Ведомства являются самостоятельными органами исполнительной власти и не могут входить в состав министерств и государственных комитетов. Они, за установленными исключениями, осуществляют свою деятельность под руководством Правительства Российской Федерации.

Среди ведомств имеются органы отраслевой, межотраслевой компетенции, по конкретным проблемам, имеющим значение для Российской Федерации в целом или её субъектов (например, космическое агентство). Среди них имеются коллегиальные и единоначальные органы.

Характерным для правового положения большинства федеральных органов исполнительной власти является то, что они находятся в ведении Правительства Российской Федерации (за исключением органов, подведомственных Президенту Российской Федерации по вопросам, закреплённым за ним Конституцией Российской Федерации, либо в соответствии с законодательными актами Российской Федерации).

В положениях о конкретных федеральных органах вопрос о подчинении их Президенту Российской Федерации решается по-разному. В одних случаях применяется вышеизложенная формулировка, в других устанавливается, что тот или иной орган подведомственен Президенту по вопросам, закреплённым за ним Конституцией Российской Федерации, и подчиняется Правительству Российской Федерации. Следует иметь в виду, что независимо от различий в формулировках во всех случаях, когда руководитель федерального органа входит в состав правительства, такой орган в той или иной степени ему подчиняется.

К федеральным органам исполнительной власти, подведомственным Президенту Российской Федерации по вопросам, закреплённым за ним Конституцией Российской Федерации, либо в соответствии с законодательными актами Российской Федерации относятся, например, министерства обороны, внутренних дел, иностранных дел, юстиции, Федеральная служба охраны Российской Федерации, Служба внешней разведки Российской Федерации, Федеральное агентство правительственной связи и информации, Федеральная пограничная служба Российской Федерации, Федеральная служба налоговой полиции Российской Федерации и др.

Таким образом, Президенту Российской Федерации напрямую подчинены в основном органы, представляющие атрибуты государства как политической организации, обладающей аппаратом принуждения.

Однако характер конституционных полномочий Президента таков, что в силу необходимости их осуществления в сфере его ведения оказываются другие федеральные органы исполнительной власти. Не оговорены также ограничения для законодательного решения этого вопроса. Формальность проступает особенно ярко при понимании того, что Президент Российской Федерации назначает и освобождает от должности руководителей этих органов.

Проблема в другом: прямое подчинение федеральных органов исполнительной власти Президенту Российской Федерации ограничивает полномочия Правительства Российской Федерации по руководству соответствующими органами, ослабляет его влияние на них и контроль их деятельности.

Руководители федеральных органов (министерств и др.) обладают рядом однородных полномочий в решении определённых вопросов. Они утверждают структуру и штатное расписание центрального аппарата данного органа; в пределах предоставленной компетенции назначают и освобождают работников; утверждают положения о структурных подразделениях органа и решают другие вопросы.

Руководители этих органов несут персональную ответственность за выполнение возложенных на возглавляемые ими органы задач и осуществление ими своих функций.

В зависимости от характера функций и полномочий федеральные органы исполнительной власти могут быть сведены с известным допуском условности в следующие группы:

a) Органы, осуществляющие руководство отраслями, либо их однородными комплексами;

b) Органы, осуществляющие межотраслевое регулирование и координацию;

c) Органы контроля и надзора, осуществляющие в пределах предоставленной им компетенции специализированные функции вневедомственного значения;

d) Органы по определённым общегосударственным социально-экономическим и иным проблемам;

e) Иные органы, выполняющие специфические по своему характеру функции.

Федеральные органы исполнительной власти функционируют в сфере:

a) Экономики. Это министерства топлива и энергетики; экономики; сельского хозяйства и продовольствия; природных ресурсов; торговли; Государственный земельный комитет; Федеральная служба лесного хозяйства; Федеральная служба по валютному и экспортному контролю; Федеральный горный и промышленный надзор и др.

b) Социально-культурной деятельности. Министерства общего и профессионального образования; культуры; науки и технологий; труда и социального развития; здравоохранения; Государственные комитеты по делам молодёжи; по кинематографии; по физической культуре и туризму; по печати; Федеральная служба по телевидению и радиовещанию и др.

c) Административно-политической деятельности. Министерства обороны; иностранных дел; внутренних дел; юстиции; региональной политики; по делам Содружества Независимых Государств; Федеральная пограничная служба; Служба внешней разведки; Федеральная служба налоговой полиции; Федеральная служба охраны Российской Федерации и др.

В настоящее время нет нормативно-правовых актов, которые бы устанавливали общие основы правового положения федеральных органов исполнительной власти.

Объём и характер их полномочий определяются особенностями порученных им отраслей и сфер деятельности.

Федеральные органы, действующие в экономической и социальной сферах, осуществляют общее руководство соответствующими отраслями.

Как правило, предприятия, учреждения и организации выведены из их прямого административного подчинения по вопросам их основной деятельности. В компетенцию федеральных органов исполнительной власти не входит всестороннее руководство этими объектами.

Главные функции федеральных органов — анализ состояния, прогнозирование и определение основных направлений развития профильных сфер и отраслей; создание более благоприятных условий для работы соответствующих предприятий, учреждений и организаций, в установленных случаях лицензирование их деятельности; получение и обработка информации по вопросам компетенции данного органа.

Федеральные, в том числе отраслевые, органы лишены права непосредственного распорядительства в отношении предприятий, учреждений и организаций. Свои функции они выполняют путём подготовки проектов решений, принимаемых Президентом или Правительством Российской Федерации, а также издания собственных нормативно-правовых актов. По строго определённым вопросам, требующим безотлагательного решения, отдельные Министерства наделяются распорядительными полномочиями. Например, Министерство путей сообщения по вопросам обеспечения безопасности движения; Министерство по атомной энергии — по вопросам, связанным с обеспечением эксплуатации соответствующих объектов и др.

Однако распорядительство во всех случаях исключает вмешательство федеральных органов, действующих в экономической и социальной сферах, в производственную и хозяйственно-финансовую деятельность предприятий, учреждений и организаций.