Летом 1966 г. на взлете «разулся» пятый прототип: как и в январском случае, от искр загорелись втулки колес, а потом и сам самолет. Экипаж в составе летчиков - подполковника ВВС Билла Скляра и майора Ноэля Уарнера благополучно покинул горящую машину, выпрыгнув из кабины. После этого случая магниевые втулки колес заменили на алюминиевые и поставили новые пневматики фирмы Гудрич.

Очередное тяжелое проишествие произошло 13 апреля 1967 г.: SR-71 с бортовым номером «17» потерпел аварию недалеко от Лас-Вегаса, оба члена экипажа (офицеры 9-го крыла) успешно катапультировались. Причина вновь была связана с работой силовой установки. 25 ноября 1967 г. в Неваде разбился 16-й построенный самолет, также пилотируемый экипажем ВВС. Экипаж в ночном полете неправильно считал показания авиагоризонта и потерял ориентацию в пространстве. Летчики спаслись, однако очередной разведчик пришлось списать. Последняя в ходе летных испытаний авария произошла 18 декабря 1969 г., самолет пилотировали подполковники ВВС Джо Роджерс и Гэри Гейдельбэг. Полет проводился в рамках отработки бортовой системы РЭБ. После дозаправки от КС-135, вскоре после выхода на сверхзвук, экипаж услышал сильный хлопок, после чего произошло резкое падение тяги двигателей и потеря управляемости самолетом. Разведчик вышел на большие углы атаки и свалился на крыло. Через одиннадцать секунд после хлопка Роджерс скомандовал: «Let's go» - пошли! Катапультирование прошло успешно - офицеры приземлились на южной оконечности Долины смерти, шт. Калифорния. Причина хлопка или взрыва так и осталась невыясненной. Вероятная причина катастрофы, скорее всего опять связана с работой воздухозабоника. При незапуске воздухозаборника возникает очень большая ассимметрия тяги двигателей. Самолет кренится и сваливается на крыло. Данная проблема «нарисовалась» еще на стадии проектирования А-12. Чтобы избежать асимметрии тяги рассматривался даже вариант установки обоих двигателей в фюзеляже, однако в конечном итоге было решено проблемы асимметрии тяги и «незапуска» воздухозаборника отдать «на откуп» автоматической системе управления работой воздухозаборников. «Незапуск» воздухозаборников так и остался самым уязвимым местом всех самолетов серии А-12/YF-12/SR-71. Со временем эти проблемы удалось разрешить лишь частично путем подбора коэффициентов регулирования в системе управления и замене аналоговой системы на цифровую. Много рискованных полетов по программе отладки системы управления воздухозаборниками выполнил Билл Уивер. В полете Уивер преднамеренно прерывал состояние «запуска»: по его словам, ощущения при этом напоминали ощущения пассажира курьерского поезда несущегося не по рельсам, а по шпалам. К концу 1967 г. фирма Локхид передала ВВС последний, 31-й, заказанный разведчик SR-71; линия по их производству была законсервирована. Возможно, этого делать и не стоило, так как череда катастроф и происшествий с разведчиками продолжалась. В основном, «гробились» самолеты, пилотируемые строевыми летчиками (к этому времени SR-71 уже состояли на вооружении 9-го стратегического разведывательного авиакрыла). Тренировочный SR-71B разбился 11 января 1968 г. Опытный пилот, командир 99-й эскадрильи, вывозил курсанта в его третий полет на разведчике. Уже по пути домой отказал электрогенератор; аккумуляторная батарея позволяла работать системам самолета в течение 30 минут, но этого оказалось мало - SR разбился в 12 километрах к северу от базы. Самолет № 11 пострадал 29 июля 1968 г. от пожара правого двигателя, который произошел в полете на скорости М=2,88 и высоте 29 732 м. Опытный летчик вовремя заметил горящую лампочку аварийной сигнализации, немедленно выключил двигатель и сумел вернуться на аэродром. В октябре 1968 г. на взлете лопнули покрышки колес, куски диска пробили топливный бак, начался пожар. Неуправляемый самолет выкатился за пределы полосы, экипаж катапультировался, но выжить удалось только оператору. 11 апреля 1969 г. еще один пожар - на пятом SR-71. Все три этих самолета пришлось списать, хотя они и остались ремонтопригодными, однако их восстанавливать не стали по причине чрезвычайно высокой стоимости ремонта. Наконец 17 июня 1970 г. SR-71 столкнулся над штатом Нью-Мексико с заправщиком KC-135Q, разведчик разбился, Боингу удалось доковылять до своей базы. Официально летные испытания по категориям 1 и II завершились в мае 1972 г. За огромный вклад в программу А-12, YF-12 и SR-71 награды Общества летчиков-испытателей получили Лу Шальк, Билл Пэрк, Джим Истхэм и Боб Гиллиленд.

SR-71B/C «BlackBird»Учебно-тренировочный вариант стратегического разведчика

Для подготовки летчиков SR-71 и проведения тренировочных

полетов построили две «спарки» SR-71В. Внешне самолет был практически идентичен "Титановому гусю" - двухместному А-12. Кабина инструктора, расположенная за кабиной курсанта, с небольшим превышением обеспечивала необходимый обзор. Для улучшения путевой устойчивости учебной модификации под мотогондолами установили дополнительные кили. Первый учебно-тренировочный SR #956 взлетел 18 ноября 1965. Его пилотировали Bob Gilliland и Steven Belgau. 18 декабря Bill Weaver и Jim Eastham подняли второй SR-71B - #957. SR-71В #956 стал первым Blackbird, поступившим на вооружение 4200-го стратегического разведывательного авиакрыла. 7 января 1966 г. его перегнал в Бил с авиабазы Эдвардс лично командир подразделения - полковник Д.Нельсон. Тренировочный SR-71B #957 разбился 11 января 1968 г. Опытный пилот, командир 99-й эскадрильи, вывозил курсанта в его третий полет на разведчике. Уже по пути домой отказал электрогенератор; аккумуляторная батарея позволяла работать системам самолета в течение 30 минут, но этого оказалось мало - SR разбился в 12 километрах к северу от базы. Robert Sowers и David Fruehauf катапультировались успешно. Для замены разбитой машины изготовили двухместный SR-71С S/N 64-17981, практически не отличавшийся от своего предшественника: пристыковали к сильно поврежденному при посадке YF-12A (S/N 60-6934) носовую часть фюзеляжа SR-71, предназначавшегося для статических испытаний. SR-71B (17956) и 2 SR-71A (971 и 980) в 1990 были переданы в NASA, получив номера 831, 832 и #844 соответственно, и используются в качестве летающих лабораторий.