Вос­ста­ние но­сив­ших крас­ные оде­ж­ды хур­ра­ми­тов в на­ча­ле IX ве­ка за ос­во­бо­ж­де­ние из-под гне­та араб­ских и ме­ст­ных фео­да­лов, воз­глав­лен­ное сна­ча­ла Джа­ви­да­ном, а за­тем ле­ген­дар­ным Ба­бе­ком, силь­но ос­ла­би­ло ха­ли­фат. Об­ра­зо­ва­лись не­за­ви­си­мые от ха­ли­фа­та го­су­дар­ст­ва - шир­ван­ша­хов Мазь­я­ди­дов, Са­ла­ри­дов, Сад­жи­дов, Ше­дад­ди­дов, Рав­ва­ди­дов. Эти го­су­дар­ст­ва ве­ли час­тые меж­до­усоб­ные вой­ны.

Во вто­рой чет­вер­ти XI в. тюр­коя­зыч­ные пле­ме­на на­ча­ли про­ни­кать на тер­ри­то­рию Азер­бай­джа­на из Сред­ней Азии че­рез Иран с юго-вос­то­ка. Пер­вы­ми сре­ди них бы­ли тюр­ки-сель­джу­ки (огу­зы). Огу­зы-сель­джу­ки в XI в. ов­ла­де­ли За­кав­казь­ем, раз­би­ли ви­зан­тий­цев и соз­да­ли им­пе­рию от Сред­ней Азии до Ма­лой Азии, ко­то­рой пра­ви­ли сул­та­ны.

Сул­тан Ма­суд (1133-1152 гг.) при сво­ем дво­ре имел ку­п­лен­но­го ра­ба-кип­ча­ка (по­лов­ца) Иль­де­ги­за - че­ло­ве­ка, ода­рен­но­го и умом, и во­ен­ным та­лан­том. Ма­суд вы­дал за не­го свою ов­до­вев­шую не­вест­ку, же­ну по­кой­но­го бра­та, а в 40-х го­дах XII ве­ка по­слал Иль­де­ги­за управ­лять Азер­бай­джа­ном и Ар­ра­ном. Эта об­ласть сде­ла­лась уде­лом са­мо­го Иль­де­ги­за до 1175 г., по­том уде­лом его де­тей и вну­ков. Сул­тан же стал здесь ли­цом, лишь фор­маль­но ис­пол­няв­шим роль гла­вы го­су­дар­ст­ва. Иль­де­гиз, в ча­ст­но­сти, раз­бил гру­зин и пре­кра­тил их по­пыт­ки про­рвать­ся на юг и к Кас­пию. Го­су­дар­ст­во ата­бе­ков-иль­де­ги­зи­дов спо­соб­ст­во­ва­ло "ре­нес­сан­су" азер­бай­джан­ской куль­ту­ры. Про­сла­вил се­бя зод­чий XII ве­ка Ад­же­ми На­хчы­ва­ни. В 1175 г. умер­ла же­на Иль­де­ги­за Мо­ми­не-Ха­тун, а че­рез ме­сяц и сам Иль­де­гиз. Ад­же­ми соз­дал мав­зо­лей Мо­ми­не-Ха­тун - ше­девр на­хчы­ван­ской ар­хи­тек­тур­ной шко­лы. Ата­бе­ка­ми бы­ли так­же сын Иль­де­ги­за Джа­хан Пех­ле­ван, бра­тья Джа­ха­на - Кы­зыл-Арс­лан, Абу Бекр и Уз­бек (1210-1225 гг.). Го­су­дар­ст­во иль­де­ги­зи­дов про­су­ще­ст­во­ва­ло до та­та­ро-мон­голь­ско­го на­ше­ст­вия.

Еще осе­нью 1220 го­да мон­го­лы вторг­лись в пре­де­лы Ира­на и Азер­бай­джа­на, дош­ли до Теб­ри­за, а за­тем в 1221 г. ов­ла­де­ли Ма­ра­гой, Ар­де­би­лем, Бай­ла­ка­ном, Ше­ма­хой, дош­ли до Гянд­жи и Дер­бен­та. Втор­же­ние со­про­во­ж­да­лось страш­ны­ми по­след­ст­вия­ми, ра­зо­ре­ния­ми, по­жа­ра­ми, ги­бе­лью жи­те­лей. В 1227-1228 гг. со­сто­ял­ся вто­рой по­ход мон­го­лов на юго-за­пад, и в 1235-1236 гг. вой­ско Джор­ма­гу­на про­шло че­рез Гянд­жу, Шам­кур, Та­вуз. В 1258 г. Ху­ла­гу-хан за­нял Ба­гдад и по­ло­жил ко­нец Ба­гдад­ско­му Ха­ли­фа­ту. Го­су­дар­ст­во Ху­ла­гуи­дов (Иль­ха­нов) про­су­ще­ст­во­ва­ло сто лет (1256-1355 гг.).

