В соответствии с текстом Устава, ХАМАС выступает за «освобождение всей Палестины, которая будет неотъемлемой собственностью поколений мусульман до Судного дня». Следовательно, ни пядь палестинской земли не может принадлежать неверным. ООП, в свою очередь, выступает за образование независимого Палестинского государства, допуская его сосуществование наряду с государством Израиль.

ХАМАС настаивает на том, что «нет другого решения палестинской проблемы, кроме джихада» и что «смерть во имя Аллаха является наиболее возвышенным желанием».

Со временем, позиция ООП в отношении вооруженной борьбы претерпевала изменения. В начале деятельности этой организации вооруженное сопротивление рассматривалось как «единственное средство для освобождения Палестины» и являлась «стратегией, но не тактикой». Однако в соглашениях, подписанных в Осло, а затем в письме норвежскому министру иностранных дел И.Холсту, Арафат подтвердил намерение «ООП выступать против насилия и террора».

Многие критики Арафата отмечают, что благие намерения ООП и ее руководителей так и остались нереализованными. Во время интифады Аль-Акса различия в позициях этих двух организаций в отношении вооруженной борьбы обозначились еще раз. Они касались обстрелов израильских территорий, ракетами «Кассам», произведенных боевиками ХАМАС, и действии террористов-самоубийц.

Палестинская администрации несколько раз выступала с резкой критикой в целом деятельности ХАМАС и, в частности, обстрелов Израиля ракетами «Кассам» с территории сектора Газа. И обращала особое внимание на «неудачный» выбор времени для осуществления террористических актов смертников.

К числу критикующих деятельность ХАМАС относится и М.Дахлян, в течение 7 лет возглавлявший службу превентивной безопасности ПНА. В своей речи, произнесенной в Газе, он заявил, что направил Арафату послание, в котором рекомендовал ему «отказаться от интифады… Интифада – это лишь средство, а не цель. Мы должны были превратить интифаду в подлинно народную войну. Но мы не сделали этого, поскольку нам как лидерам, кажется, не хватило для этого смелости».

В июле 2002 г. Абу Мазен выступил с речью перед лидерами ФАТХ. Он обратил внимание на то, что «сектор Газа подобен опаленной земле, которая изранена снарядами самодельных и минометных орудий. Я задаюсь вопросом, кто применяет эти минометы? Мне сказали, что один из минометных снарядов поразил мечеть в секторе Газа. Как это могло случиться? 32 ребенка было изувечено, когда самодельные бомбы, вложенные в их руки, преждевременно взорвались. Разве эта кровь пролилась напрасно? Разве это не глупость с нашей стороны стрелять поверх крыш израильских зданий, что позволяет им в последствии вторгаться на нашу территорию. Любой, кто совершает подобные действия, совершает преступления против своих сограждан. Те, кто производит минометы и снаряды для них, озабочены лишь получением прибыли. Странно, что, видя это, мы остаемся безмолвными. Молчаливо соглашаясь с этим, мы становимся их пособниками».

В интервью ежедневной газете «Аль-Яум» М.Дахлян заявил, что «мы не говорим, что обстрелы ракетами «Кассам» являются оправданием израильской агрессии. Но это является одним из оправданий, которыми пользуются израильтяне. Мы считаем, что ракеты «Кассам» являются неэффективным видом вооружений. Милитаризация этой войны вообще была большой ошибкой. Мы ввязались в войну с Израилем, не обладая для этого необходимыми средствами».

Поскольку именно ракеты «Кассам» боевики ХАМАС используют в своих нападениях, это движение отвергло такую критику в свой адрес. В интервью прохамасовскому еженедельнику «Ар-Рисаля» представитель ХАМАС Рантисси заявил: «Что действительно вызывает удивление и вопросы, так это секретные встречи представителей Палестинской администрации с премьер-министром Израиля Ариэлем Шароном, которые происходят одновременно с кампаниями против движения ХАМАС, развернувшимися в СМИ». ХАМАС приняло решение продолжить обстрелы израильской территории ракетами «Кассам». Шейх Ясин объявил, что «мы продолжим запускать ракеты «Кассам», и они станут ответом на агрессию».

Еще одним камнем преткновения в отношениях между ХАМАС и ООП стала реакция последней на осуществление терактов шахидами. Представители ХАМАС выразили свое возмущение тем фактом, что палестинское Агентство печати (WAFA) отказывается публиковать материалы, посвященные действиям шахидов. В частности, ими указывалось на то, что газета «Ар-Рисаля», помещавшая подобные материалы, была несколько раз закрыта по приказу Арафата. По этой причине движением ХАМАС было принято решение об образовании другого печатного издания «Ар-Райя».

В январе 2003 г. в Каире состоялись переговоры о достижении согласия между Палестинской администрацией и оппозиционными фракциями. Во время переговоров Египет выступил с инициативой: «Исходя из преданности духу борьбы и сопротивления, из желания гарантировать решение палестинской проблемы мирным путем и из желания провести мирные переговоры результативно, предлагается заморозить вооруженные действия на год. Мы подчеркиваем, что наиважнейшей целью является объединение всех региональных и международных сил с целью изменения сложившейся ситуации, а также оказания давления на Израиль с целью прекращения репрессий в отношении палестинского народа и возврата за стол переговоров при участии международных коспонсоров».

В интервью, данном иорданскому еженедельнику «Аль-Маджд», один из высокопоставленных лидеров ХАМАС М.Назаль заявил, что «мы не согласны прекратить сопротивление. Разногласие именно в этом вопросе стало препятствием для заключения соглашения между сторонами».

Представитель ХАМАС Рантисси обрушился с критикой на египетскую сторону. «Они представляют проблему так, словно палестинский народ воюет с их соседями, а не участвует в войне за освобождение от оккупации. Почему они ни разу не сказали, что это именно палестинский народ вовлечен в эту войну и обороняется?»

Под давлением международного сообщества и израильских ударов призванных устранить высокопоставленных деятелей ХАМАС (в частности, нескольких попыток устранения Рантисси) организации ХАМАС и «Исламский джихад» объявили о своей инициативе: трехмесячной приостановке военных действий в отношении Израиля, включая обстрел ракетами «Кассам», при условии, что Израиль «прекратит агрессию» и освободит всех палестинских заключенных, находящихся в израильских тюрьмах». Стоит отметить, что предложения о перемирии выдвигались еще несколько раз, но по тем или иным причинам акты не были заключены или нарушались.

Со времени своего образования движение ХАМАС отказывалось признать ООП в качестве единственного представителя палестинского народа и выдвигало себя в качестве альтернативного властного органа. Однако, несмотря на разногласия относительно статуса ООП, ХАМАС на разных исторических этапах сотрудничало или вело переговоры с этой организацией. В качестве примера можно привести встречу между представителями ХАМАС и ФАТХ, проведенную в Хартуме 4 января 1993 г. при содействии Х.ат-Тураби, духовного лидера Исламского правительства Судана. В ходе этой встречи представители делегации ХАМАС выразили желание этого движения присоединиться к ООП при соблюдении трех условий: