Борису нужно было возвышать духовенство, чтобы при всякой нужде опираться на него и находить в нем могучую поддержку. Учреждение патриаршества давало русской церкви блеск, сообщало этот блеск и самому государству, но более всего возвышало Бориса, получавшего через то и славу благодетеля русской церкви и более ручательства в содействии своим видам со стороны духовенства: патриарх был как бы государь; а такой патриарх, каким был Иов, всегда и во всем был готов потакать Борису. Для истинной пользы русской церкви в то время нужны были не титулы, не наружный блеск, а образованный блеск, а образованные и нравственные пастыри: патриаршество, как показали последствия, напортив, ставило преграду внутренним преобразованиям как в церкви, так и в свое время было уничтожено, как один из признаков, наиболее препятствующих культурному движению русского общества.

Как ни старался Годунов избегать всякой войны с соседями, но в 1590 году, по истечении перемирия со Швецией, принужден был начать неприязненные действия. Шведы удерживали отнятую при Грозном часть Вотской пятины и не хотели возвращать ее, хотя Борис и предлагал за нее деньги . В январе 1590 года началась война . Самого государя взяли в поход. Шведы действовали плохо, не более как через месяц сами предложили перемирие на год и уступили царю: Яму, Копорье и Иван-город. Русским этого было недостаточно. Они хотели также возвратить Нарву и Корелу, но приступ их к Нарве был неудачен, и осторожный Борис, побоявшись подвергаться опасностям, поспешил взять то, что давалось. С тех пор несколько лет съезжались между собой русские и шведские уполномоченные, не могли сойтись, начинались опять военные действия, но незначительные; потом опять съезжались послы толковать о примирении и только уже в 1595 году заключили мир. Шведы воротили русским Корелу, а русские отказались от Нарвы и от всех притязаний на Эстонию.

Между тем Димитрий рос в почетном изгнании в Угличе и представлял в будущем большую опасность для Бориса. Федор был бездетен, слаб здоровьем и в случае его смерти, царевич Димитрий был бы провозглашен его преемником на престоле. Борису, естественно грозила погибель. В 1591 году Годунов отправил в Углич надзирать над земскими делами и над домашним обиходом царицы Марии своих доверенных людей: дьяка Михаила Битяговского с сыном Даниилом и племянником Качаловым.

15 мая 1591 года в полдень пономарь соборной углицкой церкви ударил в набат. Народ сбежался со всех сторон во двор царицы и увидел царевича мертвого с перерезанным горлом. Народ убил Михаила и Данила Битяговских и Никиту Качалова. Умертвили еще несколько человек по подозрению в согласии с убийцами.

Дали знать в Москву. Свидетелей убийства не было. Преступников - тоже.

Следствие произведено было самым бессовестным образом . Выходило, будто царевич зарезался сам. Осмотра тела не делали; людей, убивших Битягского с товарищами, не допросили . Показания, снятые с разных лиц гласили одно , что царевич зарезался в припадке падучей болезни . Тело царевича было предано земле в углицкой церкви св. Спаса.

Правительство объявило и приказывало народу верить, что смерть царевича произошла от самоубийства, но в народе сохранилось убеждение, что в царевич был зарезан по тайному приказанию Бориса.

Вскоре после смерти царевича , 23 мая, на праздник Троицы , во время отсутствия царя, уехавшего в Сергиев монастырь, вспыхнул в Москве пожар, обративший в пепел значительную часть Белого города. Борис тотчас начал раздавать пособие погоревшим и на собственный счет отстраивать улицы. Несмотря на такую щедрость, в народе ходили слухи, что пожар был произведен людьми Годунова, по его приказанию для того, чтобы отвлечь внимание от столицы от совершенного убийства.

Менее чем два месяца спустя, столица испытала новую тревогу. Крымский хан Казы-Гирей долго обманывал Москву, уверял , что будет посылать татар на Литву, а на Москву не пошлет, и вдруг неожиданно бросился с громадной силой в русские пределы. Тогда ожидали разрыва со Швецией и сосредоточивали военные силы на севере. Хан так скоро очутился на Оке, что русские думали только о защите столицы. Осторожный Борис не взял на себя главного начальства над войском, оборонявшем Москву, а поручил его князю Федору Мстиславскому, сам же занял после него второе место. Татары побились с русскими и потеряли несколько мурз. Годунов приказал без умолку палить из пушек , а русские пленники сказали хану , что в Москве стреляют от радости , потому что туда пришли новые силы из Новгорода и других мест, и готовы на другой день утром ударить на хана. Хан немедленно бежал со всеми своими силами. Вся честь победа должна была приписываться Борису: об этом велено было рассказывать и в чужих землях. В память спасения Москвы был заложен монастырь, названный Донским.

В следующем 1592 году у царя Федора родилась дочь Феодосия. Борис показывал вид радости , но никто не верил его искренности , через несколько месяцев маленькая царевна умерла.

Борис делал свое дело и приобретал себе всеми мерами сторонников. Он заручился расположением духовенства.

И вот Борис издал закон, уничтожавший Юрьев день - право перехода крестьян с земли одного владельца на землю другого. Все крестьяне обязаны были навсегда оставаться в повиновении своим помещикам и вотчинникам. Этим законом Борис до чрезвычайности угождал всей массе незнатных землевладельцев, обязанных службой и постоянно нуждавшихся в рабочих руках для достижения средств благосостояния и для исправности на службе. К этому располагало следующее обстоятельство. С открытием Сибири, с занятием земель на юге Московского государства последовало движение народа на новоселье. Пустели целые волости и посады. Мера эта не по душе была простому народу, и с этих пор вместо законно переходивших от владельца к владельцу крестьян явились беглые, и число их усиливалось с каждым годом. Владельцы преследовали их, искали на них суда, заводили тяжбы, требовали возвращения крестьян ; а те из крестьян, которые были поудалее бежали в казаки или умножали за собой разбойничьи шайки. Сам Борис, стараясь удержать народонаселение в середине государства, нуждался, однако и в расширении его на окраинах. Нашествие крымского хана убеждало его в необходимости умножать число городов на юге и населять ратными людьми. Таким образом, в конце 1593 года Борис построил крепости вниз по реке Осколу - Белгород, Оскол, Валуйки.

Всякое общественное бедствие и всякое общественное предприятие давали Борису повод показывать свою заботливость о судьбе народа. В Москве в 1585 году случился пожар в Китай-городе, и сам Борис способствовал скорейшему возобновлению сгоревших дворов; вслед затем открылось покушение зажечь Москву: и Борис , к удовольствию народа, передал казни виновных. Происходили пожары и в других городах- и там Борис подавал помощь погоревшим . В некоторых местах были неурожаи - Борис посылал туда хлебные запасы. Посетило Русь также нередкое в ее истории бедствие - заразительные болезни, сильно опустошавшие тогда Псков; Борис учреждал заставы, чтобы не дать им распространиться в других областях. В 1596 году задумал Борис строить каменные стены в Смоленске и устроил работы наймом.