Бэкон выдвинул опытное обобщение фактов в качестве стержня своего метода, однако он не был защитником одностороннего его понимания. Эмпирический метод Бэкона отличает то, что он в максимальной степени опирается на разум при анализе фактов. Бэкон сравнивал свой метод с искусством пчелы, которая, добывая нектар из цветов, перерабатывает его в мед собственным умением. Он осуждал грубых эмпиритиков, которые подобно муравью собирают все, что им попадается на пути (имея ввиду алхимиков), а также тех умозрительных догматиков, которые, как паук, ткут паутину знания из себя (имея ввиду схоластов).

Предпосылкой реформы науки должно стать по замыслу Бэкона, и очищение разума от заблуждений, которых он насчитывает 4 вида. Эти препятствия на пути познания он называет идолами: идолы рода, пещеры, площади, и театра. Идолы рода - это ошибки, обусловленные наследственной природой человека. Мышление человека имеет свой недостатки, т.к. "уподобляется неровному зеркалу которое, примешивая к природе вещей свою природу отражает вещи в искривленном и обезображенном виде". Человек постоянно истолковывает природу по аналогии с человеком, что находит свое выражение в теологическом приписывании природе конечных целей, которые ей несвойственны. В этом и проявляются идолы рода. К идолам рода Бэкон относит и стремление человеческого ума к необоснованным обобщениям. Он, например, указывал, что часто орбиты вращающихся планет считаются некруговые, что необоснованно.

Идолы пещеры - это ошибки, которые свойственны отдельному человеку или некоторым группам людей в силу субъективных симпатий, предпочтений. Например, одни исследователи верят в непогрешимый авторитет древности, другие склонны отдавать предпочтение новому. "Человеческий разум не сухой свет, его окропляют воля и страсти, а это порождает в науке желательное каждому. Человек скорее верит в истинность того, что предпочитает… Бесконечным числом способов, иногда незаметных, страсти пятнаются и портят разум".

Идолы площади (рынка) - это ошибки, порождаемые речевым общением и трудностью избежать влияния слов на умы людей. Эти идолы возникают потому, что слова - это только имена, знаки для общения между собой, они ничего не говорят о том, что такое вещи. Поэтому и возникают бесчисленные споры о словах, когда люди принимают слова за вещи.

Идолы театра (или теорий) - это ошибки, связанные со слепой верой в авторитеты, некритическим усвоением ложных мнений и воззрений. Здесь Бэкон имел ввиду систему Аристотеля и схоластику, слепая вера, в которые оказывала сдерживающее воздействие на развитие научного знания. Он называл истину дочерью времени, а не авторитета. Искусственные философские построения и системы, оказывающие отрицательное влияние на умы людей, - это, по его мнению, своего рода "философский театр".

Разработанный Бэконом индуктивный метод, лежащий в основе науки, должен, по его мнению, исследовать внутренне присущие материи формы, являющиеся материальной сущностью принадлежащего предмету свойства - определенного вида движения. Чтобы выделить форму свойства, надо отделить от предмета все случайное. Это исключение случайного, конечно, - мысленный процесс, абстракция. Бэконовские формы - это формы "простых природ", или свойств, которые изучают физики. Простые природы - это такие вещи, как горячее, влажное, холодное, тяжелое и т.д. Они подобны "алфавиту природы", из которого многие вещи могут быть составлены. Бэкон ссылается на формы, как на "законы". Они - детерминанты элементы фундаментальных структур мира. Сочетание различных простых форм дает все разнообразие реальных вещей. Развитое Бэконом понимание формы противопоставлялось им умозрительному толкованию формы у Платона и Аристотеля, т.к. для Бэкона форма - своего рода движение материальных частиц, составляющих тело.

В теории познания, для Бэкона, главное - исследовать причины явлений. Причины могут быть разными - или действующими, которыми занимается физика, или конечными, которыми занимается метафизика.

Методология Бэкона в значительной степени предвосхитила разработку индуктивных методов исследования в последующие века, вплоть до XIX в. однако Бэкон в своих исследованиях недостаточно подчеркивал роль гипотезы в развитии знания, хотя в его времена уже зарождался гипотетико-дедуктивный метод осмысления опыта, когда выдвигается то или иное предположение, гипотеза и из нее выводятся различные следствия. При этом дедуктивно осуществляемые выводы постоянно соотносятся с опытом. В этом отношении большая роль принадлежит математике, которой Бэкон не владел в достаточной степени, да и математическое естествознание в то время только формировалось.

В конце своей жизни Бэкон написал книгу об утопическом государстве "Новая Атлантида" (опубликована посмертно в 1627 г.). В этом произведении он изобразил будущее государство, в котором все производительные силы общества преобразованы при помощи науки и техники. В нем Бэкон описывает различные удивительные научно-технические достижения, преображающие жизнь человека: здесь и комнаты чудесного исцеления болезней и поддержания здоровья, и лодки для плавания под водой, и различные зрительные приспособления, и передача звуков на расстояния, и способы улучшения породы животных, и многое. Некоторые из описываемых технических новшеств осуществились на практике, другие остались в области фантазии, но все они свидетельствуют о неукротимой вере Бэкона в силу человеческого разума. На современной языке его можно было бы назвать технократом, т.к. он полагал, что все современные ему проблемы можно решить с помощью науки.

Несмотря на то, что он придавал большое значение науке и технике в жизни человека. Бэкон считал, что успехи науки касаются лишь "вторичных причин", за которыми стоит всемогущий и непознаваемый Бог. При этом Бэкон все время подчеркивал, что прогресс естествознания, хотя и губит суеверия, но укрепляют веру. Он утверждал, что "легкие глотки философии толкают порой к атеизму, более же глубокие возвращают к религии".

Влияние философии Бэкона на современное ему естествознание и последующее развитие философии огромно. Его аналитический научный метод исследования явлений природы, разработка концепции необходимости ее экспериментального изучения сыграли свою положительную роль в достижениях естествознания XVI-XVII веков. Логический метод Бэкона дал толчок развитию индуктивной логики. Классификация наук Бэкона была положительно воспринята в истории наук и даже положена в основу разделения наук французскими энциклопедистами. Хотя углубление рационалистической методологии в дальнейшем развитии философии снизило после смерти Бэкона его влияние в XVII в., в последующие века идеи Бэкона приобрели свое новое звучание. Они не потеряли своего значения вплоть до XX в. Некоторые исследователи даже рассматривают его как предшественника современной интеллектуальной жизни и пророка прагматической концепции истины. (Имеется в виду его высказывание