Официальные и общественно-политические круги Пакистана осудили террористические акты, осуществленные 11 сентября 2001 г. в США. Исламабад оказал поддержку антитеррористической операции в Афганистане в предложенном Вашингтоном формате: были установлены тесные контакты между спецслужбами двух стран, американская авиация получила возможность использовать воздушное пространство и военно-воздушные базы Пакистана и т.д.

Позиция Ирана существенно отличалась от пакистанской. Тегеран осудил террористические акты, совершенные 11 сентября 2001 г. в США. Вместе с тем иранские власти не дали разрешения на использование воздушного пространства своей страны военными самолетами США и их союзников по антитеррористической коалиции. После начала 7 октября того же года военной операции в Афганистане высшие государственные деятели ИРИ выступили с резкими заявлениями в адрес США, настаивая на немедленном прекращении бомбардировок афганской территории. В то же время Тегеран увеличил помощь "Северному альянсу", вооруженные формирования которого активно участвовали в военных действиях.

В процессе интенсивных пакистано-иранских контактов между сторонами обозначились серьезные разногласия по вопросу о послевоенном урегулировании в Афганистане. Иранская сторона настаивала на том, что "правительство Б. Раббани в качестве законной власти, признанной ООН, должно выполнить свою миссию до конца и сформировать будущее правительство". Предоставление таких полномочий правительству Б. Раббани, фактически утратившему влияние в Афганистане и, главное, представляющему непуштунскую часть афганского общества, было неприемлемо для Исламабада. Пакистанскую сторону не устраивало также стремление Тегерана ограничить роль бывшего короля Афганистана, пользовавшегося поддержкой Вашингтона, в послевоенном урегулировании.

Исламабад и Тегеран были заинтересованы в устранении разногласий по афганской проблеме и общем укреплении взаимоотношений и поддерживали активные контакты. Так, 7 ноября того же, 2001 г. с краткосрочным визитом Тегеран посетил генерал П. Мушарраф. Незапланированная ранее поездка в столицу ИРИ была связана с предстоявшим выступлением пакистанского руководителя на сессии Генеральной Ассамблеи ООН. Стороны обсудили основные вопросы, которые П. Мушарраф намеревался осветить в своем выступлении на форуме ООН; при этом в центре внимание, естественно, находилась афганская проблема.П. Мушар-раф и М. Хатами договорились усилить взаимодействие на афганском направлении и активизировать сотрудничество в экономической и других сферах.

Выступая на пленарном заседании ГА ООН 10 ноября того же года, П. Мушарраф высказался за "усиление роли ООН в урегулировании конфликтов в Афганистане и других регионах, порождающих и питающих экстремизм и терроризм". Президент Пакистана призвал международное сообщество проводить различие между террористами и теми, кто борется за реализацию законных прав своих народов, закрепленных в соответствующих резолюциях ООН. (Вполне очевидно, что имелась в виду, в первую очередь, кашмирская проблема.) Такая постановка вопроса была созвучна трактовке борьбы с терроризмом, неоднократно высказывавшейся высшими руководителями Ирана применительно к палестинской проблеме.

Во время визита министра иностранных дел ИРИ К. Харрази в Исламабад в конце ноября того же, 2001, года главы внешнеполитических ведомств двух стран рассмотрели перспективы расширения торгово-экономических связей между Пакистаном и Ираном. Была достигнута договоренность о создании совместной технической комиссии по строительству газопровода из Ирана в Пакистан, при этом стороны рассчитывали на то, что в проекте будет участвовать и Индия, испытывающая острую нехватку углеводородного сырья.

Основное же внимание министры иностранных дел уделили обсуждению вопросов, связанных с ситуацией в Афганистане. Они выразили удовлетворение договоренностью о создании на широкий основе переходного правительства, достигнутой представителями основных политических сил Афганистана на проходившей в то время конференции в Бонне. (Межафганское соглашение о временной администрации было подписано 5 декабря 2001 г.). Главы внешнеполитических ведомств решили учредить совместную пакистано-иранскую комиссию по содействию восстановлению Афганистана; в круг ее задач входило, в частности, осуществление тесного взаимодействия с соответствующими структурами ООН и других международных организаций.

В процессе пакистано-иранских контактов проявилось различие позиций сторон по одному из ключевых аспектов послевоенного урегулирования ситуации в Афганистане - в вопросе о сохранении военного присутствия США и их союзников в этой стране после разгрома основных вооруженных формирований движения "Талибан". Исламабад продолжил и продолжает активное сотрудничество с Вашингтоном и после крушения режима талибов, в том числе в вопросе о размещении международных миротворческих сил в Афганистане (при этом исключалось участие в них пакистанских воинских подразделений). Иранская же сторона считала возможным присутствие на территории Афганистана только наблюдателей ООН для отслеживания ситуации в стране.

Афганская проблема находилась в фокусе внимания высших государственных деятелей Пакистана и Ирана и впоследствии. Вместе с тем, как и на начальном этапе антитеррористической операции. Исламабад и Тегеран предпочли отодвинуть на второй план разногласия. Немалую роль в этом сыграло то, что процесс формирования государственных структур возрождаемого к мирной жизни Афганистана жестко контролировался западной дипломатией. Вполне определенные обязательства о невмешательстве во внутренние дела Афганистана наложила на Исламабад и Тегеран Кабульская декларация, подписанная 22 декабря 2002 г. высшими государственными деятелями шести сопредельных с Афганистаном стран, в том числе Пакистана и Ирана. Учитывая сложившуюся ситуацию вокруг Афганистана и исходя из интересов своих стран, руководители Пакистана и Ирана сосредоточили усилия на сотрудничестве по другим вопросам, особенно в торгово-экономической сфере.

В конце декабря 2002 г. президент ИРИ С.М. Хатами посетил Пакистан впервые после прихода к власти в этой стране военных во главе с П. Мушаррафом в октябре 1999 г. Переговоры на высшем уровне также впервые за предшествовавшие несколько лет были сконцентрированы на укреплении торгово-экономических связей, а не на региональных проблемах, так или иначе связанных с афганским конфликтом. Во время трехдневного пребывания главы Ирана в Пакистане были подписаны три соглашения и меморандум о взаимопонимании по вопросам сотрудничества в таких областях, как автодорожное и железнодорожное сообщение, новейшие технологии, энергетика, образование и некоторых других. Особое внимание стороны уделили строительству газопровода Иран - Пакистан - Индия протяженностью 1400 км. Согласно прогнозам, Пакистан сможет обеспечивать свои растущие потребности в природном газе в основном за счет собственных ресурсов, в том числе благодаря вводу в эксплуатацию новых месторождений. Заинтересованность Исламабада в реализации вышеуказанного проекта определяется в первую очередь расчетами на доходы в 300-400 млн. долл. в год от транзита газа по пакистанской территории. Строительство газопровода укрепило бы также позиции Пакистана в отношениях как с Ираном, так и с Индией.