По­сле рас­па­да го­су­дар­ст­ва Те­му­ри­дов вся тер­ри­то­рия Сред­не­ази­ат­ско­го Дву­ре­чья бы­ла по­де­ле­на ме­ж­ду род­ст­вен­ны­ми уз­бек­ски­ми ди­на­стия­ми. Боль­шая его часть во­шла в со­став шай­ба­нид­ско­го го­су­дар­ст­ва ос­но­ван­но­го Му­хам­ма­дом Шай­ба­ни­ха­ном.

Наи­боль­ше­го рас­цве­та го­су­дар­ст­во Шай­ба­ни­дов дос­тиг­ло при Убай­дул­ле-ха­не (1534-1540) и осо­бен­но при Аб­дул­ле-ха­не II (1583-1598).

По­сле смер­ти Аб­дул­лы ха­на в стра­не на­ча­лась ожес­то­чен­ная фео­даль­ная и ди­на­сти­че­ская борь­ба, при­вед­шая к то­му, что здесь во­ца­ри­ла но­вая ди­на­стия Джа­ни­дов по име­ни ее ос­но­ва­те­ли Джа­ни Му­хам­ма­да.

Хо­резм, ни­зо­вья Сыр­да­рьи и часть со­вре­мен­но­го Турк­ме­ни­ста­на в это вре­мя управ­ля­лась дру­гой род­ст­вен­ной шай­ба­ни­дом ди­на­сти­ей, ос­но­ван­ной сул­та­ном Иль­бар­сом, ко­то­рый с 1511 г. ста­но­вит­ся пра­ви­те­лем это­го хан­ст­ва. С 1596г., ко­гда сто­ли­цей хан­ст­ва бы­ла про­воз­гла­ше­на Хи­ва, его ста­ли име­но­вать Хи­вин­ским хан­ст­вом. В кон­це XVII - пер­вой по­ло­ви­не XVIII в. стра­ны Сред­не­ази­ат­ско­го Дву­ре­чья ох­ва­тил тя­же­лый эко­но­ми­че­ский и по­ли­ти­че­ский кри­зис, усу­губ­лен­ный по­сто­ян­ны­ми внеш­ни­ми втор­же­ния­ми ко­че­вых пле­мен в ча­ст­но­сти кал­мы­ков из Джун­гар­ско­го хан­ст­ва и пер­сид­ско­го ша­ха На­ди­ра в 1740 г. В этих ус­ло­ви­ях час­то сме­няе­мые пра­ви­те­ли го­су­дарств фак­ти­че­ски пре­вра­ти­лись в под­став­ных ха­нов от име­ни ко­то­рых пра­ви­ли гла­вы раз­лич­ных уз­бек­ских пле­мен. В сре­ди­не XVIII в. даль­ней­шее обо­соб­ле­ние тер­ри­то­рий внут­ри Сред­не­ази­ат­ско­го Дву­ре­чья спо­соб­ст­во­ва­ли воз­ник­но­ве­нию но­вых го­су­дарств.

В Бу­ха­ре к вла­сти в 1747 г. при­хо­дит Му­хам­мад Ра­хим бай-амир пле­ме­ни ман­ги­тов, став­ший ос­но­ва­те­лем но­вой ди­на­стии Ман­ги­тов, управ­ляв­шей боль­шей ча­стью Сред­не­ази­ат­ско­го Дву­ре­чья. Со вре­ме­ни при­хо­да к вла­сти ами­ров из Ман­ги­тов, Бу­хар­ское хан­ст­во ста­ло ами­ра­том. Оно про­су­ще­ст­во­ва­ло вплоть до 1920 г. Бу­хар­ское ами­рат­ст­во наи­боль­ше­го сво­его мо­гу­ще­ст­ва дос­тиг­ла при ами­рах Шах­му­ра­де (1785-1800) и На­срул­ле (1826-1866) при ко­то­рых в со­став го­су­дар­ст­ва вхо­ди­ла боль­шая часть Сред­не­ази­ат­ско­го Дву­ре­чья, а так­же се­вер Аф­га­ни­ста­на с Бал­хом и часть Турк­ме­ни­ста­на.

