Крестьяне, отделившиеся от общины, получали возможность получение кредита в Крестьянском банке под залог этих земель, могли приобретать на льготных условиях новые участки из земельного фонда. Этот фонд состоял не только из земель, разрешенных к продаже указами 27 августа и 19 сентября, но также из тех, которые продавали Крестьянскому банку помещики, не способные вести хозяйство или, испугавшиеся революционных волнений. Столыпин дабы подать хороший пример продал Крестьянскому банку свое Нижегородское имение. (То есть, никакого насильственного отчуждения зачастую даже и не требовалось).

Несмотря на декларируемую добровольность выхода из общины, она зачастую не соблюдалась. Указ 9 ноября 1906г. разрешал принудительный выдел во время очередного общего передела, проходящего раз в 12 лет. В 1908 г. МВД издало циркуляр, в котором разрешались принудительные выделы земли постоянно. Карьера губернаторов и земских начальников во многом зависела от выполнения Указа 9 ноября, что толкало их на многочисленные злоупотребления.

В стране не было ни достаточных финансовых, ни административных ресурсов. По подсчетам Государственного контроля, минимальная стоимость обустройства одного хозяйства на хуторе составляла от 250 до 500 рублей. Министерство земледелия выделило ссуд на общую сумму 32,9 млн. рублей в европейской части России и столько же в Сибири, хотя было необходимо от 3 до 6 миллиардов рублей. Не хватало землемеров, способных справится с таким количеством премежеваний. В 1906 году их было всего 200, а к 1914 уже 6 тысяч. Но на всю страну этого все равно не хватало. Вскоре правительству пришлось отказаться от идеи массового переселения на хутора, в первую очередь межевалась земля для сведения в отрубы, да и то если вся община согласилась о разделе.

Важнейшим элементов аграрных реформ Столыпина являлась колонизация Сибири. Переселение крестьян на свободные земли за Уралом начал ещё С. Ю. Витте в конце XIX века, Столыпин сделал это переселение более массовым. Указом от 10 марта 1906 г. всем желающим было предоставлено право на переселение. Правительство выделяло средства на прокладку дорог, благоустройство на новом месте, медицинское обслуживание, общественные нужды. Конечно, и тут не все было безоблачно – около полумиллиона переселенцев вынуждено было вернуться обратно.

Последние реформы

С 1909 г., по мнению С. С. Ольденбурга, определился новый курс политики Столыпина - курс русского национализма. В 1909 г. Столыпин представил царю законопроект о децентрализации. Предполагалось разделить Россию на 11 областей. Во главе предлагалось поставить областное земское собрание и областное правительственное управление. Земские собрания, образуемые на общих основаниях, принятых для земских выборов, получали широкое право местного законодательства по всем вопросам, не имевшим общегосударственного значения. Также предполагалось «привлечение к управлению окраинами местных специалистов». Но царь, как обычно, нерешительно отнесся к продвижению этого закона, и в последующем смерть Столыпина положила конец этому замыслу.

Осенью 1909 г. Столыпин внес в Совет по делам местного самоуправления проект введения земства в 9 западных губерниях, причем эти земства должны были иметь русское большинство. Столыпин относился к этому закону с особым вниманием. Решено было отложить введение земства в тех губерниях, где русское население было в меньшинстве (Ковенской, Виленской, Гродненской), а в остальных ввести земское положение 1890 г. со значительными поправками. Так как все крупное землевладение было польским, вдвое был снижен ценз, избиратели были разделены на 2 курии – польскую и русскую, причем русская избирала больше гласных. Законодательно закреплялось большинство русских в управах и в составе земских служащих. Цель этого законопроекта, по словам самого Столыпина, - навсегда закрепить западный край за Россией, стремление «защитить права экономически слабого русского большинства от польского экономически и культурного сильного меньшинства. Пройдя Думу, этот законопроект встретил сопротивление в Госсовете. Причины были разные: вызывало недовольство и национальные курии, и снижение ценза – нежелательный прецедент для других губерний, нежелание ограничивать в правах консервативное польское дворянство в пользу русской «полуинтеллигенции». Госсовет отклонил этот законопроект. Столыпин, под угрозой своей отставки, вынудил царя подписать указ о перерыве сессии палат на 2 дня. Было предписано П. Н. Дурново и В. Ф. Трепову, как активным противникам законопроекта, покинуть столицу и до конца года не посещать заседаний Госсовета. 14 марта 1911 г. Закон о западном земстве был принят по 87 статье.

14 марта 1910 г. был внесен законопроект о взаимоотношениях между Россией и Финляндией без согласия финляндского сейма и противоречащий Основным Законам Великого Княжества Финляндского. По этому закону, финский сейм сохранял только совещательный голос в вопросах общеимперского и внутреннего законодательства. Закон этот вызвал массу недовольства и в России, и в Финляндии, и за границей.

Столыпин также разработал реформу местного самоуправления. Все казенные уездные учреждения России объединялись под властью выборного предводителя дворянства. Однако учреждений становилось все больше, а дворян все меньше, и предводителя, служившего из чести, без жалованья, становилось не из кого выбирать. Столыпин предложил поставить во главе уезда правительственного чиновника (назначаемого министром внутренних дел), оставив предводителю дворянства сословные дела. Также была разработана реформа местного самоуправления (земства). Его выбирали по куриям – дворяне, собственники недворянского происхождения и крестьяне-общинники. Большинство гласных принадлежало дворянам, но во многих уездах избирателей-дворян собиралось меньше, чем надо было выбрать гласных. Столыпин предложил сделать курии не сословными, а имущественными. А также понизить избирательный ценз. В будущем, в случае удачной крестьянской реформы, в число избирателей вошли бы и богатые крестьяне-единоличники (на это очень рассчитывал Столыпин – именно тогда, говорил он, писаные свободы станут законом). Однако дворяне не хотели ничего менять. Они увидели в этом оскорбление, умаление своей власти в деревне. Проект предполагал также объединение разрозненного управления в губерниях под руководством губернаторов, слабость которого способствовала распространению революции в 1905 году. Предполагалось реорганизовать полицию.

В мае 1911 года был направлен Николаю II доклад по вопросу об обновлении государственной администрации. Столыпин предложил создать министерство местного управления, занимающегося проблемами, связанными с земствами; департаменты здравоохранения, труда, национальных меньшинств и природных ресурсов. Также предлагалось, чтоб министерствами руководили специалисты, что фактически привело бы к ограничению возможности Государя избирать членов правительства. Однако Николай II не дал на него ответа.

Столыпин предлагал укрепить финансовую систему за счет увеличения прямых и особенно косвенных налогов, повышения акциза на спиртные напитки, введения прогрессивного налога и налога с оборота. Был поставлен вопрос о реформировании промышленности – иностранные займы предполагалось использовать только на исследования недр земли, строительство железных дорог и дорог с твердым покрытием.