Владыка Лука провел год в тюремных камерах, лишенный книг, передач с воли, свиданий с близкими. Следствие было закончено, но в ГПУ еще что-то согласовывали. Зимой в душных тюремных камерах стало сыро и холодно. Архиепископ Лука болел. Его несколько раз отвозили в больницу, затем опять на допросы. Затем из внутренней тюрьмы ГПУ перевели в общую. Только 15 мая следующего, 1931, года последовал протокол Особого Совещания коллегии ГПУ. Три неизвестных человека заочно постановили: " . Войно-Ясенецкого Валентина Феликсовича выслать через ПП ГПУ в Северный край сроком на три года, считая с 6 мая 1930 года". Екатерина Михайловская лишалась проживания в 12 пунктах и высылалась в Читинский или Омский район сроком на три года.

Владыка Лука трижды писал следователю и его начальству и просил заменить ему ссылку в Сибирь высылкой в Среднюю Азию или Китайский Туркестан, но ему было отказано.

В "рабоче-крестьянской" прессе дело Михайловского получило небывалое освещение. По "социальному заказу" был написан целый ряд художественных произведений: роман Борисоглебского "Грань", пьеса Тренева "Опыт”, драма Б. Лавренева "Мы будем жить! " — в каждой из которых гениальный ученый-материалист, приблизившийся в своих открытиях к достижению оживления умерших становился "жертвой религиозного фанатизма". Ученые даже выступали в печати по поводу абсолютной ненаучности этих сочинений.

[41] Прихожанка Успенского кафедрального собора г. Ташкента А.А. Медынцева вспоминает: "Владыка Лука всегда говорил, что никого нельзя осуждать. Когда кончилась служба, он сказал: "Братия и сестры, я сегодня не молился о вас, а молился о согрешившем собрате. Но вам всем я говорю: никогда не осуждайте духовенство. Лучше осудить весь мир, чем одно духовное лицо". В эту ночь его арестовали ." Мать Анны Александровны рассказывала ей, как пересылали Владыку Луку: "Нас собралось несколько человек; шли и издали смотрели: его, как хулигана, дергали за бороду, плевали ему в лицо. Я как-то невольно вспомнила, что вот так же и над Иисусом Христом издевались, как над ним".

[42] В это время в Архангельске были закрыты все храмы. В больнице, где работал Владыка Лука, помещение для амбулаторного приема было маленьким, очень тесным, полутемным. В коридоре всегда теснилась очередь, женщины ругались, плакали дети. Печи дымили, но тепла давали мало. Не хватало ваты, бинтов, антисептиков, даже бумаги. Рецепты писали на клочках, а истории болезни — на газете, фиолетовыми чернилами поперек печатного текста. Больных всегда было много: к хирургу записывалось по сорок человек и более. Эту вторую ссылку Владыка Лука считал легкой.

[43] После того, как Владыке Луке второй раз оперировали больной глаз, он узнал, что с его сыном Михаилом случилось несчастье: поезд, на котором он ехал из Ленинграда в Москву, потерпел крушение. Михаил Войно-Ясенецкий получил несколько ран, в том числе тяжелейший перелом ноги. Его доставили в одну из больниц Ленинграда. Епископ Лука, не закончив лечение, поспешил в Ленинград, надеясь помочь сыну, в результате недолеченный глаз погиб окончательно.

В Ташкенте в 1935 году Владыка Лука жил неподалеку от больницы Полторацкого. Рано утром к его домику подъезжала легковая машина. Он ехал в церковь, и автомобиль ждал его у церковной ограды до окончания службы. Затем Владыка Лука ехал в Институт неотложной помощи, третьим корпусом которого он руководил. Так начинался день, наполненный операциями, консультациями, конференциями. После работы в операционной и над трупами — чтение лекций в Институте усовершенствования врачей. В субботу, в воскресенье и по праздникам за Владыкой Лукой присылали из храма запряженную лошадью линейку.

Множество врачей с радостью учились у епископа Луки. Профессор требовал, чтобы врачи всегда делали все возможное, чтобы спасти больного, говорил, что они не имеют права даже думать о неудаче. Епископа-хирурга всегда возмущали случаи непрофессионализма, невежества во врачебной работе, от которых страдали люди и которые в советской медицине, к сожалению, нередки. Владыка Лука не терпел равнодушия к медицинскому долгу.

Однажды епископу Луке пришлось лететь в Сталинабад, чтобы срочно оперировать умирающего, который был видным партийцем. После этого сталинабадские чиновники предлагали ссыльному епископу остаться работать у них, но он согласился приехать только в том случае, если в городе построят храм. На это власти не пошли.

В Наркомздраве и в Хирургическом обществе хорошо знали, что Владыка Лука лечил ташкентских и сталинабадских чиновников, и, не смотря на то, что на ссыльного епископа многократно клеветали, арестован он тогда не был. В "Правде Востока" в том же году писали, что "Наркомздрав Узбекистана утвердил проф. В.Ф. ВойноЯсенецкого в ученой степени доктора медицинских наук без защиты диссертации. Наркомздрав принял во внимание 27-летнюю деятельность Войно-Ясенецкого и его заслуги в области гнойной хирургии. Диссертация, которую он защищал в 1916 году, до сих пор не утратила своего значения ." В действительности врачебная работа хирурга продолжалась уже более 33 лет. Наркомздрав почему-то не засчитал ему шесть лет ссылок и тюрем .

[44] Накануне ареста у Владыки Луки был обыск. Он происходил, как обычно, ночью. Пришли несколько человек в гражданском, милиционер, дворник. Сняли иконы, рылись в ящиках стола и шкафах. Молодой чекист распотрошил шкатулку с письмами покойной Анны Ланской. Владыка Лука сидел в углу, не произнося ни слова. В общую кучу на средину комнаты летели книги, одежда, медицинские рукописи. Молодой чекист попросил разрешения закурить. Епископ ответил; "Вы роетесь в письмах моей жены, вы совершаете неизвестно что в моем доме, так делайте же и дальше, что хотите ."

В это время Владыке Луке исполнилось шестьдесят лет, и левый глаз у него полностью ослеп.

[45] Свидетельство о пребывании там Владыки Луки оставил двоюродный брат афганского эмира Мухаммад Раим (Раим Омарович Мухаммад) , мусульманин, бежавший на советскую территорию во время мятежа в Кабуле и арестованный по обвинению в шпионаже. В 1938 году он был в заключении в областной тюрьме, в седьмой камере второго корпуса вместе с Владыкой Лукой.

Мухаммад Раим с уважением рассказывает о православном епископе. По его воспоминаниям, в камере сидели вместе "белые" и "красные" генералы, секретари обкомов, члены ЦК, профессора, кадеты, анархисты, коммунисты и беспартийные. Часто там происходили споры, звучали взаимные обвинения. Наиболее рьяные атеисты пытались втянуть в спор "несознательного и реакционного" епископа, но Владыка отказывался спорить о вере. В своих медицинских лекциях (такие лекции читали и другие профессора) он не касался вопросов политики. В камере был со всеми ровен и сдержан, готов был любому оказать медицинскую помощь, мог поделиться и пайкой хлеба. Относились к Владыке Луке в камере в общем уважительно. Даже начальство его выделяло: Владыку освобождали от мытья сортиров и выносов параши. "Он был такой человек, что нельзя было к нему относиться иначе", — поясняет Мухаммад Раим.