Внутренний регламент Комиссии предусматривает возможность письменной процедуры, когда решения принимаются путем опроса членов Комиссии вне зала заседаний. Однако такое решение может быть вынесено только в случае полного согласия всех членов Комиссии. Возражение хотя бы одного из комиссаров против применения этой процедуры исключает возможность ее использования для решения данного конкретного вопроса. Досье для рассмотрения на заседании Комиссии представляет тот из комиссаров, к основному профилю деятельности которого относится принимаемое решение. Процесс подготовки и согласования проекта решения Комиссии предполагает в обязательном порядке проведение еженедельных совещаний руководителей личных кабинетов комиссаров. В ходе такого рода собраний они констатируют наличие (или отсутствие) согласия по рассматриваемому вопросу и, при необходимости, принимают меры для отыскания максимально приемлемой компромиссной формулы.

Особо важную роль в руководстве работы Комиссии играет ее Председатель. Маастрихтский и особенно Амстердамский договоры включили ряд положений, направленных на повышение роли руководителя Комиссии. В первую очередь это нашло свое отражение в особой процедуре назначения председателя и признании необходимости участия намеченного кандидата на пост председателя в формировании всей Комиссии в целом.

Согласно ст. 163 (н.н. ст. 219) Договора о ЕС в редакции Амстердамского договора Комиссия осуществляет свои функции в соответствии с политическими ориентирами, устанавливаемыми ее Председателем. Эта новая формула, несомненно, повышает статус председателя коллегии и весьма отчетливо устанавливает иерархическое подчинение членов Комиссии установкам и указаниям ее Председателя. Глава Комиссии распределяет функции и обязанности между членами Комиссии, сохраняя возможность пересматривать это распределение обязанностей. Он координирует и направляет деятельность комиссаров, председательствует на заседаниях коллегии, определяет повестку дня, подписывает вместе с Генеральным секретарем Комиссии ее протоколы, а равно документы, одобренные на заседаниях Комиссии. Значимость поста Председателя Комиссии подчеркивается также тем обстоятельством, что он является ex officio членом Европейского Совета и принимает участие в совещаниях на уровне "большой восьмерки", объединяющей руководителей государств и правительств наиболее высокоразвитых в экономическом отношении стран мира. Непосредственно под руководством Председателя работает Генеральный секретарь Комиссии и его аппарат. В его непосредственном подчинении находится также юридическая служба Комиссии — одно из важнейших подразделений аппарата Сообществ. Виза юридической службы обязательна для проектов всех решений, выносимых Комиссией. Кроме того, юридическая служба представляет Комиссию в Суде ЕС и в сношениях с юридическими службами других институтов.

Совершенно очевидно, что последовательное соблюдение принципа коллегиальности не означает коллективного решения всех вопросов, связанных с текущим операциональным управлением. Действующие правовые предписания предусматривают возможность делегирования Комиссией и каждым из ее членов в отдельности их полномочий в области административного управления непосредственно генеральным департаментам, находящимся в их подчинении. Правомерность такой передачи полномочий была подтверждена решениями Суда ЕС, признавшего, что это правило неотъемлемо присуще самому принципу организации работы Комиссии. Вместе с тем Суд сохранил за собой право контроля над решениями о передаче полномочий с тем, чтобы это делегирование полномочий не выходило за рамки обеспечения элементарных мер по управлению текущими делами. Комиссия наделена правом создания необходимых для ее функционирования вспомогательных органов и агентств специализированного характера, которым также могут делегироваться некоторые из полномочий, принадлежащих Комиссии. Такого рода делегирование прав должно носить четкий и строго определенный характер и не предусматривать передачу дискреционной власти или полномочий. Согласно внутреннему Регламенту все административные службы образуют единый административный корпус, находящийся под руководством Комиссии. Координацию деятельности служб осуществляет Генеральный секретарь Комиссии, который обеспечивает соблюдение правил внутреннего распорядка и процедуры представления документов в Комиссию. Он равно удостоверяет их подлинность и обеспечивает их опубликование.

Комиссия — один из наиболее активно работающих институтов Сообществ и Союза. В 1998 г. Комиссия провела 47 заседаний. Она одобрила и передала другим институтам и органам 576 предложений, рекомендаций и проектов нормативно-правовых актов. Непосредственно Комиссией было одобрено 230 регламентов, 63 директивы, 271 решение и 5 рекомендаций. Комиссия опубликовала в том же году 293 коммюнике, меморандума и доклада.

На службе в административном аппарате, подчиненном Комиссии, в 1998 г. было занято 16 344 штатных сотрудника и 750 сотрудников, занятых на временной основе и работающих по контракту. Кроме того, около 1650 человек было занято в различных исследовательских подразделениях, свыше 500 — в службах, занятых публикацией официальных материалов, и в некоторых других специализированных агентствах и органах.

В соответствии с документами, одобренными при подготовке и подписании Амстердамского договора, намечается определенная реформа и перестройка работы Комиссии. Согласно приложенному к Договору о Европейском Союзе и Договору о Сообществах, Протоколу об институтах предусматривается с момента ближайшего расширения Союза переход к новым нормам представительства в Комиссии. В соответствии с этим правилом каждое государство — член Союза будет отныне представлено в Комиссии только одним членом. Это нововведение должно сопровождаться пересмотром числа взвешенных голосов, которым будет обладать каждое государство-член в случае применения принципа голосования квалифицированным большинством в Совете. Одновременно предусматривается, что не менее чем за год до расширения состава Союза до 20 членов, будет созвана новая межправительственная конференция, основным назначением которой станет проведение новой реформы.

Сама Комиссия в своих документах высказалась за сокращение ее численного состава и прежде всего числа комиссаров, возглавляющих непосредственно те или иные сферы управления. В случае принятия этой рекомендации Комиссии, она будет включать не только комиссаров, ведающих вопросами управления, но и комиссаров без портфелей. Комиссия высказалась также за более четкое определение функций и полномочий вице-председателей Комиссии. Однако никаких конкретных и определенных предложений на этот счет сделано не было. Трудности, возникшие весной 1999 г. и связанные с досрочной отставкой Комиссии, несколько затормозили процесс пересмотра ее структуры и порядка функционирования. Тем не менее, Амстердамский договор и приложенные к нему протоколы и декларации подчеркивают, что в преддверии нового расширения состава Европейского Союза подобного рода реформа институтов, в центре которой находится Европейская Комиссия, должна иметь место до решения вопроса о приеме новых членов.