Франчайзинг имеет и определенные недостатки. Для франчайзера они заключаются в сложности контроля за деятельностью франчайзиата, так как франчайзер непосредственно им не руководит; в возможности потерять свой имидж из-за плохой работы франчайзиата и др. Для франчайзиата недостатки состоят в контроле со стороны франчайзера, что может оставить франчайзиату мало возможностей для самовыражения в бизнесе; в больших затратах на услуги франчайзера, например, на покупку оборудования, которое франчайзиат обязан покупать только у франчайзера, в то время как у другого продавца оно может стоить немного дешевле; в опасности изменения политики франчайзера в худшую для франчайзиата сторону и т.п.

За рубежом франчайзинг преобладает в отраслях, которые характеризуются интенсивным вложением капитала. Традиционный метод финансирования, используемый франчайзиатом, заключается в сочетании собственных ресурсов и банковских, кредитов, а также средств, полученных от залога имущества. Франчайзинг является средством мобилизации капитала. Он привлекает капиталовложения большого числа инвесторов, стремящихся стать владельцами своего собственного дела, при этом общая сумма вложенного капитала намного превышает сумму, которая может быть получена от традиционных источников финансирования.

Существует два типа франчайзинга — товарный и бизнес-формат. Товарный франчайзинг связан с продажей товарных групп франчайзера франчайзиату, платежами, взыскиваемыми с франчайзиата и условиями платежей. В отдельных случаях он имеет отношение к оплате гарантийных услуг и возмещению расходов на совместную рекламу. При товарном франчайзинге франчайзер по договору франчайза уступает франчайзиату право продажи товаров (услуг) на строго определенном рынке или определенной территории, а франчайзиат, в свою очередь, обязуется закупать товары исключительно у франчайзера.

Бизнес-формат франчайзинга заключается в предоставлении франчайзиату со стороны франчайзера целого пакета услуг: обучение бизнес-процессам, передача производства, ноу-хау, накопленного опыта, товарных знаков, фирменных названий, знаков обслуживания и др. При этом типе франчайзинга взимается начальный гонорар за предоставление франчайза. Это могут быть разовая плата и плата по частям за франчайз, обучение, другие услуги. При франчайзинге бизнес-формата требуется, чтобы франчайзиат делал взносы в рекламный фонд, находящийся в ведении франчайзера. Доходы франчайзера складываются из первоначально уплачиваемого ему одноразового вознаграждения (вступительный взнос) и из постоянных отчислений, т.е. текущих сборов (процент от выручки или от прибыли). Источниками доходов франчайзера является также и прибыль, полученная от сдачи в аренду франчайзиату недвижимости, движимого имущества; кредитования; сдачи в залог имущества франчайзиата; покупки и перепродажи розничных торговых предприятий франчайзиата и др.

Толлинг (англ. tolling), или толлинговые операции, — это специфическая схема внешнеэкономических связей, оформляемая в форме контракта на услуги по обработке иностранного давальческого сырья, ввозимого на таможенную территорию Российской Федерации для дальнейшей переработки его российскими предприятиями в готовую продукцию, вывозимую за пределы России. Другими словами, толлинг — это способ организации производства, основанный на разделении товарно-сырьевых поставок и переработке давальческого сырья, и связанных с ним денежных потоков (потоков валюты), позволяющий существенным образом экономить собственные оборотные средства и минимизировать налоговые платежи. Давальческое сырье представляет собой материалы, продукцию, передаваемую их владельцам без оплаты другим организациям для переработки (доработки), включая розлив.

Толлинг имеет две формы: внешнюю и внутреннюю. При внешнем толлинге нерезидент приобретает сырье за границей для передачи его в переработку российским хозяйствующим субъектам. Внутренний толлинг означает, что нерезидент приобретает сырье на территории России, отдает его в переработку российским хозяйствующим субъектам, затем оплачивает обработку сырья в валюте и оформляет продукцию на экспорт. Валютный контроль со стороны банка может быть установлен только за переработкой сырья и экспортом готовой продукции. Процесс же покупки сырья нерезидентом есть процесс неконтролируемый, поэтому некоторые экономисты считают операции внутреннего толлинга не совсем законными.

Толлинг часто приводит к разделению производственных программ между фирмами, созданию совместных производств и научных коллективов. Толлинг появился в Российской Федерации в 1993 г., когда иностранные заказчики начали перерабатывать в России свое (давальческое) сырье и получать при вывозе алюминия из России всевозможные льготы, в том числе освобождение от налога на добавленную стоимость, пошлин и др. Договор толлинга согласно п. 1 ст. 8. Гражданского кодекса РФ является основанием для возникновения гражданских прав и обязанностей. По своей правовой природе этот договор относится к смешанным договорам и содержит элементы договоров подряда, поставки, а в ряде случаев и мены. Согласно письму Министерства финансов РФ от 25 апреля 1997 г. № 11-01-08/113 «О некоторых вопросах налогообложения операций по "внутреннему" и "внешнему" толлингу» схема внешнего толлинга определяется таможенным режимом «Переработка товаров на таможенной территории» (гл. 9 Таможенного кодекса РФ), которым установлен порядок налогообложения товаров, помещаемых под данный таможенный режим. В отношении внутреннего толлинга действуют нормативные акты, приравнивающие его к экспорту отдельных коммерческих операций без вывоза товаров с таможенной территории за границу. Таким образом, операции внутреннего толлинга приравниваются к таможенному режиму экспорта, что освобождает указанные товары от налога на добавленную стоимость.

Приравненные к экспорту отдельные коммерческие операции без вывоза товаров с таможенной территории Российской Федерации за границу выпадают из-под таможенно-банковского контроля, что способствует неуплате налога на добавленную стоимость в федеральный бюджет и оттоку российского капитала из страны. В случае постановки иностранных организаций на учет в качестве налогоплательщиков они освобождаются от налога на добавленную стоимость по товарам, вывозимым ими за пределы территории государств — участников СНГ, и имеют права на возмещение сумм налога на добавленную стоимость, уплаченных поставщикам материальных ресурсов (работ, услуг), используемых для производства таких товаров.

Особое значение при осуществлении импортно-экспортных операций с давальческим сырьем (обработкой в России или за ее пределами) имеет оценка его стоимости. Письмом Государственного таможенного комитета от 2 октября 1996 г. № 06-10/17627 установлено, что цены на ввозимое давальческое сырье и вывозимые продукты переработки не оговариваются в контрактах даже для целей таможенного оформления. При импорте процедура оценки принципиально урегулирована приказом Государственного таможенного комитета РФ от 5 января 1994 г. № 1 «О таможенной стоимости товаров, ввозимых на территорию Российской Федерации» и Законом РФ от 21 мая 1993 г. № 5005-1 «О таможенном тарифе». Допускается в целях упрощения и унификации таможенной оценки применение метода «по цене сделки» в случаях ввоза товаров по условно-стоимостным сделкам (сделкам, по которым нет реального движения денежных средств).