14 мая 1996 г. Всероссийский центр изучения общественного мнения ( ВЦИОМ ) и институт "Российское общественное мнение и исследование рынка" ( РОМИР ) сообщили, что уровень популярности президента России Ельцина, по данным социологов, впервые с января 1996 г. превзошел рейтинг лидера КПРФ Геннадия Зюганова.

19 мая 1996 г. Борис Ельцин объявил, что подписал указ, согласно которому с 2000 года будет отменена всеобщая воинская обязанность и российская армия будет полностью комплектоваться на добровольной основе.

26 мая 1996 г. в Москве состоялась встреча Бориса Ельцина с главой оппозиционного правительства Чечни Зелимханом Яндарбиевым . 27 мая в Кремле был подписан документ о прекращении боевых действий в Чечне и достигнута договоренность о гарантиях безопасности визита Бориса Ельцина в Грозный. 28 мая 1996 г. состоялся визит Бориса Ельцина в Чечню. Президент пробыл в Чечне около 4 часов, за это время он посетил село Правобережное, где побеседовал с местными жителями и военнослужащими одного из подразделений внутренних войск. После этого президент России был доставлен в расположение 205-й мотострелковой бригады, дислоцированной в районе грозненского аэропорта "Северный", и выступил перед ее личным составом, вручил государственные награды чеченцам - ветеранам Великой Отечественной войны. Борис Ельцин провел краткую встречу с главой Чеченской Республики Доку Завгаевым . 28 мая делегация оппозиционного правительства Чечни оставалась в Москве. Это позволило некоторым СМИ утверждать, что они взяты в качестве заложников успешного визита Ельцина, так как еще 14 мая полевой командир чеченских боевиков Шамиль Басаев заявил, что если Борис Ельцин "осмелится приехать в Чечню", то на него будет совершено покушение.

29 мая 1996 г. Борис Ельцин направил обращение избирателям, в котором как кандидат на пост президента сообщил о прекращении, в соответствии с законом, сбора средств в свой избирательный фонд.

Свою предвыборную программу Борис Ельцин обнародовал только 1 июня. До этого дата оглашения постоянно откладывалась под разными предлогами. По мнению ряда аналитиков, это было связано с негативным опытом штаба поддержки Геннадия Зюганова, который обнародовал программу своего кандидата задолго до выборов и экономисты успели ее раскритиковать.

8 июня 1996 г. Борис Ельцин подписал ежегодное бюджетное Послание президента России правительству на 1997 год.

16 июня 1996 г. состоялся первый тур выборов президента РФ. Борис Ельцин набрал 35,28 процентов голосов избирателей и вышел во второй тур выборов.

18 июня 1996 г. Борис Ельцин подписал указ о назначении Александра Лебедя секретарем Совета безопасности РФ и помощником президента по национальной безопасности. Этот шаг президент РФ назвал объединением двух политиков и их программ. Ельцин заявил, что откорректирует свою программу действий и добавит в нее те положения из программы Лебедя, которые касаются армии, ее реформирования, вопросов безопасности и борьбы с коррупцией. В тот же день Борис Ельцин своим указом освободил Павла Грачева от должности министра обороны РФ. Вскоре после своего назначения Александр Лебедь выступил по телевидению и заявил, что предотвратил потенциальный путч, который готовили верные Грачеву генералы.

Вечером 19 июня 1996 г. сотрудниками службы безопасности президента РФ были задержаны два старших помошника предвыборной команды Бориса Ельцина - Аркадий Евстафьев и Сергей Лисовский , организатор акции "Голосуй, или проиграешь!". Их обвинили в попытке без соответствующих документов вынести из правительственного здания полмиллиона долларов США, предназначавшихся на избирательную кампанию Ельцина. Сотрудники президентской охраны подвергли их одинадцатичасовому допросу. Инцидент получил широкую огласку благодаря телевидению. 20 июня Борис Ельцин освободил от занимаемых должностей первого заместителя председателя правительства Олега Сосковца, директора ФСБ Михаила Барсукова и начальника службы безопасности президента Александра Коржакова .

3 июля 1996 в ходе голосования во втором туре выборов президента РФ за кандидатуру Бориса Ельцина проголосовало 53,82% избирателей.

15 июля 1996 г. Борис Ельцин назначил Анатолия Чубайса главой администрации президента. 25 июля 1996 г. Борис Ельцин издал указ "О мерах по совершенствованию структуры администрации президента Российской Федерации". Был ликвидирован ряд главных управлений администрации - по вопросам конституционных гарантий граждан; государственной службы и кадров; внутренней и внешней политики; программно-аналитическое. Упразднена должность первого помощника президента (этот пост до последнего времени занимал Виктор Илюшин). Руководителю администрации президента было поручено Анатолию Чубайсу в двухмесячный срок провести реорганизацию аппарата, сократив его численность и упразднив дублирующие структуры. Чубайсу также была поручена координация деятельности помощников президента.

9 августа 1996 г. в Москве состоялась церемония инаугурации президента России, в ходе которой Борис Ельцин принес присягу и получил удостоверение об избрании президентом.

10 августа 1996 г. президент Борис Ельцин назначил секретаря Совета безопасности Александра Лебедя своим постоянным представителем в Чечне.

5 сентября 1996 г. Борис Ельцин согласился на проведение операции на сердце. До этого информация о болезни президента отрицалась пресс-службой и администрацией. Кардиохирург Ринат Акчурин заявил, что летом - между двумя турами выборов - Борис Ельцин перенес сердечный приступ. Об этом, по словам врача, свидетельствовали данные электрокардиограммы.

10 сентября 1996 г. Борис Ельцин подписал поручение руководителям силовых министерств и ведомств на период его отпуска все вопросы, требующие его решения, согласовывать с председателем правительства Виктором Черномырдиным, и поручил Черномырдину "при необходимости проводить заседания Совета обороны". 19 сентября Борис Ельцин подписал указ о временной передаче президентских полномочий Виктору Черномырдину в полном объеме, включая полномочия по контролю за стратегическими ядерными силами и тактическим ядерным оружием.

11 октября 1996 г. Борис Ельцин подписал указ "О временной чрезвычайной комиссии при президенте РФ по укреплению налоговой и бюджетной дисциплины". Среди задач комиссии - контроль за своевременностью и полнотой уплаты налогов, таможенных и других обязательных платежей, разработка мер по обеспечению взимания налогов в полном объеме, контроль за своевременным и целевым использованием средств федерального бюджета и государственных внебюджетных фондов.

18 октября 1996 г. Борис Ельцин отстранил Александра Лебедя от должности секретаря Совета безопасности и помощника президента по национальной безопасности.

5 ноября 1996 г. Борису Ельцину была проведена операция аорто- коронарного шунтирования. Накануне операции президент подписал указ, в котором возложил на председателя правительства Виктора Черномырдина временное исполнение обязанностей президента РФ. 6 ноября 1996 г. в 6 часов утра, после "выхода из наркоза", Борис Ельцин подписал указ "О прекращении временного исполнения обязанностей президента председателем правительства РФ Виктором Черномырдиным", которым признавались утратившими силу ранее выпущенные указ от 19 сентября 1996 г. "О временном исполнении обязанностей Президента РФ" и указ от 5 ноября 1996 года "О возложении на председателя правительства Виктора Черномырдина временного исполнения обязанностей Президента РФ".