22 июля 1941 года фашистская Германия вероломно, без объявления войны напала на Со­ветский Союз. Тысячи самолетов вторглись в воздушное пространство СССР, сбрасывая смертоносный груз на города и села, аэродромы и железные узлы. Внезапное нападение немецких войск поставило Красную Армию в тяжелое положение. Несмотря на упорное сопротивление, мужество и стойкость ее воинов, она не смогла остановить превосходящего по силе врага, и вынуждена была с тяжелыми боями отступать в глубь страны. Над нашей Родиной нависла смертельная опасность. Советский народ вступил в ожесточенную схватку с германским фашизмом. Центральный комитет партии в первые же дни войны разработал программу мобилизации всех сил народа на борьбу с врагом, он обратился к рабочему классу, колхозному крестьянству и интеллигенции с призывом: "Все для фронта! Все для победы”. Задачи большой государственной важности встали и перед гражданским воздушным флотом - необходимым видом транспорта и средством связи на фронте и в тылу страны. Было сформировано 6 авиационных групп ГВФ особого назначения: Северная(командир А. А. Лаврьентев), Прибалтийская (Миловидов), Белорусская (Тимашев), Киевская (Романов), Юго-Западная (Брюмер), Московская (Коротков), в составе которой была создана эскадрилья связи №2 (Шарыкин). На многочисленных митингах, проходивших на предприятиях, в подразделениях, в учебных заведениях, научно-исследовательских организациях ГВФ, авиоработники выражали готовность вместе со всем советским народом бороться с ненавистным врагом. В главное управление гражданского воздушного флота поступали сотни телеграмм, писем, заявлений от авиаторов всех специальностей с просьбой направить их на фронт.

В сложной и напряженной обстановке Аэрофлот быстро перестраивался на военный лад. Значительное число пилотов, штурманов, инженеров, бортмехаников, бортрадистов и других специалистов передавалось в Военно-Воздушные Силы, в дальнюю бомбардировочную авиацию (с 1942 года авиация дальнего действия). В начале битвы под Москвой, в октябре В начале битвы под Москвой, в октябре 1941 года, по указанию ГКО основная часть руководящего состава аппарата Главного управления ГВФ была эвакуирована в тыл страны, а в Москве создана оперативная группа под руководством первого заместителя начальника ГУГВФ полкового комиссара М. В. Картушева, с января 1942 года ее возглавил начальник ГУГВФ генерал-майор авиации В. С. Молоков. Во всех фронтовых авиагруппах ГВФ была созданы отделы политической пропаганды, в авиаподразделениях, частях и соединениях была введена должность военного комиссара. Эта ответственная работа поручалась лучшим коммунистам. Политическому управлению ГУГВФ было представлено право приема авиаторов в ряды партии. С первых дней войны ГВФ испытывал серьезные затруднения: недоставало тяжелых транспортных самолетов, возникали сложности с их ремонтом и переоборудованием. Полеты на невооруженных самолетах в условиях господства в воздухе вражеской авиации были сопряжены с большим риском. Трудности усугублялись и тем, что формирование авиагрупп ГВФ проходило одновременно с выполнением заданий, характер которых значительно отличался от выполнявшихся в мирное время полетев, требовалась психологическая перестройка, овладение новыми знаниями и навыками. Однако авиаторы, преодолевали все эти трудности, с честью решали поставленные перед ними задачи.

“Пилоты гражданской авиации самоотверженно несут свою службу. Десятки полетов в день совершают они на фронт, доставляя грузы войскам, перевозя тяжело раненных и консервированную кровь для переливания. Во время полетов им часто приходится выдерживать ожесточенные атаки немецко-фашистких истребителей.” (Правда, 5 июля 1941 года). Самоотверженно работал и инженерно-технический состав авиагрупп. Нередко самолеты возвращались с заданий буквально изрешеченные пулями и осколками снарядов, но, как правило, специалисты за короткое время возвращали их в строй. Было не мало случаев, когда техники или механики заменяли выбивших из строя воздушных стрелков транспортных самолетов. Приходилось им участвовать в обороне прифронтовых аэродромов от прорвавшихся к ним вражеских войск. Огромную работу проделал инжнерно-технический состав особых авиагрупп по переоборудованию самолетов. Не только в стационарных мастерских, но и полевых условиях на них устанавливались пулеметы, бомбодержатели, бронеспинки к кресла членов экипажей. Большая нагрузка легла на бортмехаников. При посадке на полевых аэродромах, в пунктах базирования боевой авиации они выполняли работы по техническому обслуживанию и ремонту самолетов, двигателей, оборудования, которыми до войны занимались наземные технические службы. А когда требовала обстановка, бортмеханики проявляли героизм и мужество.

