На практике, однако, изданию мотивированного заключения, содержащего подобные замечания, предшествуют неформальные консультации, позволяющие заинтересованным сторонам прийти к соглашению по спорному вопросу, не прибегая к формализованным процедурам. Если согласие не достигнуто Комиссия может обратиться с иском о неисполнении обязательства в Суд ЕС. Одновременно в своем исковом заявлении она может просить о наложении штрафных санкций. Решение Суда подлежит обязательному исполнению.

Амстердамский договор заметно расширил круг применения санкций против нарушителей европейского права. Он предусмотрел возможность инициирования Комиссией новых санкций против государства-члена, грубо и систематически нарушающего принципы свободы, демократии, уважения прав человека и основных свобод, равно как и принципы правового государства, то есть принципы, общие для всех государств-членов (ст. F-1 (н.н. ст. 7) Договора о Европейском Союзе).

К этой же группе полномочий Комиссии можно отнести ее право на запрос и получение информации со стороны государств-членов на вопросы, отнесенные к ведению Сообществ. Комиссия наделена также правом проведения расследований и проверки документов, счетов и других материалов, в том числе и непосредственно на месте, особенно в рамках исполнения Договоров о ЕОУС и Евратоме. Она может проводить расследования в целях обеспечения соблюдения правил конкуренции и защиты финансовых интересов Сообществ, предусмотренных как Договором о ЕС, так и специальными регламентами, относящимися к полномочиям Комиссии (см., например, Регламент № 17/62 о полномочиях Комиссии или Регламент № 4064/89, известный как Регламент по вопросам концентрации).

Особую группу составляют полномочия Комиссии, предусматривающие дачу рекомендаций и принятие заключений, как по инициативе самой Комиссии, так и по запросам других институтов в тех случаях, когда это предусмотрено действующими правовыми установлениями. Рекомендации, которые принимаются Комиссией, имеют обычно двоякое назначение

Во-первых, они могут содержать как изложение программы действий Комиссии, так и осуществления определенных мероприятий, обеспечивающих функционирование Сообществ и реализацию целей и задач, которые перед ними стоят. Соответственно Комиссия довольно широко прибегает к публикации различного рода "белых" и "зеленых" книг, содержащих нередко весьма развернутую программу предстоящей законодательной деятельности или действий, направленных на осуществление принятых ранее положений. Во-вторых, такого рода рекомендации, даваемые Комиссией, должны в определенной мере ориентировать государства-члены в том, что касается позиции институтов Союза по вопросам, подлежащим урегулированию в нормативно-правовом порядке или по вопросам, которые напрямую не отнесены к ведению Сообществ, но по которым Комиссия может занимать определенную принципиальную позицию, опираясь, в частности, на общие принципы европейского права.

Заключения Комиссии могут быть предусмотрены непосредственно процедурой принятия решений. Так, например, Комиссия дает свои заключения по проектам нормативно-правовых актов, рассматриваемых наряду с Советом Европейским парламентом на различных этапах этого рассмотрения, либо в случае применения процедуры совместного принятия решений. Многочисленные предписания учредительных договоров указывают на то, что при решении практически всех наиболее важных вопросов, отнесенных к ведению Сообществ, Постановления по которым принимаются Советом, запрос мнения Комиссии и внесение предложений с ее стороны является, как правило, необходимым. Степень обязательности такого рода заключений зависит непосредственно от характера принимаемого акта. Так, если принимается заключение по вопросам, связанным с неисполнением обязательств государствами-членами, то такого рода заключение имеет обязательную силу. Что же касается заключений, которые даются Комиссией в рамках законодательной процедуры, особенно в тех случаях, когда процедура предусматривает несколько чтений при прохождении проекта нормативно-правового акта, то мнение, изложенное Комиссией в его заключении, в случае, если Совет считает нужным его изменить, требует единогласного решения Совета. Таким образом, внести изменение в позицию по тому или иному вопросу Совет практически может лишь тогда, когда это считают необходимым все участвующие в принятии решения государства-члены. На практике рекомендации и заключения Комиссии могут иметь весьма существенное значение в определении общей направленности деятельности Сообществ, а равно оказывать влияние на функционирование Союза в том, что касается решения вопрос, отнесенных ко второй и третьей опорам.

Одно из важнейших полномочий Комиссии состоит в том, что именно она наделена правом законодательной инициативы. По общему правилу все основные нормативно-правовые акты, принимаемые Советом или Советом совместно с Парламентом, рассматриваются на основе предложений, вносимых Комиссией. Конечно, такая ситуация в какой-то мере объясняется причинами технического характера. Именно Комиссия имеет в своем распоряжении необходимый аппарат подготовки и отработки предлагаемых решений. В распоряжении Комиссии находятся исследовательские организации, а равно статистические службы. Таким образом, именно Комиссия обладает всеми необходимыми кадрами и ресурсами, позволяющими обеспечить достаточно квалифицированную подготовку проекта решений.

Но дело не только в чисто технических причинах. Следует напомнить, что институт, принимающий решения или наделенный правом законодательствовать, — это, прежде всего, Совет. Последний основан на принципе межнационального сотрудничества. Комиссия является институтом, воплощающим в себе начало наднационального порядка. Признание за Комиссией права выступать с инициативой принятия акта и права внесения проекта соответствующего решения создает как бы контрбаланс в системе осуществления законодательных полномочий в рамках Европейских сообществ и Союза. Соответственно решение по многим вопросам, прежде всего по вопросам, отнесенным к исключительной компетенции Сообществ, становится почти невозможным, если необходимая инициатива не была проявлена Комиссией. Правда, другие институты Союза, в частности, Совет и Европейский парламент, могут потребовать от Комиссии подготовки и внесения соответствующего законопроекта, если урегулирование той или иной сферы ведения Сообществ не было осуществлено в связи с отсутствием официальных проектов, вносимых Комиссией. Такого рода пожелания высказываются довольно часто на а заседаниях Европейского парламента и его комитетов. Однако более существенным является то, что в случае неполучения ответа на заявленное требование или его умышленное игнорирование возможно обжалование действий Комиссии в Суд доение последнего носит обязательный характер и подлежит незамедлительному исполнению. Впрочем, конкретная судебная практика показывает, что далеко не всегда Суд принимает точку зрения истца, зачастую он соглашается с доводами Комиссии.

Она, в частности, может ссылаться на материальные трудности исполнения, на несвоевременность принятия тех или иных мер и даже на моменты процедурного порядка.