Еще при Ар­гун-ха­не Ху­ла­гуи­де (1284-1291 гг.) из Сред­ней Азии в Иран при­шли тюр­коя­зыч­ные пле­ме­на ка­ра- и ак-ко­юн­лу, по­лу­чив­шие свое на­зва­ние от чер­но­го и бе­ло­го ба­ра­на, изо­бра­жен­но­го на их зна­ме­нах. По­сле смер­ти Ти­му­ра (Та­мер­ла­на) эти пле­ме­на вновь ока­за­лись в Азер­бай­джа­не и, одер­жав по­бе­ду над ти­му­ри­да­ми, по­ло­жи­ли на­ча­ло сме­няв­шим друг дру­га го­су­дар­ст­вам Ка­ра-Ко­юн­лу (1410-1468 гг., сто­ли­ца Теб­риз) и Ак-Ко­юн­лу (1468-1500 гг.)

Ос­но­ва­те­лем го­су­дар­ст­ва Се­фе­ви­дов был шах Ис­ма­ил Се­фе­ви (род. 1487, прав­ле­ние 1501-1524 гг.). Опи­ра­ясь на тюр­коя­зыч­ные ко­че­вые пле­ме­на кы­зыл­ба­шей, осе­нью 1500 г. Ис­ма­ил за­нял Ше­ма­ху, под­сту­пил к Ба­ку. В на­ча­ле вес­ны 1501 г. пу­тем под­ко­па кы­зыл­ба­шам уда­лось про­ник­нуть в Ба­кин­скую кре­пость. Ов­ла­дев го­ро­дом Ба­ку, Ис­ма­ил дви­нул­ся в На­хчы­ван, раз­бил си­лы Аль­вен­да Ак-Ко­юн­лу, по­лу­чив в ру­ки весь Юж­ный Азер­бай­джан с На­хчы­ван­ским кра­ем и Ка­ра­ба­хом. В 1503 г. Ис­ма­ил по­бе­дил в бит­ве близ Ха­ма­да­на и по­ло­жил ко­нец го­су­дар­ст­ву Ак-Ко­юн­лу. За не­сколь­ко лет он за­вла­дел не толь­ко Азер­бай­джа­ном, но и Ира­ком (1508 г.) и Хо­ра­са­ном. За 14 лет Ис­ма­ил за­вое­вал 14 про­вин­ций. В 1524 г. по­сле кон­чи­ны Ис­маи­ла к вла­сти при­шел его 10-лет­ний сын Тах­масп (1524-1576 гг.). В 1551 г. Тах­масп вклю­чил Ше­ки в со­став Се­фе­вид­ско­го го­су­дар­ст­ва. К се­ре­ди­не XVI ве­ка все зем­ли Азер­бай­джа­на впер­вые бы­ли объ­е­ди­не­ны в со­ста­ве еди­ной дер­жа­вы азер­бай­джан­ско­го го­су­дар­ст­ва Се­фе­ви­дов.

По­сле смер­ти Тах­мас­па во гла­ве го­су­дар­ст­ва стал один из его 9 сы­но­вей - Му­хам­мед Ху­дад­бен­де (1577-1587 гг.), но пра­ви­ла в го­су­дар­ст­ве его же­на Мах­ди Улья, дочь пра­ви­те­ля иран­ской про­вин­ции Ма­зен­де­ран. Она от­стра­ня­ла от го­су­дар­ст­вен­ных дел азер­бай­джан­ских (тюр­ко-кы­зыл­баш­ских) эми­ров. Эми­ры уби­ли Мах­ди Улья, мать бу­ду­ще­го ша­ха Аб­ба­са I (1587-1629 гг.). Всту­пив на пре­стол, шах Аб­бас I в от­ме­ст­ку за убий­ст­во ма­те­ри ве­лел пе­ре­бить пред­во­ди­те­лей кы­зыл­баш­ских пле­мен, пе­ре­нес сто­ли­цу в Ис­фа­хан (1598 г.), вслед­ст­вие че­го Се­фе­вид­ское го­су­дар­ст­во пе­ре­ро­ди­лось в Иран­ское го­су­дар­ст­во. На за­па­де Се­фе­вид­ско­го го­су­дар­ст­ва шли дли­тель­ные вой­ны ме­ж­ду Се­фе­ви­да­ми и тур­ка­ми-ос­ма­на­ми (1514-1639 гг.). Два­ж­ды - в 1534-1536 гг. и в 1578-1601 гг. поч­ти весь Азер­бай­джан был ок­ку­пи­ро­ван вой­ска­ми Тур­ции, ис­тре­бив­ши­ми мно­го на­ро­да и мно­гих пе­ре­се­лив­ши­ми во внут­рен­ние об­лас­ти Ира­на. Бы­ли опус­то­ше­ны Теб­риз, Хой, Сал­мас и Ур­мия, го­ро­да, ко­то­рые по­ки­ну­ло боль­шин­ст­во жи­те­лей.

