Отраслью рыночной специализации в районе является гидроэнергетика. Гидроэлектростанции Ангаро-Енисейского каскада — Братская (4,5 млн кВт), Усть Илимская (4,3 млн кВт) — Красноярская (6 млн кВт), Саяно-Шушенская (6,4 млн кВт) относятся к крупнейшим в стране и мире. Строится Богучанская ГЭС, спроектирована Среднеенисейская ГЭС. Гидроэнергетические мощности в Восточной Сибири намного превышают теплоэнергетические, что делает энергосистему нестабильной в маловодные годы. В западносибирской части СФО резко преобладает тепловая энергетика, использующая угольные ресурсы и природный газ Обь-Иртышья.

Черная металлургия имеет также общероссийское значение. Здесь работают крупнейшие в России Западно-Сибирский и Кузнецкий металлургические комбинаты, выпускающие чугун, сталь и прокат. Западно- Сибирский завод является монополистом в производстве железнодорожных рельсов. Металлургия неполного цикла представлена Гурьевским передельным и Новосибирским листопрокатным заводами, в Восточной Сибири — передельными заводами в Красноярске и Петровск-Забайкальском, выплавкой стали на машиностроительных заводах.

В Сибирском федеральном округе развита цветная металлургия. Разрабатываются богатейшие запасы медно-никелевых, свинцово-цинковых, вольфрамо-молибденовых, оловянных, кобальтовых руд, добывается золото.

Большое значение в районе как отрасль рыночной специализации имеет производство алюминия. Выпуск глинозема на базе Кия-Шалтырского месторождения нефелинов осуществляет Ачинский комбинат, он обеспечивает 20% потребностей сибирских заводов в глиноземе. Глинозем для производства алюминия поступает на заводы и из других районов страны, и даже из-за рубежа. Производство металлического алюминия располагается вблизи гидростанций Ангаро-Енисейского каскада, поставляющих дешевую электроэнергию. Это крупнейшие в мире заводы по производству первичного алюминия - Красноярский, Братский, Саянский, Иркутский. Они в основном используют привозной глинозем. В Саяногорске расположен завод по производству алюминиевой фольги. Металлический алюминий Восточной Сибири отличается очень высоким качеством и самой низкой себестоимостью производства в России. Алюминиевый завод, использующий новые технологии, также работает в Новокузнецке, алюминиевый прокат выпускается на Красноярском металлургическом заводе.

Полиметаллическая промышленность представлена в основном добычей и обогащением свинцово-цинковых руд. Металлический цинк в небольших объемах производится в Белове (Кемеровская область). Добыча руд и производство концентратов осуществляется на Алтайском (Алтайский край), Салаирском (Кемеровская область), Горевском (Красноярский край) горно-обогатительных комбинатах, Нерчинском (Читинская обл.) полиметаллическом комбинате.

Оловорудная промышленность представлена в Сибирском округе Шерловогорским (Читинская обл.) ГОКом, дающим 6% оловянного концентрата. Металлическое олово (примерно 80% общероссийского производства) выпускает Новосибирский оловокомбинат, использующий в основном дальневосточные концентраты.

В Хакасии и Читинской области производится примерно 80% молибденового концентрата страны, а Бурятия и Читинская область производят 20% вольфрамового концентрата.

Добыча и переработка медно-никелевых и платиносодержащих руд ведется на уникальном комплексе Норильского горнометаллургического комбината, а также на Надеждинском металлургическом комбинате (Красноярский край), использующих энергетическую базу Усть-Хантайской ГЭС, газа Мессояхского месторождения и местных углей. Острой проблемой цветной металлургии Сибири является несбалансированность производства продукции по технологическим цепочкам. Например, выпуск глинозема для производства алюминия — только 29% общероссийского производства, выпуск первичного алюминия — 84, а алюминиевого проката — 9, добыча товарных свинцово-цинковых руд — около 60, из них производится: концентратов свинца — 32 и цинка — 14, а металлического цинка — только 5%.

