В “резерве” позитивной программы экономичеких преобразований Джефферсона имелась идея о бесплатном наделении неимущих грждан участками земли по 50 акров. Он не посмел отстаивать её в годы пребывания на президентском посту. Однако им были предприняты усилия для облегчения простым Американцам доступа к государственному фонду “свободных” земель. 26 марта 1804г. конгресс США издал указ, снижавший минимальную цену за акр продаваемой земли с 2$ до 1,64$, а минимальный размер поступающего в продажу участка с 320 до 160 акров. Так был сделан ещё один шаг к утверждению фермерского пути развития капитализма в сельском хозяйстве США.

Самым острым вопросом внутренней политики республиканской партии являлась проблема рабства. В годы президентства, впрочем, как и в 90-е годы, в отличае от революцонного периода, Джефферсон воздерживался от публичной критики рабства. Он надеялся исключительно постепенные способы борьбы с ним. Откровенно консервативный характер носла его идея о репатриации свободных негров из США, с которой он выступил ещё в годы войны за независимость и, которой продолжал придерживаться в 800-е годы. Когда в 1800г. в Виргинии был раскрыт заговор рабов, Джефферсонпредложил губернатору Дж.Монро вместо наказания выслать их в Сьерра-Леоне, что должно было проложить негритянскому населению страны путь на его прежнюю родину, в Африку. Однако, руководители Сьерра-Леоне, свободной негритянской колонии, основанной при помощи английского филантропического общества, отказались принять американских негров. После этого взоры Джефферсона обратились к Сан-Доминго, соседней к США республике, образовавшейся в 1795г. в результате успешного антифранцузского восстания негров-рабов во главе с легендарным Туссэном Лувертюром. Этот замысел президента не получил поддержки среди его окружения, явно тяготившегося соседством негритянской республики. Консервативная позиция южных республиканцев в вопросе о рабстве не помешала, однако, быстрому и единодушному принятию в 1807г. конгрессом США законопроэкта, запрещающего ввоз в страну чёрных невольников с 1 января 1808г. Данный факт имеет очень простое экономическое объяснение: южные плантаторы полностью удовлетворяли свои потребностив рабской силе за счёт её собстпенного прироста. И хотя закон, запрещающий ввоз негров в США, не подрывал основ рабовладения в штатах, его необходимо занести в активДжефферсона-президента.

В последующие периоды Джефферсон занимает более умеренную позицию. Это объяснялось логикой политической борьбы, требовавшей от Джефферсона идти на уступки консервативным союзникам по республиканской партии. Умеренный характер политической линии Джефферсона полно раскрылсяв годы его президентства. Но даже очевидные минусы его деятельности не заслонят положительных итогов пребывания у власти. В эти годы под влиянием сознательных усилий Т. Джефферсона и его окружения происходит укрепление буржуазно-демократичеких тенденций в развитии американского обшества, которые были “законсервированы” в период правления федералистов.