В целях усиления контроля за вывозом энергоресурсов Государственный таможенный комитет Российской Федерации приказом от 10 ноября 1994 года №576 утвердил «Положение об энергетической таможне». Энергетическая таможня осуществляет контроль за таможенным оформлением товаров в соответствии с Приказом от 30 ноября 1995 года «О таможенном оформлении товаров, перемещаемых трубопроводным транспортом». На энергетическую таможню возложены обязательства по декларированию товаров и валютному контролю. Задача валютного контроля за экспорт нефти и газового конденсата является одной из наиболее важных, т.к. 50% валютной выручки экспортеры обязаны продать государству по курсу ЦБРФ на момент поступления средств на счет экспортера.

Важной формой регулирования экспорта нефти и газа за пределы Российской Федерации является и ставка акциза. В соответствии с Федеральным законом «Об акцизах» ставка акциза для всех предприятий была единой. Для более эффективного регулирования экспорта Правительство РФ 15 января 1997 года приняло постановление «Об установлении дифференцированных ставок акциза на нефть, добываемую на территории Российской Федерации». В соответствии с данным постановлением при экспорте по решениям Правительства Российской Федерации нефти и газового конденсата организациями, закупающими нефть и газовый конденсат у нефтедобывающих предприятий по внутренним ценам российского рынка, взимание акциза таможенными органами производится по установленной для соответствующего нефтедобывающего предприятия ставке акциза.

Некоторые нефтяные компании России после введения с 1 июля 1998 года новых правил по доступу к экспортной трубе, предусмотренных Постановлением Правительства РФ от 15 июня N599, могут прекратить свое существование, заявил вице-президент группы РОСПРОМ-ЮКОС Александр Самусев. В случае отлучения от трубы нефтедобывающих организаций, имеющих недоимку по налоговым платежам в федеральный бюджет, для них практически не останется возможности решать свои проблемы, в частности выплату зарплаты, так как никаких заемных средств им в этой ситуации никто не предоставит.

Сегодня в распоряжении госструктур остаются самые разные рычаги воздействия на нефтегазовые корпорации. Первый из них – это собственно экономическая политика в применении к отрасли. Она включает в себя установление налогов, пошлин и тарифов, предоставление льгот и квот, выдачу лицензий на разработку месторождений, утверждение соглашений о разделе продукции, назначение руководителей госкомпаний. На политическом уровне делается выбор в пользу приоритетного развития тех или иных регионов (где зачастую присутствуют интересы нефтегазового сектора), усиления или ослабления фискального давления на ТЭК, защиты (или, наоборот, отказа от защиты) прав инвесторов на конкретных предприятиях, предоставления административных ресурсов Центра кандидатам на местных выборах. Особую роль здесь играет ход переговоров с международными финансовыми организациями, которые зачастую предлагают собственные рецепты поведения в отношении нефтегазового сектора.

Второй рычаг влияния государства на ситуацию в нефтегазовом секторе – это его политика в отношениях с “олигархическими” группами, владеющими значительной частью российской “нефтянки”.Действительно, нынешняя исполнительная власть не столь остро зависит от влиятельных “олигархических” структур: для ее легитимации и укрепления пока достаточно поддержки со стороны населения и широкого использования административных ресурсов. В то же время, если исключить некоторые малореалистичные заявления вроде обещания “покончить с лоббизмом”, то формирующаяся новая власть пока не торопится “выяснять отношения” с крупными промышленниками, лишь присматриваясь к ним. Поведение правительства Владимира Путина в различных “нефтяных войнах” (как, впрочем, и в скандалах в цветной и черной металлургии) остается осторожным.

По многим признакам, в руководстве исполнительной власти пока нет четкого видения будущей системы взаимоотношений с “олигархами”. Полностью отказаться от услуг крупного бизнеса будущему руководству страны вряд ли удастся: с ними, как минимум, придется консультироваться по важнейшим экономическим вопросам, а как максимум, активно использовать их ресурсы для пополнения бюджета, снижения социальной напряженности, реализации различных политических проектов, обеспечения влияния Центра на события в регионах. Впрочем, для крупных предприятий нефтегазового комплекса проблема лоббирования своих интересов в государственных органах стоит не так остро, как раньше. Это вызвано стремительным ростом поступлений от налоговых операций: если в менее стабильной ситуации идет борьба за уменьшающийся “кусок пирога”, то сейчас “нефтедолларов” хватает почти всем. Более актуальной задачей для НК является пресечение посягательств государства на свою прибыль. Впрочем, в ряде случаев предприятия отрасли все же проявляют интерес к различным проектам с государственным участием. Это относится, например, к распределению средств на строительство трубопроводов.

В настоящее время Министерство топлива и энергетики формально остается головным органом государственного регулирования топливно-энергетического комплекса. Однако на протяжении 1990-х гг. его реальная роль в формулировании и осуществлении государственной экономической политики неуклонно снижалась. Все это время Минтопэнерго оставалось ареной борьбы конкурирующих номенклатурно-политических групп и элитных кланов, намеренных использовать полномочия и остаточный властный потенциал этого ведомства в целях усиления собственных конкурентных позиций на политическом и экономическом полях. В зависимости от победы того или иного клана менялись содержание и формы политики, проводимой министерством, а само оно постепенно превращалось из органа государственного управления в орган лоббирования интересов своих клановых хозяев.

Но тем не менее, Министерство сохраняет статус головного разработчика или согласователя ряда правительственных документов, регулирующих ситуацию в ТЭКе.

27 февраля 1998 года Министерство топлива и энергетики Российской Федерации приняло приказ «О совершенствовании организации поставок нефти на экспорт». В целях повышения эффективности экспорта российской нефти, совершенствования организации государственного контроля при планировании экспорта и повышения ответственности работников центрального аппарата Министерства и нефтедобывающих организаций и предприятий топливно - энергетического комплекса с 1 марта 1998 г. вводится новый порядок разработки, движения и утверждения документов, касающихся поставок нефтяного сырья за пределы таможенной территории Российской Федерации, утвержденный Министерством топлива и энергетики Российской Федерации 27 февраля 1998 г. В соответствии с данным приказом начата работа по совершенствованию координации поставок нефти по экспортным направлениям и подготовка предложения по организации работы координаторов экспортных направлений с учетом изменения транспортных схем экспорта, структуры нефтяных компаний ТЭК и условий рынка сбыта российской нефти.