В на­ча­ле XVIII в. Фер­га­на обо­соб­ля­ет­ся в от­дель­ное вла­де­ние, пер­вым пра­ви­те­лем ко­то­ро­го был Шах­рух-бий из уз­бек­ско­го пле­ме­ни минг. Один из пра­ви­те­лей это­го вла­де­ния Алам­бек в 1805 г. при­нял ти­тул - хан, и его го­су­дар­ст­во ста­ло на­зы­ва­ет­ся Ко­канд­ским хан­ст­вом по на­зва­нию его сто­ли­цы-го­ро­да Ко­кан­да. По­ми­мо Фер­га­ны в со­став это­го хан­ст­ва с 1808 г. во­шли Таш­кент и тер­ри­то­рии по Сыр­да­рьи. В 1864 г. рус­ски­ми вой­ска­ми был за­вое­ван Таш­кент, а за­тем Фер­га­на, в ре­зуль­та­те че­го ко­канд­ское хан­ст­во пре­кра­ти­ло свое су­ще­ст­во­ва­ние и во­шло в со­став Рос­сий­ской им­пе­рии.

В Хо­рез­ме в се­ре­ди­не XVIII в. к вла­сти при­шел амир дру­го­го уз­бек­ско­го пле­ме­ни кун­град-Му­хам­мад Амин (1763-1790). Его сын Эль­ту­зар в 1804 г. при­нял ти­тул хан и стал пер­вым ха­ном кун­град­ской ди­на­стии пра­вив­шей в хи­вин­ском хан­ст­ве вплоть до 1920 г.

Во вто­рой по­ло­ви­не XIX сто­ле­тия на тер­ри­то­рии ны­неш­не­го Уз­бе­ки­ста­на рас­по­ла­га­лись три хан­ст­ва: Ко­канд­ское, Хи­вин­ское и Бу­хар­ское.

В ре­зуль­та­те воо­ру­жен­но­го втор­же­ния сю­да Рос­сий­ских войск в 60-е го­ды Ко­канд­ское хан­ст­во бы­ло ли­к­ви­ди­ро­ва­но и об­ра­зо­ва­но Тур­ке­стан­ское ге­не­рал-гу­бер­на­тор­ст­во, а Бу­хар­ский эми­рат и Хи­вин­ское хан­ст­во по­лу­чи­ли ста­тус про­тек­то­ра­та, т.е. вас­саль­но­го го­су­дар­ст­ва с уре­зан­ной тер­ри­то­ри­ей и ог­ра­ни­чен­ным су­ве­ре­ни­те­том.

Про­цес­сы транс­фор­ма­ции но­вой на­цио­наль­ной ок­раи­ны в со­ста­ве Рос­сий­ско­го го­су­дар­ст­ва со­про­во­ж­да­лись про­ти­во­ре­чи­вы­ми по­след­ст­вия­ми. Часть из них но­си­ла объ­ек­тив­но зна­чи­мый ха­рак­тер. К при­ме­ру, под­чи­нив сред­не­ази­ат­ский ре­ги­он, цар­ская Рос­сия при­да­ла им­пульс за­клад­ке бо­лее вы­со­ко­го уров­ня про­мыш­лен­но­го и аг­рар­но­го про­из­вод­ст­ва, ста­нов­ле­нию но­во­го ти­па ры­ноч­ной эко­но­ми­ки, рос­ту го­ро­дов, раз­вер­ты­ва­нию про­цес­сов при­об­ще­ния на­се­ле­ния к дос­ти­же­ни­ям ев­ро­пей­ской куль­ту­ры. Но в це­лом не­га­тив­ные по­след­ст­вия на­мно­го пре­вы­ша­ли по­тен­ци­ал по­зи­тив­ных из­ме­не­ний.

Ут­ра­тив не­за­ви­си­мость, на­род по­те­рял воз­мож­ность са­мо­стоя­тель­но из­би­рать пу­ти ис­то­ри­че­ско­го раз­ви­тия, вы­ра­жать свою по­ли­ти­че­скую во­лю, раз­ру­ша­лась са­мо­быт­ная сред­не­ази­ат­ская ци­ви­ли­за­ция, ос­но­ван­ная на ве­ко­вых на­цио­наль­ных цен­но­стях, ты­ся­че­лет­ней уни­каль­ной куль­ту­ре.

