательной деятельности необходима также выдача лицензии Министерством общего и профессионального образования Российской Федерации.

Статус общероссийской религиозной организации, предусмотренный Федеральным законом «О свободе совести и религиозных объединениях» от 26 сентября 1997 г., отличается от правового положения общероссийского объединения, создаваемого в соответствии с Федеральным законом «Об общественных объединениях» от 19 мая 1995 г. Несмотря на то, что религиозная организация представляет собой разновидность общественного объединения, процедура государственной регистрации религиозных объединений существенна упрощена. Для подтверждения статуса общероссийской религиозной организации территориальный аспект учитывается органом процедура государственной регистрации минимально: субъекта Федерации и тем не менее именоваться общероссийской.

Существенно отличаются и субъекты административно-правовых отношений, возникающих государственной регистрации общероссийского общественного объединения и российской религиозной организации. Во втором случае регистрационное свидетельство может быть выдано и территориальным органам юстиции, а общероссийские общественные объединения подлежат государственной регистрации только в Минюсте России.[54]