В сентябре 1641 г. Коменский прибыл в Лондон и поселился в семье Гартлиба. Но в момент прибытия страна была охвачена огнем гражданской войны. В такой политической ситуации парламенту было не до образования и культуры. Поэтому план Коменкого и Гартлиба не осуществился.

Несмотря на это, в период пребывания в Англии Коменский сумел написать труд пансофического характера “Путь света”, в которй развивает идею всеобщей гармонии и мира между народами и ставит вопрос о создании международного языка и об учреждении всемирного совета.

Политическая обстановка в Англии не способствовала осуществлению идей Коменского в ближайшие годы, и он решил вернуться в Лешно. Однако в это время известный коммерсант Людвиг ван Геер приглашает его в Швецию для работы. Под влиянием государственного канцлера Швеции Оксенштирие, который пытался убедить его в неосуществимости идеи “Пансофии”, Коменский прекратил работу над ней и занялся вопросами методики преподавания латинского языка, хотя и считал эту работу второстепенной.

В 1646 г. Коменский представил в Стокгольме высшему жюри университета еще не законченные дидактико-методические труды и в их числе - “Новейший метод преподавания языков”.

В этой работе изложена методика преподавания латинского языка, основанная и построенная на индуктивном методе. Сперва - пример, затем - правило; предмет и параллельно - слово; свободное и осмысленное усвоение, а не мучительное зазубривание - таковы основные начала этого метода.

В соответствии с указаниями жюри Коменский приступил к подготовке к печати и других трудов. А весной 1647 г. Коменский снова приступил к работе над “Пансофией”.

В 1648 г. скончался главный епископ “Чешских братьев” и синод пригласил на эту должность Коменского. Он вернулся в Лешно, где ему суждено было стать последним руководителем общины.

В период второго пребывания в Лешно Коменский отредактировал работу Ласицкого “История братьев” и написал работу ”Свет во мраке”, которая была издана в 1657 году.

В октябре 1648 г. Весгфальским миром закончилась Тридцатилетняя война. По положению договора вера подданых определялась той верой, которую исповедует их господин, что давало равные права кальвинистам, лютералами католикам, но только феодалам. Чехия по этому договору оказалась под господством Ггабсбургов, и поэтому католизм по-прежнему оставался государственной религией. Чешские изгнанники, бежавшие в Польшу, навсегда лишились возможности вернуться на родину.

В марте 1650 г. был проведен конгресс представителей общин “Чешских братьев”, который принял постановление сохранить свою церковь и незыблемо соблюдать свой прежний устав.

В 1650 г. Коменского пригласил к себе покровитель Венгрии граф Сигизмунд Ракочи, который предложил ему консультировать руководство школой в г. Шарош-Патаке, а также осуществить свой пансофический план. Коменский охотно принял приглашение, поскольку в Венгрии “Чешским братьям” оказывали покровительство и помощь. В октябре 1650 г. Коменский с женой и детьми поселился в Шарош-Патаке.

Венгерский период (четыре года) был одним из самых прлодотворных периодов в жизни Коменского.

Практическая работа в в гимназии в значительной степени обусловила теоретическую разработку им различных вопросов педагогики. Коменскому не удалось полностью перестроить гимназию в соответствии с идеями, изложенными в “Пансофической школе”, но он сумел открыть три по-новому организованных класса, обучение в которых велось по учебникам самого Коменского и в духе его дидактической концепции.

Из трудов этого времени особенно большое значение имеет бессмертная книга “Мир чувственных вещей в картинках”, которая быстро распространилась по всей Европе как замечательный учебник для изучения латинского языка. Этот учебник важен тем, что в нем последовательно реализован принцип наглядности. Эта книга оставалась признанным учебником почти до конца XIX века. Еще с десяток трудов педагогическо-дидактического характера написаны Коменским за годы пребывания в Шарош-Патаке.

В 1654 г. Коменского вызывают в Лешно, где он продолжает свою деятельность, но в Лешно он проводит очень мало времени, так как в 1655 г. между Польшей и Швецией началась война. “Чешские братья” считали победу Швеции предпосылкой для освобождения Чехии и сочуствовали шведам.

Это, а также то, что Коменский написал панегирик в честь короля Швеции Карла Густава, вызвало недовольство правящих кругов Польши “Чешскими братьями”. Когда польские войска взяли г. Лешно, они предали город огню, и разоренные чехи вынуждены были бежать не только из Лешно, но и из Польши. Во время пожара сгорела большая часть рукописей Коменского и все его проповеди, а сам он бежал в Силези и поселился в г. Фарнкфурте. Но вскоре он получил приглашение от сына своего друга Людвига ван Геера переехать в Амстердам, и в 1656 г. он вновь переезжает. Амстердамский сенат выделил чешским беженцам 2 млн. флоринов, а Коменского пригласил на должность профессора и назначил ему ежегодно 800 флоринов, чтобы он мог спокойно жить и продолжать работу над пансофическими трудами. Коменский из скромности отказался от должности профессора, но с горячей благодарностью принял помощь сената.

Амстердамский период жизни Коменского имеет всемирно-историческое значение в развитии педагогической мысли. Здесь в 1657 г. по постановлению амтсердамского сената и при материальной поддержке ван Геера было осуществлено издание Полного собрания дидактических сочинений, который содержит два тома и включает в себя почти все труды великого чешского педагога.

С начала 60-х годов Коменский почти прекратил работу над вопросами дидактики и последние 10 лет своей жизни посвятил практической деятельности по освобождению своей родины и разработке проблем мира и сотрудничества между народами. В эти годы он создает сочинение, которое называет “Всеобщий совет людским поколениям и в первую очередь - ученым, служителям религии, европейским властям об упорядочении дел человеческих. Коменский начал писать некоторые работы, вошедшие в это сочинение, еще в 1645 году, но не успел, и завещал их привести в порядок своему сыну. Многие рукописи были утеряны, и найдены только в 1934 г.

“Общий совет об исправлении дел человеческих” полностью впервые был опубликован в 1966 г. Чехословацкой академией наук. “Общий совет - зеркало общественно-политического мировоззрения Коменского.

В 1667 г. он публикует работу “Ангел мира”, в которой призывает человечество к миру и решению спорных вопросов государства на основе доброй воли, а не путем использования оружия и насилия.

Уставший от трудов и борьбы, лишенный родины, измученный Коменский пишет сочинение “Единственно необходимое”, в котором мыслитель подводит итоги своей жизни. С глубокой горечью пишет Коменский: “Вся моя жизнь протекала не на родине, а в непрерывных скитаниях, мое пристанище постоянно менялось, нигде не находил я себе прочного приюта”.

Последним сочиненим Коменского было “Продолжение братского завещания”, которое является автобиографией Коменского.