Цар­ское пра­ви­тель­ст­во це­ли­ком пе­ре­да­ло ини­циа­ти­ву в ор­га­ни­за­ции ад­ми­ни­ст­ра­тив­но­го “уст­рой­ст­ва” Тур­ке­ста­на пред­ста­ви­те­лем во­ен­но­го ко­ман­до­ва­ния. Пи­ра­ми­да крае­вой вла­сти вос­хо­ди­ла к ге­не­рал-гу­бер­на­то­ру, в ру­ках ко­то­ро­го со­сре­до­та­чи­ва­лось все во­ен­ное и гра­ж­дан­ское управ­ле­ние.

Важ­ней­шей за­да­чей ко­ло­ни­аль­ной по­ли­ти­ки в эко­но­ми­че­ской сфе­ре яв­ля­лось пре­вра­ще­ние ре­гио­на в хлоп­ко­вую ба­зу рос­сий­ской про­мыш­лен­но­сти.

Хлоп­ко­вод­ст­во, име­ло для мет­ро­по­лии стра­те­ги­че­ское зна­че­ние, по­это­му ко­ло­ни­аль­ная ад­ми­ни­ст­ра­ция пред­при­ни­ма­ла ак­тив­ные ме­ры по рас­ши­ре­нию по­се­вов хлоп­чат­ни­ка. Уже с 1889 по 1911 гг. по все­му Тур­ке­стан­ско­му краю по­сев­ная пло­щадь под хлоп­ком воз­рос­ла в 7 раз.

Тур­ке­стан сыг­рал оп­ре­де­лен­ную роль в ос­во­бо­ж­де­нии цар­ской Рос­сии от хлоп­ко­вой за­ви­си­мо­сти. К 1915 г. до­ля об­ще­рос­сий­ско­го по­треб­ле­ния тур­ке­стан­ско­го хлоп­ка дос­тиг­ла поч­ти 70 %.

Это обу­сло­ви­ло ак­тив­ное вы­тес­не­ние зер­но­вых и кор­мо­вых куль­тур. В ре­зуль­та­те за­ро­ди­лись опас­ные про­цес­сы про­до­воль­ст­вен­ной за­ви­си­мо­сти от мет­ро­по­лии.

В крае соз­да­ва­лись те от­рас­ли про­мыш­лен­но­го про­из­вод­ст­ва, ко­то­рые бы­ли свя­за­ны с пер­вич­ной об­ра­бот­кой ме­ст­но­го сы­рья, не­об­хо­ди­мой для то­го, что­бы сде­лать его при­год­ным для пе­ре­воз­ки. Глав­ным об­ра­зом хлоп­ка. Ес­ли в 1873 г. ра­бо­тал 1 хлоп­ко­вый за­вод, то в 1916 г. - уже 350.

На­ча­ло раз­ви­тия по­лу­чи­ли ка­мен­но­уголь­ная, неф­тя­ная, озо­ке­ри­то­вая про­мыш­лен­но­сти и до­бы­ча цвет­ных ме­тал­лов.

Ко­ло­ни­за­ци­он­ным за­да­чам бы­ло под­чи­не­но и строи­тель­ст­во же­лез­ных до­рог. Их со­ору­жа­ли с це­ля­ми обес­пе­че­ния обо­ро­ны, под­го­тов­ки к даль­ней­шей воз­мож­ной экс­пан­сии ца­риз­ма, пе­ре­бро­ски войск для по­дав­ле­ния вос­ста­ний, удов­ле­тво­ре­ния эко­но­ми­че­ских ин­те­ре­сов рус­ской бур­жуа­зии.

Важ­ную по­ли­ти­че­скую и эко­но­ми­че­скую роль иг­ра­ла пе­ре­се­лен­че­ская по­ли­ти­ка ца­риз­ма. Она бы­ла при­зва­на за­кре­пить по­зи­ции Рос­сии в ре­гио­не, соз­дать проч­ную со­ци­аль­ную опо­ру им­пер­ско­му ре­жи­му. В ос­нов­ном пе­ре­се­ля­лись кре­сть­я­не рус­ских де­ре­вень.