Свой вклад в развитие железнодорожных магистралей Сахалина внесли ученые ведомственных научно-исследовательских институтов системы МПС СССР и железнодорожных вузов страны. В 60-80-е годы сахалинские железнодорожники решали многие сложные технические вопросы совместно с учеными и специалистами Всесоюзного научно-исследовательского института железнодорожного транспорта (ВНИИЖТ), Московского, Новосибирского, Хабаровского институтов инженеров железнодорожного транспорта. Неоднократно проводились опытные поездки с участием специалистов дороги и сотрудников ВНИИЖТа, ХабИИЖТа и других. Их рекомендации по совершенствованию деятельности Южно-Сахалинского отделения ДВЖД учитывали его территориальную обособленность, своеобразие природно-климатических условий, специфику технической, технологической и эксплуатационной деятельности. Внедрение научных рекомендаций давало на практике положительные экономические результаты, способствовало повышению безопасности движения.

Только в первой половине 70-х годов институтами были разработаны и рекомендованы для внедрения на сахалинских линиях 12 работ. Среди них: исследование динамических характеристик автомотрис колеи 1067 мм, изучение эксплуатационной надежности гидравлической передачи тепловоза ТГ16, рекомендации по защите и укреплению земляного полотна, застройке лавиноопасных склонов и другие. С 1971 по 1975 год на Южно-Сахалинском отделении ДВЖД по плану внедрения новой техники и технологии было реализовано 80 научно-технических разработок, давших экономический эффект в 998 тысяч рублей.

Разработкой актуальных научно-технических проблем, связанных с особенностями эксплуатации железных дорог острова, занимались специалисты Южно-Сахалинского отделения ДВЖД. В 1971 году после окончания Новосибирского института инженеров железнодорожного транспорта прибыл на Сахалин А.Б.Васильев, начавший здесь свою трудовую деятельность в должности старшего инженера лавинообвальной группы Южно-Сахалинской дистанции пути.

Исполнение своих прямых обязанностей молодой инженер сочетал с изучением опыта организации лавинной службы, вопросов оперативного прогнозирования лавинной опасности и борьбы с этим природным явлением на железнодорожных линиях Сахалина и Дальнего Востока. В 1979 году А.Б.Васильев защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата технических наук, посвященную проблемам разработки профилактических методов защиты пути от снежных лавин на железных дорогах Дальнего Востока. Полученные им результаты нашли практическое применение в техно-рабочих проектах по застройке лавиноопасных участков, а также в "Технических указаниях по проектированию застройки лавиноопасных склонов на Сахалинском отделении Дальневосточной железной дороги", утвержденных начальником ДВЖД в 1977 году.

В 70-80-е годы Анатолий Борисович Васильев занимал ряд инженерных и руководящих должностей, работал начальником Южно-Сахалинского отделения ДВЖД, с 1992 года – начальником Сахалинской железной дороги. За эти годы он досконально освоил проблемы транспортного хозяйства, стал опытным руководителем и организатором. Летом 1995 года он назначен начальником Забайкальской железной дороги.

За выполнение и внедрение комплексных научных исследований, проектно-конструкторских и технологических работ по важнейшим направлениям развития народного хозяйства и его отраслей большая группа железнодорожников была удостоена премии Совета Министров СССР 1984 года. В числе лауреатов – начальник Сахалинского отделения ДВЖД В.Г.Пономаренко, начальник отдела Южно-Сахалинского ТВРЗ А.И.Александров, заместитель начальника Южно-Сахалинского вагонного участка В.С.Антишин, дорожные мастера путевой машинной станции №204 А.Н.Рыкунов и И.Я.Самарец.

С созданием паромной переправы Ванино – Холмск роль сахалинской магистрали в системе транспортно-экономических связей Дальнего Востока заметно возросла. Более основательно проблемами сахалинских железнодорожников стало заниматься руководство МПС СССР. В 1980 году на Сахалине побывал министр путей сообщения СССР И.Г.Павловский, который ознакомился с работой дороги, ее особенностями, оказал определенную помощь в решении некоторых вопросов развития материально-технической базы.

Вместе с тем, многие проблемы оставались без внимания. Одна из них – существовавшая в тот период структура управления сахалинской магистралью.

Дело в том, что еще в 1963 году Южно-Сахалинская железная дорога стала отделением ДВЖД и непосредственно подчинялась Хабаровску. Начальник Южно-Сахалинского отделения (с 1977 года – Сахалинского отделения) являлся по должности заместителем начальника ДВЖД. Тогда это сделали с целью использования опыта хозяйственного руководства и технических возможностей более крупной дороги, ускорения развития островной магистрали. С момента этой реорганизации к 1980 году грузооборот на Сахалинском отделении ДВЖД увеличился в 2,3 раза, а производительность труда возросла в 2,5 раза. Сыграв определенную положительную роль в период становления и реконструкции железнодорожного транспорта области, эта структура со временем стала тормозом его дальнейшего развития. Жизнь показала, что обособленное географическое положение, специфика технических средств и подвижного состава требуют более совершенного и оперативного руководства деятельностью островной магистрали, индивидуального подхода к решению ее потребностей и перспектив развития.

Поэтому в мае 1980 года первый секретарь Сахалинского обкома КПСС П.И.Третьяков направил министру путей сообщения И.Г.Павловскому записку, в которой говорилось: " .Управление Дальневосточной железной дороги, находясь в отрыве от Сахалинского отделения, не в состоянии обеспечить повседневное оперативное руководство этим хозяйством. Специалисты управления редко бывают на Сахалине, плохо знают положение дел и не оказывают действенной помощи в улучшении работы отделения. Решая вопросы перспективного развития Дальневосточной железной дороги в целом, управление ДВЖД слабо учитывает специфику развития железнодорожного транспорта на Сахалине. В результате этого за последние годы значительно замедлилось техническое оснащение отделения, усложнилось решение вопросов материально-технического снабжения, сократилось выделение средств на капитальный ремонт пути, здании и сооружении, на строительство жилья и осуществление противообвальных мероприятий. Многие из этих вопросов Сахалинское отделение дороги решает лишь обращаясь непосредственно в Министерство путей сообщения". В связи с этим обком партии просил рассмотреть вопрос о выделении Сахалинского отделения ДВЖД в самостоятельную Сахалинскую железную дорогу.

К сожалению, в тот период это разумное и своевременное предложение не получило поддержки в МПС СССР. В последующие 10-12 лет этот вопрос также не раз поднимался руководством Сахалинского отделения ДВЖД, поскольку Действовавшая структура управления явно устарела и негативно сказывалась на многих сторонах деятельности железнодорожников острова.

В 1990 году с деятельностью Южно-Сахалинского отделения ДВЖД ознакомился министр путей сообщения СССР Н.С.Конарев, который дал высокую оценку работе тружеников дороги, определил конкретные проблемы, которые необходимо решить коллективу в будущем.