В становлении ислама в данном регионе большую роль сыграли две школы – Деобандская и Барелвийская (по наименованию центров в Индии, в которых они зародились и где продолжают функционировать поныне). Обе, с различными вариациями, являлись отражением традиционалистского направления в религии. При этом традиционалистские взгляды все больше смещались в область фундаментализма. Известный богослов и мыслитель Джамаль эд-Дин аль-Афгани был одним из активнейших проповедников идей панисламизма, которые оказали глубокое воздействие на индийскую мусульманскую общину. Параллельно возникали течения ваххабитского толка, выступавшие за "чистоту ислама".

Формирование государства Пакистан проходило при заметном влиянии Абдуллы Абу-ль-Аала Маудуди (1903–1979 гг.), которого с полным основанием можно рассматривать в качестве основоположника современного исламского фундаментализма в Центральной Азии. В фундаменталистском государстве, считал он, "суверенитет должен принадлежать одному Аллаху и претворяться в жизнь по его поручению справедливым правителем, который должен следовать Божьим законам во всем их разнообразии. Это идеологическое государство будет управляться во имя Аллаха исключительно мусульманами, вся жизнь которых посвящена соблюдению и внедрению исламского законодательства. Исламское государство будет антитезой светской западной демократии". Также он считал, что: "Ислам является революционной доктриной и системой, которая свергает правительства. Ислам стремится к господству над миром. Он не удовлетворяется кусочком Земли, но претендует на всю Вселенную. Исламская партия не поколеблется использовать инструменты войны для достижения своих целей". Также можно привести цитату из его труда – "Джихад в исламе": "Ислам стремится разрушить все государства и правительства, где бы они ни находились на Земле, которые сопротивляются идеологии и программе ислама. Ислам стремится завладеть всей Землей, всей планетой".

Мухаммад Али Джинна, "Каид-и азам" (великий лидер), основатель современного мусульманского Пакистана выступал за светскую, демократическую форму правления. После его смерти началось постепенное укрепления ислама. В результате в Пакистане фундаментализм укрепился, а религиозные экстремисты получили доступ к государственному управлению, проникнув во все поры общества, включая армию и госслужбу. Контролируемые фундаменталистами мечети и медресе превращались в неофициальные властные структуры. По данным пакистанских спецслужб, в 1999 г. число медресе в стране превысило десять тысяч (для сравнения, в 1975 г. – всего 868) с числом "студентов" около миллиона как пакистанцев, так и иностранцев. Многие из них пропагандировали радикальные взгляды.

Способствовал исламизации в 80-е годы Зия-уль-Хак, проводивший ее на протяжении всего одиннадцатилетнего периода установившейся военной диктатуры. Процесс насаждения шариатских и иных норм коснулся всех сторон законодательной практики и общественной жизни. Характерно, что ключевым инструментом исламизации и одновременно ее объектом была армия. Процесс исламизации вел к глубокому расколу в пакистанском обществе. В 1980 г. было объявлено о создании "Техрик-и нифаз-и фикх-и джафария" (движение за реализацию джафарийского фикха – ТНФД) – первой всепакистанской шиитской партии проиранского толка. Боевое крыло ТНДФ носит название "Сипах-и Мухаммед Пакистан" (пакистанские солдаты Мухаммеда – СМП) и является крупнейшей радикальной шиитской группировкой, насчитывающей до 30 тыс. сторонников.

Пласт суннитского фундаментализма в Пакистане значительно более мощный и состоит из десятков крупных и мелких организаций, объединенных общей идеей борьбы "за чистоту ислама", направленный против христиан, индусов и шиитов. Деобандское направление среди них наиболее распространенное. Оно представлено прежде всего крупнейшей религиозно-общинной партией "Джамаат-и ислами", которая пользовалась особым благорасположением Зия-уль-Хака. Лидером партии является кази (шариатский судья) Хусейн Ахмад. Под его руководством ислам окончательно установился как государственная религия. Сильная армия стала гарантом целостности страны.

Другие ваххабитские группировки представлены в Пакистане рядом движений, в том числе организацией "Ахл-и хадис", имеющей в стране глубокие исторические корни. В 1960 г. была создана организация "Джамиат-и улема-и ахл-и хадис" (общество улемов – людей хадиса), которая получала финансовую поддержку от Саудовской Аравии. Главная же воинствующая и боеспособная организация пакистанских ваххабитов – "Марказ-уд-даава-валь-иршад". Штаб-квартира организации расположена в г. Муридке неподалеку от Лахора. Военизированное крыло МДИ – "Лашкар-и-тайиба" (отряды Добра, то есть сражающихся за правое дело), в нем готовят боевиков для военных действий в Кашмире. Члены этой группировки составляют 80% вооруженных формирований кашмирских сепаратистов.

В 1999 г. Руководство Пакистана подверглось острейшей критике со стороны Запада, прежде всего США, по целому ряду политических направлений. В том числе, факт тесных связей генералитета и высшего офицерства с исламистами не мог не вызывать озабоченности в мировом сообществе. Накапливались и убедительные свидетельства того, что Пакистан, создавший талибов, сам может стать их жертвой. Начало нового столетия поуказало, что талибы все больше выступали как сила, взявшая на себя экспорт исламизма за пределы Афганистана. Также формировался союз между фанатичным режимом муллы Омара и террористической сетью "Аль-Каиды", влияние лидера которой, Усамы бен Ладена достигло в исламском мире высшей точки.

После событий 11 сентября 2001 г. война против талибов со стороны международной коалиции стала неизбежной. Реакция на подобное развитие событий со стороны фундаменталистов в Пакистане была угрожающей. От пришедших к власти военных лидеры всех без исключения исламистских организаций требовали занять активную позицию поддержки "братьев по вере" в соседней стране. Главы различных фундаменталистских обществ пропагандировали распространение положений шариата во всех сферах жизни на социальном и бытовом уровне по примеру движения "Талибан".

В итоге, Пакистан столкнулся с той проблемой, которую сам же создал для Афганистана. Движения фундаменталистов отделяют население от государства, что ведет к разрушения государственных институтов и устоев. В свою очередь это ведет к неблагоприятной обстановке в государстве, что негативно сказывается на населении. Население же, становясь все боле неблагополучным больше склоняется к экстремизму.

О бедственном положении в Пакистане свидетельствуют заявления госдепа США, который в начале ноября 2000 г. выразил обеспокоенность "возможной талибанизацией Пакистана" и связанными с этим "рисками", также заявление председателя Комиссии по правам человека в Пакистане Афрасиаба Хаттака. – Мы находимся в очень глубоком кризисе. Государство почти полностью отделилось от общества. Этот кризис формирует вакуум, который заполняется экстремистскими религиозными силами. Они – фашистского толка и стремятся насадить свои идеи при помощи оружия"