Шах Аб­бас I в 1605 г. пе­ре­се­лил жи­те­лей На­хчы­ва­ни в Юж­ный Азер­бай­джан, а жи­те­лей Джуль­фы - в Ис­фа­хан. На пу­ти от Сал­ма­са до Теб­ри­за бы­ло вы­жже­но все. В 1607 г. Шах Аб­бас I пре­вра­тил в руи­ны Ше­ма­ху, вы­се­лил мно­го на­ро­ду из Гянд­жи и Ар­де­би­ля. В хо­де вой­ны Се­фе­вид­ско­го Ира­на с сул­тан­ской Тур­ци­ей в 1616-1639 гг. раз­ру­ша­лись азер­бай­джан­ские го­ро­да. В 30-х го­дах XVII ве­ка тур­ки ра­зо­ри­ли На­хчы­ван. В на­ча­ле XVII ве­ка воз­ни­ка­ют мощ­ные ан­ти­фео­даль­ные вы­сту­п­ле­ния кре­сть­ян ("дже­ла­ли"). Сре­ди имен 23 во­ж­дей от­ря­дов упо­ми­на­ет­ся и Ке­рог­лы (Ров­шан), ге­рой на­род­но­го эпо­са XVII ве­ка. В 1638 г. был за­клю­чен мир ме­ж­ду Ира­ном и Тур­ци­ей, ко­то­рый про­длил­ся 80 лет до 1723 г. Весь XVII век Азер­бай­джан ос­та­вал­ся под вла­стью Ира­на. С кон­ца XVII ве­ка на­чал­ся упа­док эко­но­ми­ки Ира­на, и власть над ок­раи­на­ми на­чи­на­ет сла­беть. В на­ча­ле XVIII ве­ка об­ра­зу­ет­ся Ку­бин­ское хан­ст­во. В 1722 г. рус­ский царь Петр I взял Дер­бент, а в 1723 г. ге­не­рал Ма­тюш­кин взял Ба­ку, раз­ру­шив строе­ния Двор­ца Шир­ван­ша­хов, и в Пе­тер­бур­ге по­сол Ира­на под­пи­сал до­го­вор о пе­ре­да­че Рос­сии при­кас­пий­ских зе­мель Азер­бай­джа­на и Ира­на. По до­го­во­ру Тур­ции и Рос­сии (Стам­буль­ский мир, 1724 г.) Азер­бай­джан, кро­ме при­кас­пий­ских зе­мель, ото­шел к Тур­ции. Борь­бу Ира­на с Тур­ци­ей во­зоб­но­вил пол­ко­во­дец На­дир. Он из­гнал из Ира­на аф­ган­цев, а из ря­да го­ро­дов и ту­рок. От­бив в 1734 го­ду у ту­рок Гянд­жу, На­дир под­пи­сал с Рос­си­ей до­го­вор, по ко­то­ро­му рус­ские от­да­ва­ли Ира­ну при­кас­пий­ские зем­ли. В 1736 го­ду На­дир про­воз­гла­сил се­бя ша­хом. Он об­ло­жил Азер­бай­джан тя­же­лы­ми на­ло­га­ми и по­вин­но­стя­ми. Вспы­хи­ва­ют вос­ста­ния про­тив иран­ско­го гне­та. Наи­бо­лее ус­пеш­ным бы­ло вос­ста­ние в Ше­ки (1743-1744 гг.). На­дир-шах не смог взять кре­пость "Ге­ле­сен-ге­ре­сен" ("При­дешь - уви­дишь"). В мае 1747 На­дир-шах был убит за­го­вор­щи­ка­ми, и его го­су­дар­ст­во ста­ло рас­па­дать­ся. Об­ра­зу­ют­ся не­за­ви­си­мые азер­бай­джан­ские хан­ст­ва. На се­ве­ре вы­де­ля­лось Ку­бин­ское хан­ст­во во гла­ве с Фа­та­ли-ха­ном, на се­ве­ро-за­па­де - Ше­кин­ское хан­ст­во, в го­рах Ма­ло­го Кав­ка­за - Ка­ра­бах­ское хан­ст­во, где ви­зи­рем был муд­рый по­эт Ва­гиф. В се­ре­ди­не 90-х го­дов XVIII ве­ка иран­ский хан Ка­ж­дар, за­хва­тив юж­ную часть Азер­бай­джа­на и про­вин­ции Ира­на, в 1795 г. ра­зо­рил Та­лыш­ское, На­хчы­ван­ское и Эри­ван­ское хан­ст­во, вторг­ся в Ка­ра­бах. Рос­сия так­же втор­га­ет­ся в За­кав­ка­зье.