Прожив 20 лет и 11 месяцев отдал богу душу царь Фёдор. Политическим амбициям Софьи был нанесён серьёзный удар. Она была близка к отчаянию - впрочем она и в самом деле любила брата. Когда его хоронили, она с открытым лицом шла до церкви, в очередной раз шокировав московское общество столь дерзким поступком: "негоже было царевне появляться на людях да ещё в голос плакать". Страсти во дворце накалились до предела. Милославские и Нарышкины, не скрывая взаимной ненависти, вступили в новую фазу борьбы за российский трон. "Вот как неожиданно умер царь наш Фёдор - молвила в толпу Софья, возвращаясь из церкви, - отравили его, видать враги наши".4 Народ был поражён её словами.

Выборными людьми, случайно собравшимися в Москве в конце1681 года совсем по другому делу, из двух братьев Ивана и Петра, на престол был выбран сын царицы Натальи Пётр. Провозглашение его состоялось 27 апреля. Править, очевидно, должна была его мать и вызванный из ссылки воспитатель её Артамон Матвеев. Рушились мечты царевны Софьи. Опять мачеха встала на её дороге. Но не в обычае Софьи было опускать руки, даже не вступив в борьбу. На её стороне по мимо родственников Милославских, был князь Голицын и Хованский - лицо близкое к стрельцам. С их помощью, а в особенности с помощью стрельцов, многое можно было сделать. В то время стрельцы составляли постоянное войско и были ядром русской военной мощи, им приходилось оказывать весьма важные (деликатные) услуги правительству не только на поле брани, но и в мирной гарнизонной службе, за что стрельцы имели большие привилегии, льготы и высокое жалование. По наущению Софьи её люди стали сеять в рядах стрельцов смуту, убеждая что Нарышкины хотят разослать их по разным городам, а потом и вовсе извести за прежнюю службу царевне.

Сама того не зная, Софья впервые в российской истории, организовала захват престола с помощью элитной гвардии: её стопами - и куда более успешно - взойдут в последствии на трон две другие сильные женщины: Елизавета Петровна и Екатерина Великая. Стрелецкий же бунт, организованный царицей Софьей, произошёл 15 мая 1682 года вознеся её на ту высоту, откуда теми же методами в1689 году скинет её подросший "волчонок" Петруша. Ибо только эти двое могли на равных сражаться за российский престол.

Стрелецкий бунт обернулся кровавым кошмаром. С умыслом напоенные стрельцы хозяйничали во дворце, теремах и церквах, ища Нарышкиных и других бояр, порешить которых им велел Иван Милославский - дядя царевны Софьи, заправлявший делом. Несколько раз озверелые от пущенной крови стрельцы налетали в дворцовых палатах на Софью, и - странное дело - при виде её самые отчаянные головорезы мигом трезвели, прекращали сквернословить и низко кланялись "царь-девице". Почему это отборная армия нарушив, незыблемые традиции, сделали ставку на женщину, добровольно подчинившись ей? Загадка истории? Или мощный магнетизм властолюбивой царевны . .

В кровавой бойне погибли ненавистный Матвеев и многие Нарышкины. Результатом бунта явилось двоевластие на русском престоле: 26 мая царями были провозглашены Иван и Пётр, а 29 мая стрельцы подали боярам челобитную, чтобы по молодости обоих государей правление было вручено Софье. С этого времени Софья "официально" засела с боярами в Палате, думные люди докладывали ей о государственных делах, и ее имя писалось на указах вместе с именем царей . Над Русью воцарялся знаменитый двойной трон , выставленный ныне в Грановитой палате ,- с маленьким окошечком позади сидения Ивана :через него Софья нашептывала слабому умом отроку то , что он должен был произнести .

Семь лет Софья Алексеевна практически безраздельно царствовала на российском престоле . По сути , впервые после княгини Ольги русской землей управляла женщина . "Софья вышла из терема и отворила двери этого терема для всех желающих русских женщин, как меньшой её брат Пётр прорубил потом дверь в Европу, тоже для всех желающих а иногда и не желающих. Говорят что природа "для надёжности" прилагает к каждому человеку его двойника: если не справляется с возложенной на него по жизни программой один - справляется другой. Судя по всему, Софья и Пётр были оба запрограммированы природой на простор большой европейской политики".1 За время своего фактического правления Софья подготовила почву для реформ Петра, смело расширяя границы России. Она заключила Керченский договор с Китаем 1689 года, сдвинула с мёротвой точки дела польские и крымские, в которых неоднократно в истории увязала Россия. В 1686 году с Польшей был заключён вечный мир, за Россией навсегда закрепились Смоленск, Киев и левобережная Малороссия. Князь Голицын совершил два похода на Крым, одержал верх в битве с Ханом и дошёл до Перекопа.

Во дворце Алексея Михайловича завелись иноземные обычаи; женщин перестали держать в строгой заперти. Царевна Софья стала звать к себе в покои мужчин, чего прежде не водилось, сошлась с людьми учёными и бывалыми, беседовала с ними, училась, читала книги.

Во время её правления, кроме дворцовых интриг, борьбы партий, бунта стрельцов, происходили религиозные споры о том, как складывать пальцы, когда крестишься, сколько раз повторять аллилуя, не следовало ли бы святой Троице состоять из четырёх лиц с отдельным престолом для Спасителя, и т.д. Ко всему этому примешивались элементы, приподнимавшие уровень жизни. Экономические нововведения, начатые при Алексее Михайловиче, продолжились и при Софье, началось интеллектуальное развитие общества. Голицын строил дома, а Софья писала пьесы для театра, которые ставились в Кремле. Правительство энергично стояло за охрану правопорядка, и стрельцы, желавшие его нарушить, нашли в Софье, своей бывшей союзнице, неустрашимого врага.

Успехи во внешней политике обостряли желание Софьи надеть царский венец. Ибо сильно беспокоил царевну подрастающий Пётр. Окольничий и начальник стрелецкого приказа Фёдор Шокловитый подговаривал Софью извести мачеху и "волчонка". Софья колебалась. Откуда-то возник слух, что царь Пётр, проживающий с матушкой - царицей в Преображенском, собирается напасть на Москву со своими, как их называли "потешными". Стрельцы проглотили наживку и решили одеть венец на царевну Софью. Пётр был предупреждён об опасности и ночью бежал в Троицкую лавру, откуда разослал грамоты во все стрелецкие полки, чтобы они явились в лавру. Правительница попыталась пойти на мировую, но безуспешно. Её падение было предопределено. Вошедший не только в "меру возраста" но и в "меру силы" Пётр учинил жестокую расправу над приверженцами сестры. Ей пришлось выдать Шакловитого и других заговорщиков, которые были пытаны и казнены около лавры. Лишив Софью партии Пётр приказал исключить её из имён царей и 12 сентября 1689 года она была окончательно низвергнута с той высоты, куда возвели царь-девицу ум и незнающие удержу властолюбие.

Софье было велено поселиться в Новодевичьем монастыре не в качестве постриженной монахини, а как живущей на покое. Потянулись девять бесконечных лет, время длилось однообразно до иступления. По началу царевне даже понравилась монастырская тишина, но очень скоро вскипела её деятельная натура. Никогда не любила она женских рукоделий, книги на русском языке она перечитала все, да и к чему было читать, когда не скем было разделить беседу о прочитанном.