После событий 3 октября 1993 года, когда сторонники парламента и Александра Руцкого захватили мэрию и штурмовали "Останкино", а Е.Гайдар призвал безоружных граждан прийти защищать здание Моссовета, Явлинский не поддержал этой идеи, но потребовал решительного подавления мятежа.

Верховный Совет тогда, как известно, был распущен, и Явлинский участвовал в выборах в Государственную Думу 1993 года в качестве главы избирательного блока "Яблоко" (блок получил 7,86% голосов и 27 мест в Государственной Думе).

Явлинский участвовал в избирательной кампании 1995 года как лидер ЯБЛОКА (блок получил 6,89% голосов и 46 мест в Государственной Думе).

В 1996 году Явлинский был выдвинут кандидатом на пост Президента РФ от демократической оппозиции, набрал 7,4%

В 1993 г. Явлинский заявлял, что в России нельзя побороть инфляцию только путем ужесточения кредитно-фискальной политики. По его мнению, для этого были необходимы политическая стабилизация, институциональные преобразования основ российской экономики, изменение отношений партнеров внутри рублевой зоны и изменение организационного устройства финансовой системы. Выступал за осторожное проведение экономической политики. Суть его программ - развитие реформ при сохранении демократии.

Несмотря на то, что фракция ЯБЛОКО неоднократно выступала за отставку правительства Черномырдина, Явлинский - единственный из ведущих российских политиков приостановил критику деятельности его кабинета после отставки Черномырдина 23 марта 1998 года. Явлинский заявил, что требовал не просто отставки В.С.Черномырдина, а "изменения важных элементов экономической политики, внутренней политики страны". ЯБЛОКО — единственная фракция в Государственной Думе, ни один член которой не поддержал кандидатуру С.В.Кириенко на пост Председателя правительства РФ во всех трех голосованиях.

Роль Явлинского и его партии в перестройке

В 1989 году Явлинский приглашен на должность заведующего сводного экономического отдела Совета Министров СССР, когда Абалкин занял пост заместителя Председателя Совета Министров СССР.

Идеология экономического развития, отстаиваемая Явлинским, не получила поддержки у премьера Н.Рыжкова, и в окончательный вариант правительственной программы Рыжкова-Абалкина не вошла. В результате зимой-весной 1990 года Явлинский вместе с молодыми экономистами Алексеем Михайловым и Михаилом Задорновым разработали проект реформирования экономики СССР в рыночную под названием "400 дней доверия". В ней была расписана по дням программа последовательности действий Президента на соответствующий период.

Программа Явлинского-Задорного-Михайлова попала в чужие руки и под названием "500 дней" была предложена Б.Ельцину, тогда Председателю Верховного Совета РСФСР, как программа реформирования экономики России, а не всего СССР. После ознакомления с ней Ельцина и Председателя Сомина РСФСР Ивана Силаева, Явлинский назначается на пост заместителя Председателя Совмина РСФСР и председателем Государственной комиссии по экономической реформе с поручением продолжить работу над программой (реформы (по его собственному определению, это пост "заместителя царя по революциям"). Тогда же по инициативе Явлинского была достигнута договоренность между Горбачевым-Ельциным-Рыжковым-Силаевом о разработке совместных мер по проведению экономических реформ. Их подготовка была поручена Явлинскому и академику С.Шаталину.

К 1 сентября 1990 г. Программа "500 дней" и 20 проектов законов к ней были готовы, утверждены ВС РСФСР и представлены на рассмотрение Верховного Совета СССР. Программа вызвала сопротивление у Председателя министров Н.Рыжкова, который вышел с альтернативным проектом "Основные направления развития" и пригрозил своей отставкой.

Учитывая изменение позиции Михаилом Горбачевым, который в Верховном Совете СССР выступил за объединение программы Явлинского-Шаталина и Абалкина-Рыжкова (что, по мнению обеих сторон, было невозможно), Верховный Совет СССР отверг "500 дней". Из компромисса между "500 днями" и "Основными направлениями родилась программа Президента СССР, с которой Явлинский не мог согласиться.

Одновременно, российское правительство не выполнило взятых на себя обязательств: после утверждений "500 дней" и несмотря на то, что подавляющее большинство их руководителей поддержали программу, а некоторые республики даже приняли программу в своих Верховных Советах, несмотря на начавшие поступать рабочие планы действий, согласованных с основным курсом, не были выполнены основные условия программы.

Организационные условия: не были проведены изменения в организационной структуре управления экономикой, перераспределения экономической власти и полномочий от центра к республикам, не произведено обновления высшего экономического эшелона власти страны на основе компетентности, профессионализма и личной порядочности.

Экономические условия: не были созданы предпосылки для стабилизации финансового положения и предотвращения гиперинфляции, дальнейшего разрыва хозяйственных связей республик и падения уровня жизни. В частности, эта линия была заложена в повышении цен на зерно в июле 1990 года, а также тем, что дальнейшее административное повышение оптовых закупочных и розничных цен с компенсациями было объявлено за семь месяцев. (Правительство РСФСР значительно подняло закупочные цены на мясо. Это привело к тому, что Совет Министров СССР моментально отреагировал и принял соответствующее решение в масштабах всей страны. Явлинский отказался поставить свою визу постановлении о повышении закупочных цен на мясо, зерно и другую сельскохозяйственную продукцию, а также постановлении о всероссийской афере “Чеки - урожай-90”.)

К осени 1991 г. Правительство РСФСР приняло несколько популистских решений, которые исключали возможность исполнения "500 дней". За полтора месяца явочным порядком фактически развернулась реализация проекта Программы правительства СССР Рыжкова. На заседании ВС РСФСР 17 октября Явлинский заявил, что как курс перехода на рынок "500 дней" будет действовать все равно, однако "вход в рынок данном случае будет не через стабилизацию, а через усиливающуюся инфляцию" (стенограмма Совместного заседания Палаты представителей и палаты национальностей Верховного Совета РСФСР (17.10.1990).

Понимая невозможность осуществления экономической политики, для проведения которой был утвержден в должности, Явлинский в октябре подал в отставку и был освобожден от должности 31.12.1990 г. Впоследствии он подчеркивал, что осуществление "500 дней" позволило бы сохранить СССР.

Помимо работы над программой "500 дней" за три с половиной месяцев команда Явлинского подготовила первый закон о приватизации (закон “О порядке приобретения гражданами имущества у государства”) и весь пакет сопровождающих постановлений, впоследствии значительно ухудшенный Верховным Советом; разработана отвечающая времени структура правительства с несколькими новыми комитетами, например, Антимонопольным, по управлению государственным имуществом и т.д., полностью разработана техническая сторона постановления “Об акционерных обществах”, действующего до недавнего времени.