Вместе с тем Витте принимал и непосредственное участие в руководстве подавлениями очагов вооруженных конфликтов. Так, своевременно оценив нараставшую напряженность в Москве, он еще в начале ноября добился назначения туда генерал-губернатором адмирала Ф. В. Дубасова, зарекомендовавшего себя же­стоким карателем крестьянских выступлений. По его же указанию была осуществлена рискованная для правительства переброска гвардейского Семеновского полка в Москву, сыгравшая решаю­щую роль в разгроме вооруженного восстания. Он выступил ини­циатором посылки карательных экспедиций в Прибалтику, Поль­шу, на Кавказ, организации «кордона» на границе с Финлянди­ей, чтобы воспрепятствовать ввозу оружия в Россию. По его при­казам отправлялись специальные «экзекуционные» поезда по железным дорогам, наводившие ужас на население пристанци­онных районов. Много усилий было приложено им к возвращению войск с Дальнего Востока. К апрелю 1906 года из Маньчжурии было выведено до 250 тысяч солдат и офицеров. А так как в ре­шающие моменты войск все равно не хватало, то он предлагал даже создать черносотенные ополчения, которые должны были оказывать содействие правительству при подавлении главным образом «аграрных беспорядков».

После подавления декабрьских вооруженных восстаний ре­волюция постепенно пошла на убыль. Витте, щеголявший во всеподданнейших докладах крутым характером предпринимав­шихся мер, 23 декабря доносил царю: «Вообще можно сказать, что революционеры на время везде сломлены. Вероятно, на днях общие забастовки везде кончатся. Остаются остзейские губернии, Кавказ и Сибирская железная дорога. По моему мнению, прежде всего надо разделаться с остзейскими губерниями. Я целым ря­дом телеграмм поощрял генерал-губернатора действовать реши­тельно. Но там, очевидно, мало войск. Вследствие сего я ему еще вчера ночью телеграфировал, что ввиду слабости наших войск и полиции необходимо с кровожадными мятежниками расправ­ляться самым беспощадным образом». И каратели не стеснялись в выборе средств.

Несмотря на успешную в целом деятельность Витте по подав­лению революции, напряженность между ним и обществом не спадала. Его двойственная политика, вынужденные компромиссы не снискали ему популярности ни среди либералов, ни в право-консервативных кругах. В дневнике А. В. Богданович уже в записи от 24 ноября 1905 года констатировалось: «Каждый день Витте все больше и больше теряет почву под ногами, никто ему не верит. Пресса всех оттенков его ругает». Особенно усердствовали чер­носотенцы, видевшие в нем ниспровергателя основ российского самодержавия, виновника позорного, по их мнению, мира с Япо­нией, наградившие его презрительной кличкой -- граф Полуса­халинский.

Старая неприязнь к нему Николая И и особенно императрицы вновь переросла во враждебность, внешне до поры до времени маскируемую. В вину ему теперь вменялось и вынужденное со­гласие царя на публикацию Манифеста 17 октября, и то, что избранная но новому избирательному закону Дума оказалась крайне оппозиционной, а надежды на крестьянский цезаризм себя не оправдали, и вообще поведение, которое ставило монарха в некоторую тень за мощной фигурой премьера.

Не помогло Витте и то, что при обсуждении в феврале- апреле 1906 года положений о реформированном Государственном совете и Думе он выступал за всемерное ограничение полномочий обе­их палат, а при подготовке новой редакции Основных законов империи, которые должны были придать самодержавному строю правовой характер и видимость конституции, приложил массу усилий в отстаивании неограниченной власти императора. В это время он заметно проэволюционировал вправо по сравнению с позицией, которую он занимал в октябре 1905 года. Сам фор­сированный пересмотр этих законов, на котором настаивал премь­ер, объяснялся стремлением его завершить этот акт до открытия Думы, чтобы последняя не стала чем-то вроде Учредительного собрания и не поставила под сомнение прерогативы верховной власти. По его представлениям, это дало бы возможность России постепенно, на основе консервативной конституции и без парла­ментаризма внедрить в жизнь начала Манифеста 17 октября.

Позднее он не раз сокрушался, что с манифестом поторопи­лись, что народное представительство себя не оправдало и что Россия оказалась не готова к политической свободе. По его мне­нию, необходимо было действовать более осмотрительно. Этот путь он в свое время и предлагал царю, посоветовав вместо мани­феста опубликовать в виде рескрипта его всеподданнейший док­лад. Насколько большое значение придавал он этому документу, свидетельствует тот факт, что в одной из бесед с журналистом А. Румановым он заявил: «Если бы меня спросили, что я хочу, чтобы было написано на моем надгробном памятнике, я сказал бы: «Объяснительная записка Манифеста 17 октября» . Вместе с тем, однако, как человек трезвого ума, он понимал, что само­державие в прежнем виде сохранить невозможно, что в России для этого уже нет соответствующих условий. «В конце концов,— писал он в своих мемуарах,— я убежден, что Россия сделается конституционным государством и в ней, как и в других цивилизованных государствах, незыблемо водворятся основы гражданской свободы . Вопрос лишь в том, совершится это спо­койно и разумно или вытечет из потоков крови. Как искренний монархист, как верноподданный слуга царствующего дома Рома­новых, как бывший преданный деятель императора Николая II, к нему в глубине души привязанный и его жалеющий, я молю бога, чтобы это свершилось бескровно и мирно». Этим и объяснялась противоречивость его политических взглядов и непоследователь­ность его поведения, стоившие немало крови народной, избежать которой он якобы так хотел. «Сердцем я за самодержавие,— при­знавался он своему биографу журналисту-историку Б. Глинско­му,- умом за конституцию. Самодержавию я всем обязан и люб­лю его, а умом понимаю, что нам нужна конституция».

К открытию Думы Витте подготовил и проект аграрного зако­нодательства, в котором изложил свои представления о путях решения острейшей проблемы, стоявшей перед правительством. Аграрный вопрос он предлагал решить посредством насаждения единоличной крестьянской собственности — в основном посред­ством распродажи крестьянам казенных, удельных и части поме­щичьих земель, заложенных в Крестьянском банке и купленных последним, а также за счет поощрения постепенного выхода из общины наиболее предприимчивых крестьян, но ни в коем случае не форсируя этот процесс и оставляя в неизменном виде законо­дательство о надельном землевладении. Причем предполагалось обеспечить землей в первую очередь «маломощных» крестьян, чтобы поднять таким образом общую платежеспособность де­ревни. Такой подход к решению аграрно-крестьянского вопроса нес на себе отпечаток прежнего попечительного курса в отноше­нии деревни. Но в целом в основных своих чертах виттевский про­ект аграрной реформы в значительной мере совпадал с програм­мой, предложенной осенью этого же года П. А. Столыпиным, что давало повод Витте обвинять своего политического воспреемника в плагиате. Свой же проект представить в Думу Витте так и не успел.