В период героической обороны Одессы пилоты Юго-Западной особой авиагруппы ГВФ только за первые 37 дней боев доставили нашим войскам 110 тонн боеприпасов, выполнили сотни разведывательных и связных полетов, эвакуировали 740 тяжелораненых. В начале августа 1941 года, когда враг приближался к городу, авиагруппа перебазировалась в город Первомайск, а в Одессе осталось авиазвено самолетов У-2 В. А. Седляревича. Только за один месяц пилоты этого звена совершили 476 самолето-вылетов, в том числе 162 на бомбардировку врага.

В предвоенные годы пилоты ГВФ не выполняли полеты в строю. Осваивать их приходилось уже в годы войны. Пилоты быстро овладевали искусством группировки полетов, которые обеспечивали взаимодействие экипажей при отражении атак вражеских истребителей и взаимовыручку в строю.

Высокое профессиональное мастерство, боевую инициативу и бесстрашие проявил уже в начальном периоде войны пилот Московской авиагруппы особого назначения ГВФ Г. А. Таран. Когда в боях на дальних подступах к Ленинграду соединения Северо-Западного фронта, отрезанные от баз снабжения, начали испытывать острый недостаток в боеприпасах и продовольствии, им на помощь пришли гражданские авиаторы. Экипажи самолетов Ли-2, делая по два-три ночных вылета доставляли нашим войскам срочные грузы и эвакуировали в тыл раненых. Однако даже такой напряженный ритм летной работы не давал возможности перебросить все необходимое для наших соединений. И тогда Г. А. Таран принял крайне рискованное решение - выполнять задания и днем, причем без сопровождения истребителей, для возможного боя с самолетами противника экипаж брал на борт тройной комплект пулеметных патронов. Инициатива Г. А. Тарана была одобрена командованием и подхвачена многими пилотами, в результате чего кол-во доставляемых нашим войскам грузы резко возросло. В одном из полетов при возвращении из Ленинграда командир корабля Г. А. Таран и второй пилот Н. С. Дудник были ранены осколками зенитного снаряда. Превозмогая боль, командир не оставил управление самолетом и довел его до посадочной площадки. За этот подвиг Г. А. Таран был награжден орденом Красного Знамени. Зная о тяжелом продовольственном положении города - колыбели Великого Октября, - гражданские авиаторы стремились выполнять максимальное кол-во рейсов, до предела загружать самолеты продуктами питания, медикаментами и другими важнейшими грузами. Чтобы выполнить два полета в день, экипажи поднимались за долго до рассвета и возвращались на базы поздно вечером. Не смотря на сложные метеоусловия - низкую облачность, обильные снегопады, туманы, обледенения, экипажи заправляли самолеты бензином почти без запаса на непредвиденные случаи, а за счет этого брали на борт до 3000 кг груза вместо положенных по норме 1800-2000 кг. Благодаря четкой организации труда сократили и время стоянки самолетов под погрузкой и разгрузкой с 40 до 10-15 минут. Ремонт машин, подготовку их к очередным рейсам технический состав осуществлял в ночное время, в полевых условиях, на морозе и леденящем ветре, не редко под разрывами фашистских бомб. А с рассветом самолеты снова брали курс на Ленинград. Поставленная перед Московской авиагруппой особого назначения ГВФ задача по оказании помощи войскам и населению Ленинграда была решена успешно. Только за два с половиной месяца (с 10 октября по 25 декабря 1941 года) авиаторы доставили в осажденный город свыше 6 тыс. тонн грузов и вывезли из него более 50 тыс. человек. Военный совет Ленинградского фронта высоко оценил работу экипажей ГВФ - 68 авиаторов были удостоены боевых наград.