Цветная металлургия Сибири слабо ориентирована на обеспечение внутри региональных потребностей, а в основном работает на вывоз в районы Урала, европейского Севера, Центральной России и на экспорт. В настоящее время многие металлургические предприятия, и в первую очередь экспортоориентированные (алюминиевые заводы, Норильский медно-никелевый комбинат), успешно функционируют в условиях рынка, в то время как рудники и ГОКи оказались в крайне тяжелом положении. Их продукция значительно (в 2—2,5 раза) уступает продукции других стран по содержанию полезного компонента (свинца, цинка, вольфрама, молибдена) в руде. Кроме того, они лишились традиционной поддержки из госбюджета. Как правило, эти предприятия характеризуются высоким износом техники, высокой себестоимостью производства. Сократился и внутренний спрос в связи с экономическим кризисом. Для решения проблем отрасли необходимо создание вертикально интегрированных структур, которые уже начали создаваться в стране, например Сибирско-Уральская алюминиевая компания. Лесопромышленный комплекс (ЛПК) Сибирского федерального округа имеет межрайонное значение. Здесь широко представлены все основные под отрасли: лесозаготовка, деревообработка, целлюлозно-бумажная и лесохимия. Лесная промышленность имеет богатую как по объему, так и по качеству сырьевую базу на большей части территории, но лесозаготовка ведется в основном вдоль рек и железнодорожных магистралей. Расчетная лесосека при этом используется на 10—20%, в отличие от европейских районов, где этот показатель равен 50—60% и более.

В западно-сибирской части федерального округа масштабом лесозаготовок выделяются Томская, Кемеровская области, Алтайский край. Лесопромышленными центрами являются Томск, Асино, Новосибирск, Омск, Барнаул, Бийск. В Восточной Сибири особенно велики объемы производства лесопромышленного комплекса, она дает 22% вывозки древесины и производства пиломатериалов России. Крупные ЛПК построены в Братске, Усть-Илимске, Лесосибирске, Енисейске. Во многих промышленных центрах региона имеются деревоперерабатывающие комбинаты. В Красноярске, Иркутске, Ачинске и Назарове производят мебель, в Усолье-Сибирском — спички. Центры целлюлознобумажной промышленности — Красноярск, Братск, Байкальск, Селенгинск, УстьИлимск. Необходимо отметить отсутствие целлюлозно-бумажной промышленности в западно-сибирской части региона. Одно из направлений лесохимии — производство этилового спирта для выработки искусственного каучука и последующего производства шин получило значительное развитие в округе; комплекс производств расположен в Красноярске, Томске.

В целом наблюдается диспропорция в функциональной структуре лесопромышленного комплекса: 80% продукции приходится на лесозаготовки, «верхние этажи» развиты слабо, поэтому производства бумаги, мебели в структуре комплекса ничтожно малы, основная часть леса вывозится в необработанном виде. Отраслевая схема развития ЛПК, рассчитанная на период до 2005 г., предусматривает опережающий рост производства картона, бумаги и целлюлозы и рационализацию его структуры. За годы экономического кризиса произошло резкое сокращение объемов лесозаготовок (в 3 раза в Красноярском крае, Иркутской области, в 10 раз в Бурятии, Туве), что связано с сокращением платежеспособного спроса как внутри страны, так и со стороны стран ближнего зарубежья, стремительным ростом транспортных тарифов, стоимости оборудования, транспортных средств, энергии. В отрасли очень высок износ основных фондов. В связи с дроблением отрасли в процессе разгосударствления собственности мелкие предприятия не справляются с производственно-финансовыми проблемами, для решения которых у них не хватает ресурсов. Остро в регионе стоит проблема рационального использования лесных ресурсов, внедрения малоотходных и безотходных технологий, огромны потери от пожаров, площадь которых временами достигает 2,5 млн км2, слабо ведется борьба с лесными вредителями. Из-за широкого использования долгосрочной аренды в регионе не проводятся работы по лесовосстановлению.